Известный английский писатель, коллекционер и мемуарист Джон Ивлин, введенный в состав Совета по делам заморских плантаций, записал в своем дневнике, что 29 июня 1671 года на заседании Совета были зачитаны «письма сэра Томаса Модифорда, посвященные экспедиции и подвигу полковника Моргана и прочих людей с Ямайки на Испанском континенте в Панаме». 19 августа на другом заседании упомянутого Совета, согласно информации того же Ивлина, снова «были зачитаны письма сэра Томаса Модифорда, дающие изложение подвига в Панаме, каковой был весьма бравым; они взяли, сожгли и разграбили город громадных сокровищ, хотя лучшая часть богатства была увезена на корабле и находилась на какой-то якорной стоянке в Южном море; после того как наши люди разорили страну на шестьдесят миль вокруг, они вернулись в Номбре-де-Дьос (в действительности в крепость Сан-Лоренсо-де-Чагрес недалеко от Номбре-де-Дьос. —
Пока члены правительства и лондонские обыватели обсуждали бравые деяния адмирала Моргана на Испанском Мейне, сам «виновник торжества» все еще оставался на Ямайке. Приказ о его аресте Линч получил в ноябре 1671 года. Тем не менее, новый губернатор не рискнул взять адмирала под стражу немедленно: во-первых, тот был болен, а во-вторых, сэр Томас опасался возмущения и ухода с острова тех пиратов, которые добровольно явились туда после объявления амнистии. Отдавая должное честности и храбрости «короля» флибустьеров, губернатор в то же время не сомневался, что подчиненные ему головорезы совершили массу преступлений. Так, в декабре Линч писал в Лондон: «…если говорить о нем правду, то он — честный, храбрый малый, имел каперскую грамоту и инструкции от сэра Томаса Модифорда и Совета, которым… он повиновался и следовал столь прилежно, что они объявили ему публичную благодарность, каковая отмечена в книгах Совета. Однако надо признать, что приватиры совершили различные варварские деяния, которыми усугубили вину своего вице-адмирала».
27 января 1672 года в письме сэру Джозефу Уильямсону Линч сообщал, что собирается отправить «адмирала Моргана» в Англию на борту фрегата «Уэлкам». Но сделать это удалось лишь весной. 4 апреля Линч передал капитану Джону Кину, командовавшему упомянутым фрегатом, приказы и инструкции следующего содержания: «Немедленно отплыть в Англию, взяв под охрану «Лайон оф Бристол», кеч «Голдан хайнд», пинк «Провиденс оф Лондон» и доггербот «Джоанна»; достигнув первого же порта в Англии, доставить на берег письма и сообщение лорду Арлингтону о своем прибытии; взять на борт полковника Генри Моргана в качестве заключенного Его Величества; забрать у капитана «Эсистенса» [флибустьерского вожака] Фрэнсиса Уизерборна и содержать под стражей своего заключенного до получения высочайшего повеления».
Один из членов Совета Ямайки, генерал-майор Джеймс Баннистер, передал Моргану письмо для лорда Арлингтона, в котором дал узнику весьма лестную характеристику: «Податель сего, адмирал Морган, отправляется домой на фрегате «Уэлкам», чтобы отчитаться… за свои действия против испанцев. Я не знаю, найдет ли он там одобрение, но здесь за свою благородную службу он получил громкие и почетные аплодисменты как со стороны сэра Томаса Модифорда, так и со стороны Совета, выдавших ему каперское поручение. Я… могу сказать, что он — очень достойный человек, невероятно храбрый и способный вести за собой, который может, будь на то воля Его Величества, хорошо служить обществу на родине или быть весьма полезным этому острову, если война с испанцами вдруг вспыхнет снова. Я прошу помощи у Вашей светлости, чтобы он мог получить поддержку со стороны Его Величества в этом деле…»
Через пару дней «Уэлкам» снялся с якоря и, салютовав форту Чарлз, вышел из гавани Порт-Ройяла в открытое море. Спустя три месяца он был уже в Англии. 4 июля капитан Кин писал из Спитхэда, что двое заключенных — Морган и Уизерборн — все еще находятся на борту его фрегата, «но очень измучены своим долгим заключением, особенно полковник Морган, который весьма болен».
Спустя некоторое время капитан Кин получил с нарочным пакет, запечатанный королевской печатью. Высочайшее указание гласило: «Полковника Моргана отпустить на берег под честное слово. Жительство иметь в Лондоне на собственный счет».