Пройдя вверх по эстуарию около двадцати лиг, корабли повернули назад и 27 апреля снова вышли в открытое море. В ту же ночь налетел еще один шторм, во время которого пропал флибот «Суон»; на его борту находились Томас Даути и еще несколько джентльменов, отправленных туда в наказание за «непослушание».
Едва буря улеглась, Дрейк велел двигаться дальше на юг. Он исследовал побережье Патагонии между 36° и 47° ю. ш. в поисках удобной гавани, но ничего подходящего не нашел. 8 мая корабли снова угодили в шторм, во время которого от флотилии во второй раз отбился «Кристофер».
Через четыре дня Дрейк велел стать на якорь в первом попавшемся заливе. Находившийся южнее мыс он назвал Мысом Надежды. На следующее утро на воду была спущена шлюпка с «Элизабет», на которой генерал-капитан решил лично обследовать берег. Очевидно, тогда же к флотилии присоединился «Кристофер». Но неожиданно погода вновь испортилась, сгустился туман, а потом подул резкий ветер с юго-востока. «Мэриголд» понесло прочь от остальных кораблей, но его команде вскоре удалось стать на якорь недалеко от берега. В ту же ночь «Мэри», на которой находился Нуньо де Силва, и «Кристофер» были вынесены ветром и сильным течением в открытое море. Не смог противостоять буре и «Пеликан»: утром 14 мая его тоже отнесло с якорной стоянки в сторону.
Как только шторм утих, Дрейк приказал матросам высадиться на берег, чтобы развести там огонь. Дым от костра должен был привлечь внимание потерявшихся судов. В конце концов, нашлись все, кроме «Суона» и «Мэри».
Поскольку англичане не смогли обнаружить в окрестностях залива достаточно дров и провизии, 15 мая они снялись с якоря и двинулись на юго-запад. На 47° 30´ ю. ш. была замечена красивая уютная бухта, и 17 мая суда стали там на якорь. На следующий день флотилия переместилась дальше в глубь бухты, где участники экспедиции провели две недели.
Обеспокоенный судьбой пропавших кораблей, Дрейк в первый же день стоянки на новом месте поручил Джону Уинтеру отправиться на «Элизабет» вдоль побережья в южном направлении, а сам на «Пеликане» решил поискать «Суон» и «Мэри» к северу от упомянутой бухты. Ему повезло — в тот же день флагман повстречался с «Суоном». Последний был немедленно отведен к месту стоянки флотилии и по приказу генерал-капитана разгружен, расснащен и разобран на части. Команду «Суона» распределили по другим судам, тогда как деревянные обломки решено было пустить на дрова. Таким образом, Дрейк решил уменьшить свою флотилию, сделав ее более мобильной. Томас Даути и его брат Джон, несмотря на энергичные возражения с их стороны, были переведены на борт «Кристофера».
Поскольку в бухте, где корабли стояли на якоре, водилось множество тюленей, англичане снова организовали на них охоту и, по словам Флетчера, «убили две сотни в течение одного часа». Естественно, бухта получила название Сил-Бей — Тюленья бухта.
Отдохнув и пополнив запасы провизии, участники экспедиции 3 июня подняли паруса и двинулись дальше на юг. 12 июня они вошли в небольшую бухту и простояли в ней два дня, используя это время для разгрузки «Кристофера», который был здесь расснащен и сожжен. Братьев Даути перевели на борт «Элизабет», команде которой строго-настрого запретили общаться с ними. Кроме того, Дрейк не позволил им читать книги и делать какие-либо записи — очевидно, подозревал их в черной магии. Правда, позже этот запрет был несколько смягчен: братьям разрешили читать книги при свидетелях и писать, но только на английском языке. Джон Кук сообщает, что генерал-капитан не хотел везти с собой дальше обоих братьев. Джона Даути он считал «колдуном и отравителем», а Томаса обвинял в черной магии, подстрекательстве к мятежу и в том, что он «очень плохой и распутный малый».
14 июня флотилия снова пошла вдоль побережья в сторону Магелланова пролива. 17-го числа суда стали на якорь в бухте на 50° 20´ ю. ш. Здесь Дрейк решил не задерживаться, а повернуть обратно и еще раз поискать пропавшую «Мэри». На следующий день англичане повели свои корабли на север. 19-го, ближе к вечеру, когда флотилия находилась на траверзе бухты Сан-Хулиан, впереди был замечен парусник. К несказанной радости путешественников, они узнали в нем разыскиваемый корабль. Объединившись с «Мэри», все суда экспедиции повернули в упомянутую бухту.
20 июня они вошли в бухту Сан-Хулиан (в записках Флетчера — порт Сент-Джулиан), расположенную на 49° 18´ ю. ш. В южной части гавани виднелись остроконечные скалы, напоминавшие башни, а посредине бухты, в двух лигах от устья, моряки обнаружили группу низких песчаных островов, которые в свидетельствах Нуньо да Силвы именуются Абра-де-Ислас.