Только при Павле I вопрос о Дерптском университете получил благоприятное разрешение. Павел отнесся сочувственно к идее восстановления Дерптского университета по соображениям политическим. В его время русской молодежи запрещалось учиться за границей «по причине возникших там зловредных правил к воспалению незрелых умов, на необузданные и развратные умствования подпускающих». Но дело с открытием университета для «благородного юношества» Прибалтийского края затянулось до 1802 года. Штат профессоров и преподавателей открывавшегося наконец университета почти весь был составлен из немцев, так как привилегированные классы Прибалтики, дававшие основную массу учащихся, пользовались во всем своем обиходе немецким языком, на котором велось также преподавание в местной средней школе.
Первым попечителем нового Дерптского университета был назначен известный германский поэт, друг Гете, Ф. И. Клинтср. В качестве начальника русских военных школ в Петербурге он считал необходимым применять в изобилии розгу, которую для полунемецкого Дерпта он Неожиданно заманил прогрессивными идеями эпохи «бури и натиска», получившей в Германии название от его драмы того же наименования. Пробыв на посту попечителя Дерптского университета до 1817 года, Клингер много содействовал углублению и развитию в Нем немецкой культуры и пополнению его профессорской коллегии выходцами из Германии.
Непосредственный же руководитель университета, выходец из Вюртемберга и воспитанник Штутгартской академии Г. Ф. Паррот настолько усердно поддерживал в Дерпте идеи Клингера, что прибалтийское дворянство забило даже тревогу. Бароны жаловались Александру I на «демагогические» стремления Паррота, который «готов поднять местных крестьян против дворянства». В вину ректору ставилась, между прочим, его речь на открытии университета (в августе 1802 года), когда Паррот указывал студентам, что «они Обязаны признательностью тому народу, который своим трудом обеспечивает дворянству благосостояние и досуг к занятию науками». Немалое возмущение среди баронов вызвали также заботы Паррота о том, чтобы университетское образование доступно было не одним только дворянам, но и представителям других классов. Действительно, среди дерптских студентов наблюдался известный, конечно весьма условный, демократизм. Так, по воспоминаниям одного дерптского студента, благодаря духу товарищества «все студенты без различия национальностей и социального положении говорили друг другу «ты», в корпорациях сливались армяне, поляки, русские, французы, евреи, сыновья сапожников и графов». Попечитель Клингер сообщал правительству, что лучшим студентом Дерптского университета является латыш Вильямс, бывший крепостной барона Врангеля, и что «прилежание и окота Вильямса к наукам равняются природным его талантам».
Недаром прибалтийские дворяне жаловались, что «скоро никого из дворян в Дерптском университете не останется, ибо всю доверенность потеряли, потому что профессора явно проповедуют безбожие, и пока Клингер будет попечителем, то и не будут иметь никакой доверенности к университету; Клингера вся Лифляндия ненавидит, яко человека дурных правил, злобного и безбожного; профессора без стыда говорят, что религию, яко предрассудок, истребить надо».
Поэт Николай Языков писал в конце мая 1828 года брату Александру из Дерпта
Рассказав в стихах, как ему в Дерпте «пленительно светила любовь», как ему «несносно тяжки»
поэт переходит к прозе и сообщает брату: «Сюда скоро прибудут 20 человек студентов из университетов московского, петербургского и казанского для усовершенствования себя в науках; здесь проживут три года, отправятся в Германию и возвратятся на кафедры ординарных». Через месяц, в конце июня, Языков все еще ждет профессорских кандидатов: «Скоро будут (сюда 20 юношей, назначенных сделаться учеными через посредство здешнего университета; они все коренные русские. Перевощиков им главнокомандующий. Дай бог, чтоб вышло что-нибудь хорошее, важное, торжественное, а не то, — и в Мекку посылать не за чем». И дальше — о «главнокомандующем» будущих профессоров. «Перевощиков послал уже в Главное училищ. правление свою учебную книгу истории русской словесности… Приговоры его писателям, разумеется, не мудры: он раскольник, старовер, даже скопец по сей части». Еще через месяц, 22-йюля, поэт сообщал брату, что профессорские кандидаты прибыли, наконец, в Дерпт, поступили под команду Перевощикова, но «об них еще ничего не известно».