Катастрофа в центральной части Тихого океана практически сразу же отразилась на ходе Операции АУ, так как «Сёкаку» и «Дзуйкаку» тут же вернулись в Рабаул, покинув зону действия союзнических бомбардировщиков наземного базирования. Однако операция по захвату Австралии уже шла полным ходом, и в Императорском Генеральном штабе понимали, что в создавшейся ситуации остается только продолжать начатое. Поэтому в течение последующих нескольких недель и в Кернсе, и в Таунсвилле продолжалась битва, оставившая после себя множество искореженных ржавых обломков техники, которыми усеяны сегодняшние пляжи. В Таунсвилле сражение шло наиболее ожесточенно, так как японской 5-й дивизии надо было вытеснять солдат австралийской 11-й бригады и стойких бойцов Добровольческого Оборонного корпуса почти из каждого дома. К концу месяца город был взят, однако основные японские пехотные подразделения все еще были более чем в 50 километрах от Чартерз-Тауэрс, а союзническая авиация препятствовала разгрузке в портах и функционированию аэродромов. В Кернсе 17-я дивизия довольно легко оттеснила назад австралийскую 14-ю бригаду, и два аэродрома были уже практически под контролем японцев, несмотря на постоянные визиты американских бомбардировщиков. К счастью, генерал-лейтенант Ясуси Сакаи, командующий 17-й дивизией, твердо решил выполнить свою особую миссию — захватить порт Кернс, и 14-я бригада избежала полного уничтожения. Продвижение было медленным и затруднялось транспортными проблемами, лишавшими его мобильности и боеприпасов, в особенности артиллерийских снарядов. Тем не менее у Ямасита был повод для радости: 19 июня 5-я СМДГ «Сасебо» заняла две авиабазы союзников на полуострове Кейп-Йорк. К тому же ему обещали подкрепление. Вдобавок к 20-й дивизии и 2-й танковой дивизии в Порт-Морсби и на новых аэродромах в Австралии должны были развернуться дополнительные элементы 6-й военно-воздушной дивизии. С такими ресурсами он мог быть уверен, что летные полосы Чартерз-Тауэрс скоро будут в его руках.
Союзники отреагировали на вторжение настолько быстро, насколько позволяли скудные силы и несовершенная транспортная система Австралии. Когда стала ясна степень целеустремленности японцев, Макартур заключил, что Императорский флот не сможет осуществить еще один такой крупномасштабный десант, особенно после Мидуэя. Поэтому он и Блейми отозвали австралийские подразделения с южного побережья и перевели американскую 32-ю дивизию из Аделаиды в Брисбен. Прошедшая огонь и воду австралийская 7-я дивизия прибыла первой и практически сразу же сыграла ключевую роль в разгроме наступления японцев на Чартерз-Тауэрс. Не дрогнув перед безудержными залпами танковых орудий, лишивших мужества измотанных солдат 5-й дивизии, ветераны спокойно расстреляли колонны вражеской бронетехники и беспощадно добивали отдельные танки, которым удавалось проскользнуть через их линию обороны. Остановив наступление японцев на Чартерз-Тауэрс, 7-я дивизия позволила Милфорду укрепить правый фланг, на котором Ямасита высадил небольшой десант, пытаясь пробиться по прибрежному шоссе.
После первого японского десанта и попыток развития успеха наступило затишье. Однако, пока две воздушные армии бились за контроль над воздушным пространством, а Ямасита дожидался боеприпасов и подкрепления, военная мощь союзников постепенно возрастала. К середине июля основная часть австралийской 2-й и американской 41-й дивизий были уже в зоне боевых действий, а первые поезда, везшие 1-ю австралийскую бронетанковую дивизию, уже мчались на север из Сиднея. Доставка этого подкрепления оказалась серьезным испытанием, так как из-за занятия японцами Таунсвилля союзники находились в зависимости от окружной удаленной от моря железнодорожной ветки, ведущей в Чартерз-Тауэрс. Если такое положение дел еще как-то спасало подразделения, расположенные в районе Таунсвилля, то войскам, стоящим у Кернса, приходилось полагаться лишь на неприемлемо длинный путь транспортировки по шоссе, открытому для ударов с воздуха.