Спустя некоторое время, получив ответ королевы, капитан «Золотой лани» смог вздохнуть с облегчением. Елизавета приказывала ему явиться к ней во дворец, прихватив с собой наиболее ценные трофеи. Дрейк поспешил в Лондон. Спустя короткое время королева назначила ему аудиенцию в одной из своих резиденций — в Ричмондском дворце. Поборов волнение, капитан вошел в королевские покои и опустился перед ее величеством на колено. К. В. Малаховский так описал эту встречу:
«Шесть часов за плотно закрытыми дверями продолжалась беседа с глазу на глаз Елизаветы с «ее пиратом», как она называла Дрейка. Вероятно, королева не только перебирала тонкими нервными пальцами драгоценные камни, великолепные изделия из золота и серебра и подробно расспрашивала об остальных сокровищах, оставшихся на «Золотой лани». Дрейк взял с собой карту, на которой был нанесен маршрут плавания, и можно представить себе, как увлекательно рассказывал он об удивительных перипетиях экспедиции. Правда, Дрейк не первым обогнул земной шар, но он был первым капитаном кругосветной экспедиции, проведшим ее от начала и до конца».
Во время аудиенции Дрейк рассказал королеве о заключенном с султаном Тернате торговом договоре, передал ей бортовой журнал своего трехлетнего путешествия и пространное письмо с описанием вояжа, а также показал многочисленные рисунки и карты побережий.
Прежде чем отпустить «своего пирата» назад в Плимут, Елизавета решила узнать мнение членов Тайного Совета о том, что им следует предпринять в создавшейся ситуации. В заседании участвовали пять человек, и они дискутировали в течение шести часов. В конце концов решили произвести опись захваченного серебра и отправить его на хранение в Тауэр. Когда об этом узнали Лестер, Хэттон и Уолсингем, не присутствовавшие на заседании, они отказались поставить свои подписи под упомянутым решением. Переговорив с королевой наедине, высокопоставленные инвесторы экспедиции добились ее согласия приостановить исполнение принятого на Совете решения; одновременно был пущен слух, что Дрейк привез на родину не очень много денег.
Тем временем Дрейк вернулся в Плимут, имея на руках приказ Елизаветы принять участие в описи сокровищ. Судья Тремейн должен был провести их регистрацию, но лишь после того, как Дрейк заберет из добычи наиболее ценные вещи. 8 ноября того же года судья Тремейн написал Уолсингему, как происходила регистрация захваченных в ходе кругосветной экспедиции трофеев: «Чтобы дать вам представление, как я действовал вместе с Дрейком, должен сказать, что у меня не было времени подсчитать стоимость сокровищ, которые показывал мне Дрейк. И, сказать правду, я просил его показывать мне не больше того, что он сам считал нужным, и от имени ее величества приказал, чтобы он не говорил о действительной стоимости ни одному живому существу. Я брал для взвешивания, регистрации и упаковки только то, что он мне передавал… И, выполняя секретный приказ ее величества о том, чтобы у него остались ценности на сумму 10 тысяч фунтов стерлингов, мы договорились, что он возьмет их себе и тайно вынесет до того, как мой сын Генри и я придем взвешивать и регистрировать то, что останется. Так и было сделано, и ни одно живое существо об этом не знает, кроме него и меня…»
Через некоторое время — очевидно, в середине октября — Дрейк снова отправился в Лондон. На сей раз он взял с собой несколько лошадей, нагруженных золотыми и серебряными изделиями, и привез эти сокровища в королевскую резиденцию Сион-Хаус в Ричмонде.
Узнав о встречах Елизаветы с Дрейком и полученных ею сокровищах, испанский посол потребовал от ее величества немедленной аудиенции. В ходе встречи Мендоса рассказал королеве о жестоком обращении членов команды Дрейка с пленными испанцами и многочисленных грабежах, учиненных ими в водах Испанской Америки. Однако едва Мендоса заикнулся о возвращении награбленных сокровищ, Елизавета резко прервала его и стала перечислять все грехи подданных короля Филиппа в отношении Англии. Она указала на неоднократные случаи преследования ее подданных во владениях испанского монарха, отчитала Мендосу за участие испанских войск в боевых действиях против англичан в Ирландии и, наконец, потребовала от короля Филиппа письменного извинения за вмешательство в ее внутренние дела.
Выслушав пламенную речь Елизаветы, Мендоса, задыхаясь от ярости, воскликнул:
— Что ж, если меня не слушают, пусть заговорят пушки!
Королева холодно ответила:
— Если вы будете говорить со мной подобным тоном, я посажу вас в такое место, где вы вообще не сможете говорить.
Мендоса вынужден был прикусить язык.
Желая снять с себя обвинения, выдвинутые испанским послом, Дрейк попросил своих людей подписать заявление о том, что в ходе экспедиции они никогда не топили испанские суда с командами и пассажирами и не истязали пленных. Кроме того, они утверждали, что не знают, сколько именно было захвачено золота и серебра, но, по их убеждению, молва слишком уж преувеличила их количество и реальную стоимость.