Специально для постановки помех системе С-200 в 108-м институте была проведена НИР «Партитура». При этом был предложен ряд методов, позволяющих создавать помехи РЛС, работающим как с импульсным, так и с почти непрерывным излучением. Для подавления канала сопровождения по скорости были разработаны различного рода уводящие и маскирующие помехи в диапазоне доплеровских частот. Здесь же были разработаны помехи по угломерному каналу, поскольку именно он, в значительной степени, определяет конечный результат функционирования радиолокационных средств управления оружием. Были разработаны теоретические основы построения аппаратуры создания многоточечных некогерентных и когерентных, поляризационных и двухчастотных помех. На станции помех были установлены многолучевые направленные антенны. На полигоне в Сары-Шаган самолет, оборудованный макетным образцом новой системы постановки ответных помех «Партитура», был использован при совместной работе с РПЦ системы С-200.
На эти испытания прилетел и П. С. Плешаков, уже занимавший должность заместителя министра. Здесь они жили в соседних домиках с А. А. Расплетиным, в пух и прах раскритиковавшим вышеназванную «Партитуру». Вечерами, за «рюмкой чая», Расплетин рассказывал Плешакову, как последняя может быть обойдена. Вечерами Петр Степанович приходил к Александру Андреевичу в домик, приносил бутылку коньяку, порой распивали и следующую. Расплетин убеждал Плешакова, что ничего «вразумительного» из области РЭП им (имелся в виду 108-й институт) предложить не удастся. Тот пытался возражать, но все его доводы разбивались в прах изысканными в своей точности возражениями Александра Андреевича.
Тем не менее Плешаков был доволен: задержек с испытаниями «двухсотки» не было, ее требовалось поставить на вооружение как можно скорее; неудачи (как и удачи) с РЭП были неизбежны и преходящи. По результатам выполнения НИР «Вега» уже в 1967 году была выпущена проектная документация на совершенствование радиотехнических средств системы и изготовлены опытные образцы РПЦ и головки самонаведения ракеты с повышенной помехозащищенностью, обеспечивающие возможность поражения самолетов-постановщиков специальных видов активных помех. В начале ноября 1968 года Государственная комиссия подписала акт, в котором рекомендовала принять систему С-200В на вооружение.
Спустя почти 15 лет после окончания испытаний первого варианта системы С-200 в середине восьмидесятых годов была принята на вооружение последняя модификация огневых средств системы С-200. В 1981 году в МКБ «Факел» и ОКБ ленинградского «Северного завода» для системы С-200Д была разработана унифицированная ракета 5В28М (В-880М) повышенной помехозащищенности с увеличенной до 300 км дальней границей зоны перехвата. Испытания системы С-200Д с ракетой 5В28М начались в 1983-м и были завершены в 1987 году. Серийное производство техники для зенитно-ракетных комплексов С-200Д велось в ограниченном количестве и было прекращено в начале 1990-х годов.
После того как летом 1982 года воздушная война над Южным Ливаном закончилась с удручающим для сирийцев результатом, советское руководство приняло решение направить на Ближний Восток два зенитно-ракетных полка С-200В двухдивизионного состава с боекомплектом 96 ракет. После 1984 года техника комплексов С-200ВЭ была передана сирийскому персоналу, прошедшему соответствующее обучение и подготовку. До сегодняшнего дня эти комплексы являются одним из сдерживающих факторов для тех, кто желал переподчинить себе одного из последних союзников Советского Союза.
На протяжении 15 лет система С-200 считалась особо секретной и практически не покидала пределов СССР. После размещения в Сирии систему стали предлагать иностранным заказчикам. На ее базе С-200В была создана экспортная модификация с измененным составом оборудования под обозначением С-200ВЭ. В последующие годы комплексы С-200ВЭ успели поставить в Болгарию, Венгрию, ГДР, Польшу и Чехословакию. Помимо стран Варшавского договора, Сирии и Ливии система была поставлена в Иран и Северную Корею.
Для расширения боевых возможностей огневых средств системы на Сары-Шаганском полигоне в 1982 году в опытном порядке было произведено несколько стрельб доработанными ракетами по радиолокационно видимым наземным целям. Была уничтожена мишень — машина с установленным на ней специальным контейнером от мишени МР-8ИЦ. При установке контейнера с радиолокационными отражателями на земле радиоконтрастность мишени резко падала и эффективность стрельбы была мала. Были сделаны выводы о возможности поражения ракетами системы С-200 мощных наземных источников помех и надводных целей в пределах радиогоризонта.