На другой день Николая Ивановича вызвал к себе попечитель академии генерал Н. Н. Анненков и от имени министра сделал ему резкий выговор за нерадение к установленной форме одежды. «Утомленный мучительными трудами, в нервном возбуждении от результата своих испытаний на поле битвы», Пирогов «впал в сильное расстройство» и так был рассержен, что с ним приключился истерический припадок с слезами и рыданиями. После этого Николай Иванович решил подать в отставку и расстаться с академией. Но его убедили остаться люди, понимавшие значение Пирогова для науки.
Подавать в отставку Пирогову приходилось несколько раз в связи с глупостью и тупостью его высшего начальства. Но больше всего отравляли ему существование черниговцы, не брезгавшие ничем, чтоб только выжить его из академии, а заодно из Петербурга. Они не останавливались ни перед чем. Так как студенты всех курсов и всех отделений всегда старались попасть на вскрытия и практические занятия Пирогова, то было составлено такое расписание, чтобы студенты могли посещать аудитории и лаборатории Николая Ивановича только в определенные, обязательные часы. Конечно, это не помогало, и часто аудитории и лаборатории других профессоров пустовали в часы занятий, тогда как у Пирогова всегда было полно народа.
Приходили к нему не только студенты, были врачи — ассистенты и лаборанты других кафедр, вольнопрактикующие и полковые врачи, офицеры, инженеры, чиновники. Аудитории Пирогова посещались дамами, привлеченными отзывами газет и журналов о необыкновенной занимательности изложения Пирогова, об артистическом изяществе его операций.
Журналисты писали о Пирогове не только в специальных научных статьях, но также и в очерках на общие темы, не имеющих ничего схожего с медициною. В статье о знаменитой певице Анджелике Каталани, в «Отечественных записках», рассказывалось, что один заслуженный врач, присутствовавший при «весьма трудной операции, совершенной славною рукою Пирогова, был в неописанном восторге от ловкости и гениальной смелости этого неподражаемого ножа спасения». Все время проезда по железной дороге врач с восторгом рассказывал об этом и «изъявлял удивление свое словами: «Ай да Пирогов! Чудно! Невероятно!.. Невообразимо!.. Режет… словно Каталани поет».
«Черниговцы» тоже обратились к журналисту. Профессор анатомии и практический хирург Иван Васильевич Буяльский (1789–1866) больше всех пострадал от переезда Пирогова в Петербург. Это был типичный представитель группы черниговцев, человек достаточно Даровитый и потому естественный вождь своей партии. Он был старше Пирогова на двадцать слишком лет. За десять лет до Пирогова он выпустил анатомо-хирургические таблицы о перевязке больших артерий; за пятнадцать лет до него был профессором. Имел обширную практику в столице, состоял директором инструментального завода, консультантом крупнейших больниц, всегда носил мундир с густыми эполетами. Вид имел внушительный, пешком не ходил, соблюдал свое генеральское достоинство.
С переходом Пирогова в Медико-хирургическую академию начались для Буяльского тяжелые дни. Невзрачный, косоглазый, никогда не надевавший присвоенного ему по должности и званию мундира, суетливо бегавший по улицам и высматривавший интересных больных (был случай полицейского протокола на Пирогова, приставшего на улице к охтенской бабе, которой он предлагал 25 рублей за разрешение вырезать какой-то редкий нарост на шее), этот неугомонный, настойчивый, работавший по 20 часов в сутки, человек с первого дня переезда в Петербург стоял на всех путях Буяльского. Директорство инструментального завода перешло к Пирогову. Назначенный профессором хирургии, Пирогов добился передачи ему целого госпиталя на тысячу коек и учреждения при его кафедре анатомического института. Выходец из полунемецкого Дерпта, он сразу вошел в столичную врачебную немецкую среду и получил консультантство в главнейших больницах. Никогда Пирогов не спрашивал с больных денег, в приемных его — дома, в больницах, в госпиталях — всегда огромные очереди. Пошла молва о чудесных исцелениях Пирогова, стали звать его туда, где раньше знали одного только Буяльского: в палаты вельмож, во дворцы императорской фамилии. Каждый ученый труд Пирогова, который работал главным образам в тех же областях, что и тайный советник Буяльский, превозносился во всех изданиях.