Современник так описывает лабораторию анатомического института, т. е. те самые бани, в которых Пирогов производил вскрытия: «Представьте себе комнату в полуподвальном этаже в зимние вечерние часы. Уже входя в переднюю, зажимаешь мое от запаха, который распространяется от ящика с хранящимися в нем трупами без какой-либо дезинфекции. В самой комнате, у окна, стоят выкрашенные в красный цвет столы с покатыми досками; возле столов кадки со всякой мерзостью, — комната отапливается железными печками, вокруг которых кладут трупы для оттаяния, и освещается масляными лампами, которые горят так тускло, что все занимающиеся там держат в руках сальные свечи. Студенты, одетые в черные клеенчатые фартуки, копошатся возле трупов, все окутано серыми облаками табачного дыма. Это прямо какая-то пещера из Дантова ада».
Фото Л. Н. Леонидова
Н. И. Пирогов (1845 г.)
Снимок с современного рисунка сепией, поднесенного Пирогову его слушателями в Петербурге; хранится в музее Пирогова в Ленинграде.
Все это вредило здоровью Николая Ивановича и отражалось на его отношениях к жене.
Очень скоро после свадьбы Екатерина Дмитриевна позавидовала Катеньке Мойер, отказавшейся от брака с знаменитым профессором. Если Пирогов и не делал над женой медицинских экспериментов, которых боялась дочь профессора Мойера, то Екатерине Дмитриевне все же нелегко было выполнять семейную программу, изложенную ей в свое время ее женихом. Она совершенно не умела водворять спокойствие в смятенной душе Николая Ивановича, издерганного тяжелой обстановкой трудового дня. Николай Иванович обвинял жену в безучастном отношении к подвохам и козням черниговцев, а когда она плакала от этих незаслуженных упреков, Пирогов рассерженный уходил в свои анатомические баки, где оставался до поздней ночи.
Много дней и вечеров проводила Екатерина Дмитриевна одна, со своими думами и слезами. Родные посещали ее редко. Приятельниц завести она не могла — обстановка дома была у Пироговых суровая, аскетическая. Иногда Николай Иванович устраивал вечера, на которые приглашал своих друзей-ученых. Это были главным образом солидные, почтенные, честные немцы, преклонявшиеся перед гениальностью Пирогова, дымившие сигарами, говорившие исключительно об анатомии, хирургии и других отраслях медицины. Допускавшиеся на эти вечера молодые ассистенты и прозектора кафедры хирургии не позволяли себе вмешиваться в беседы учителей и старших коллег, а говорить на какие-нибудь посторонние темы и подавно не смели.
Только дружбу жены с молодой переводчицей Ахматовой переносил Пирогов без раздражения и укоризненных поучений. Ахматова была рекомендована Пирогову его другом редакторам «Библиотеки для чтения» Сенковским, писавшим под псевдонимом «Барон Брамбеус». Николай Иванович по просьбе Сенковского лечил Ахматову от болезни глаз и, убедившись, что она чужда суетностям моды, не любит балов и театров, занимается серьезным литературным трудом, сам просил ее бывать у них в доме и развлекать его жену.
Близко наблюдавшая семейную жизнь Пироговых, Ахматова говорит в своих воспоминаниях о «несколько деспотическом взгляде» Николая Ивановича на женщин. Про Екатерину Дмитриевну Пирогову она пишет: «Она была олицетворением кротости и очень хороша собой. Николай Иванович впоследствии переменил свой взгляд на женщин, но в то время, когда я познакомилась с ним и с его первою женою, взгляды его на обязанности жены были несколько оригинальны. Он желал, чтобы жена его не бывала на балах и даже в театре, чтение романов и короткое знакомство с кем бы то ни было он тоже запрещал. У Екатерины Дмитриевны характер был очень уступчивый и кроткий, она не тяготилась такою жизнью, но очень была рада, когда получила разрешение читать для меня вслух французские и русские романы, так как мне самой чтение было запрещено. Я проводила с Екатериною Дмитриевною целые дни всю следующую зиму и никогда никого из посторонних не видала у нее. Она читала, я слушала, но в те дни, когда меня не было, она оставалась совсем одна. Николай Иванович, конечно, по целым дням не бывал дома».
По-видимому и Пирогов не без причины останавливался несколько раз в письмах ко второй своей невесте А. А. Бистром на отношениях к первой жене. Он горячо убеждает ее не верить сплетням про него и не составлять себе «предвзятого мнения» о его «наклонности к домашнему деспотизму». Но в одном из писем, однако, сам признается: «Я был эгоистом и не много прилагал труда узнать ее, полагая, что я ее и так хорошо знаю, что душа женщины гораздо проще, мотивы ее известнее».
Екатерина Дмитриевна Пирогова родила 1 ноября 1843 года сына Николая, 5 января 1846 года — второго сына Владимира, стоившего жизни матери. Она заболела после родов воспалением мозга; и умерла в страшных мучениях 19 января, 24 лет от роду.