То, что все планы перестают работать после первого контакта с противником, — это военный трюизм, и, конечно, это так же верно в отношении плана Z, как и в отношении злополучного плана «Орандж». Ямамото столкнулся с двумя неожиданными проблемами. Первая — американо-британо-голландско-австралийская команда, усиленная «Йорктауном». Вторая — Четвертое оперативное соединение, мечущееся в районе Маршалловых островов. Действия обеих групп сбивали адмирала с толку (Ямамото был убежден, что американцы перед сражением соберут авианосцы вместе) и требовали неослабного внимания.
Действуя с защищенных баз в Голландской Ост-Индии, американо-британо-голландско-австралийская группа 8 декабря попыталась пробиться на север, угрожая сорвать поддержку конвоем вторжений на Филиппины и Малайзию. Два дня спустя Ямамото послал оперативную группу, собранную вокруг слегка потрепанного «Рюдзе» и легкого авианосца «Хошо», для встречи с противником. 17 декабря, после недели столкновений, истребители и бомбардировщики с «Йорктауна» накрыли японские авианосцы в процессе подготовки удара по американо-британо-голлагдско-австралийской группе. Несмотря на остервенелое сопротивление со стороны усиленного боевого воздушного патруля противника (истребители были уже в воздухе, готовые нанести планируемый удар по «Йорктаулу»), американские пикирующие бомбардировщики атаювали «Хошо» пять раз, в то время как две торпеды и три бомбы превратили «Рюдзе» в пылающую развалину. Но эта победа досталась дорогой ценой — «Йорктаун» лппился 73 самолетов, включая все свои торпедные бомбардировщики и более половины истребителей. Адмирал Карл Дормэн на борту крейсера «Де Рейтер» не мс не отдать приказ к отходу, особенно после того как японская подводная лодка I-17 19 декабря потопила «Лэнгли» (сначала обозначенный как CV1, затем переобозначенный как AV3, авиационный транспорт), перевозящий на «Йорктаун» новые самолеты. Необходимо было усилить истощенную авиацию. Тем не менее американо-британо-голландско-австралийская группа одержала единственную настоящую победу союзников за время короткой Тихоокеанской войны.
Для того чтобы у него хватило авианосцев для противостояния американскому оперативному соединению, хозяйничающему на Маршалловых островах, Ямамото надо было ослабить свою быструю ударную группу. Однако морская база на острове Трук, которая являлась очевидной целью американцев, открывала возможность для изматывания американского флота. 9 декабря Ямамото послал на Трук незначительные силы под командованием контр-адмирала Райдо Танака на крейсере «Дзинтсу». Они включали еще два крейсера, «Миоко» и «Нати», и восемь эсминцев. Танака получил приказ попытаться осуществить ночную атаку в случае приближения к базе американцев.
Четвертое оперативное соединение, задержанное из-за аварии парового котла на поспешно подготовленном «Вашингтоне», лишь 22 декабря подошло на расстояние выстрела к острову Трук. Но даже тогда Хэлси колебался подвергнуть свою ослабленную авиагруппу атакам возможно сильной японской противовоздушной обороны. Удерживая крейсер и четыре эсминца для защиты «Энтерпрайза», адмирал приказал оставшимся силам оперативного соединения блокировать и бомбардировать Трук под покровом темноты. Кэптен Тамеичи Хара, командир эсминца «Амацукадзэ», так описывает последующие события: