Крупные морские битвы к тому времени уже миновали, но все же до октября 1809 года, то есть пока молодой Марриет служил под началом лорда Кокрейна, он успел принять участие более чем в пятидесяти морских сражениях у берегов Франции в Средиземном море.
Среди многочисленных эпизодов его морской биографии был и такой. Однажды «Империуз» преследовал корабль противника в заливе Аркупон, где тот пытался укрыться от огня корабельной артиллерии. Лорд Кокрейн решил захватить его, и юный Марриет оказался в составе абордажной группы. Он ни на шаг не отставал от первого лейтенанта, возглавившего отряд, и вместе с ним ступил на палубу вражеского судна. Но едва они оказались там, как офицер был сражен выстрелами из мушкетов. Падая, он сбил бегущего за ним Марриета, и того чуть было не затоптали товарищи, ринувшиеся вперед. Когда корабль был захвачен, матросы с «Империуза» стали собирать убитых и раненых. Марриета, находившегося в шоковом состоянии, посчитали убитым. Один из гардемаринов, недолюбливавший Марриета, посмотрел на неподвижно распростертого на палубе товарища и, слегка пнув его ногой, произнес: «А вот молодой петушок, который откукарекал! Да-а, каким-то чудом этот малый избежал виселицы!» Возмущенный таким «приветствием» и комментарием, Марриет собрал почти угасшие силы и сумел с трудом выдавить из себя: «Вы — лгун!», что вызвало взрыв хохота, несмотря на серьезность ситуации.
Во время службы на «Империузе» в Средиземном море Марриет не раз принимал участие в морских десантах, которые высаживались англичанами в поддержку испанцам, воевавшим с французами. Дважды в таких операциях он получил ранения: во время штурма в крепости Мангат, контролировавшей дорогу из Барселоны в Жерону, и при обороне замка Росас, занимавшего важное стратегическое положение.
Несмотря на молодость, Марриет был незаурядно отважен и находчив. Особенно он отличился, участвуя в создании плавучих заграждений на «Баскской дороге», когда англичане применили против французского флота брандеры, то есть суда, предназначавшиеся к подрыву при столкновении с противником, и был поощрен командованием. За участие в средиземноморских операциях Марриет был представлен лордом Кокрейном к правительственной награде.
Марриет никогда не был любимчиком, хотя делал больше, чем требовалось по службе. Смышленого и ловкого гардемарина заметили. Он стал получать награды и повышения. В 1812 году ему присвоили звание лейтенанта и направили на «Эспиджел» в Вест-Индию. В этих водах на «Ньюкасле 58» и «Спартанце» он участвовал в захвате пиратских судов «Утренняя звезда» и «Полли» в Хейкокской бухте. Еще два капера были захвачены на Литл Ривер.
За время службы в военно-морском флоте Марриет ходил на многих кораблях, бороздя моря и океаны в разных концах земного шара. В 1815 году он становится капитаном и получает под свое командование сначала малые, а позднее и крупные корабли.
Крейсируя в 1821 году в Атлантическом океане возле острова Святой Елены, где находился в ссылке Наполеон, Марриет присутствовал при его кончине и, неплохо владея карандашом, довольно точно запечатлел бывшего императора на смертном одре. Вернувшись в Англию на «Розерио», он привез депешу о его смерти.
Приняв в 1823 году под командование двадцатипушечный корабль «Ларн», Марриет совершил на нем переход в Ост-Индию. Там он участвовал в Бирманской войне и некоторое время в 1825 году исполнял обязанности старшего офицера военно-морских сил.
Под конец службы, с ноября 1828 года по ноябрь 1830 года, Марриет командовал «Ариадной», кораблем, выполнявшим крейсерские функции в проливе Ла-Манш и у Гебридских островов.
Морская служба сурова и не для слабых. Марриет не раз повторял, что это — соль, а не сахар. Но сам он чувствовал себя в море в своей стихии, с молодых лет проявляя бесшабашную удаль, ловкость и смелость. Он стал героем событий, когда в сентябре 1811 года в районе мыса Малабар фрегат, где он служил, попал в сильнейший шторм и лег набок со сломанными грот-стеньгой и грот-реем. Чтобы спасти судно, нужно было добраться до них и обрубить. Эту сцену Марриет описал так: «Привязав острый топор, я дал капитану понять, что попытаюсь обрубить обломки, жестом пригласил последовать за собой тех, кто захочет, и стал взбираться по такелажу. Человек пять матросов последовали за мной. Резкий толчок почти сбросил нас за борт, и обломки мачты чуть было не раздавили нас. Мы удержались, лишь крепко вцепившись в ванты руками и ногами. Затаив дыхание, весь экипаж следил за нами, пока мы не добрались до обломков. Здесь мы разделили обязанности: матросы начали разбирать талрепы на стеньге, а я занялся вантами грот-рея. Мощные толчки, ужасающий грохот волн, темень затрудняли работу. На рассвете нам все же удалось выполнить задачу, и обломки рухнули за планширь. Облегченный корабль выпрямился. Мы спустились под одобрительные возгласы команды».