К несчастью для Ямаситы, 41-й дивизии не суждено было достичь берегов Австралии. Хотя у ВВС союзников все так же не хватало машин и людей, со времен первого японского налета на Дарвин в феврале мастерство, опыт и количество пилотов возросли. Теперь, под командованием исключительно компетентного в вопросах воздушного боя американского генерал-майора Джорджа К. Кенни, они все чаще брали инициативу в свои руки и сделали вылеты японских самолетов из Кернса и Таунсвилля практически невозможными. Также союзники получили несколько партий новых В-25, и когда радиоразведка доложила о намерениях организовать колонну судов для доставки подкрепления 17-й армии, Кении тщательно подготовился к ее уничтожению. Для Ямаситы это было просто катастрофой. Пока три эскадрильи истребителей «Спитфайр» Королевских ВВС Великобритании отвлекали на себя внимание японских истребителей, американские и австралийские летчики под командованием Кенни обнаружили конвой 41-й дивизии с небольшим прикрытием с воздуха и потопили его. Была потеряна большая часть тяжелой техники; помимо этого, за два дня боя утонуло, было убито или ранено приблизительно 4000 человек. Катастрофа не только погубила 41-ю дивизию — она нанесла большой урон японской флотилии транспортных судов в то время, когда, ввиду одновременных кампаний в Гуадалканале и в Австралии, на логистической системе японского флота и на истощившихся ресурсах государства в целом лежала непомерная нагрузка. Хотя Ямасита и продолжал надеяться на подкрепление и на адекватную замену 41-й дивизии, эта Вторая битва в Коралловом море положила конец попыткам прислать какую-либо существенную помощь 17-й армии.
Когда разбросанные по океану остатки японской 41-й дивизии собрались в Порт-Морсби, ход битвы за Австралию окончательно изменился. Во-первых, несмотря на постоянные заявления Маршалла о том, что приоритет должен отдаваться военным действиям в Европе, к концу 1942 года военная мощь союзников в австралийском театре военных действий выросла до недостижимых размеров. Хотя проблемы со флотом оставались, сила и тактический профессионализм сухопутных войск продолжали увеличиваться. Более того, нарастающее австралийское движение Сопротивления связывало по рукам и ногам подразделения Ямаситы и срывало все планы по их укреплению. И все же самым важным было смещение равновесия в авиации. В то время, как ВВС Японии держались на неопытных пилотах за штурвалами устаревающих моделей типа «Нелл», «Бетти», «Салли», «Оскар» и других, силы авиации союзников росли как в плане общей численности, так и в плане классности пилотов. Также в эскадрильях Кенни появились гораздо более совершенные самолеты, такие, как бомбардировщики В-25, с успехом использованные при уничтожении транспортов 41-й дивизии, английские истребители «Спитфайр» и американские Р-38 «Лайтнинг» ( «Молния»), которые начали прибывать в ноябре. Все эти улучшения добавляли неприятностей армии Ямаситы. Потери значительно ослабили войска, однако гораздо более серьезной проблемой было общее осложнение ситуации со снабжением. Из-за серьезной нехватки боеприпасов, топлива и продовольствия огромная армия была физически истощена, в основном малоподвижна и неспособна к применению крупнокалиберной артиллерии, кроме исключительных обстоятельств.
Кроме тактических и технических преимуществ па данном театре военных действий, стратегическая ситуация в более широком масштабе также складывалась в пользу союзников. К январю 1943 года в Императорском Генеральном штабе поняли, что Гуадалканал возможно удержать только путем неимоверных усилий со стороны Японии, причем эти усилия не обязательно увенчаются успехом. Даже если бы Япония была в силах прислать на остров серьезное подкрепление, было очевидно, что эти силы, как и в случае Ямаситы, невозможно было бы поддерживать на уровне, требующемся для наступательных операций. Благодаря захвату союзниками Гуадалканала в феврале 1943 года и последующему наступлению на Соломоновы острова японские базы в Австралии были надежно охвачены с флангов, и для союзнической авиации стали еще более досягаемы коммуникации Ямаситы через Папуа и Коралловое море. Прибытие в начале 1944 года на Новую Британию и Соломоновы острова 1-й и 36-й японских дивизий на время задержало, но не могло остановить растущее давление со стороны Коалиции.