С весны 1911 года наметилось постепенное сближение Союза активной борьбы и Польской армии. Сотрудничество началось с создания совместной комиссии для выработки строевого устава, но со временем взялись и за преодоление политических и идеологических разногласий, а также личной предубежденности. Идти на компромисс было непросто в том числе и потому, что руководители САБ были заметно старше своих коллег из ПА (например, Янушайтис был моложе Пилсудского на 22 года).
Большое напряжение сил в связи с активным образом жизни сказывалось на здоровье Пилсудского. Судя по всему, он был человеком весьма мнительным и всерьез опасался легочного или сердечного заболевания. Его письма любимой Александре в предвоенные годы полны жалоб на состояние здоровья. А близко знавший его Игнаций Дашиньский с сочувствием отмечал в 1915 году, что фронтовые условия не очень хорошо влияли на организм Пилсудского, «который всю жизнь боролся с болезнью сердца и жил вопреки всем диагнозам врачей». В отдельные периоды жизни Пилсудский не выдерживал перенапряжения и практически прекращал всякую активность. Так было, например, в начале 1911 года, когда он в очередной раз начал подозревать у себя тяжелую легочную болезнь и поэтому отправился с Марией на итальянский курорт Нерви в окрестностях Генуи. Здесь он лишь изредка раскладывал пасьянс, а обещанные издателям материалы и статьи так и не подготовил. После таких более или менее продолжительных пауз наступал новый всплеск активности, и так до следующего недомогания.
К 1912 году, когда стрелковое движение включило в свой состав практически всех, кто готов был бороться за независимость Царства Польского и при этом придерживался левых убеждений, Пилсудский и его соратники столкнулись с проблемой новых кадров. Кроме того, социалистическая родословная руководителей движения служила серьезным препятствием при сборе средств на военную подготовку. Необходимо было искать доступ к тем кругам потенциальных меценатов, которые были не только далеки от социалистического движения, но и враждебны ему.
В связи с этим возникла идея организации так называемой Военной казны, то есть специального фонда для финансирования деятельности всех организаций, определивших своей целью борьбу за независимость Царства Польского. Его должны были возглавить известные в широких кругах, свободные от каких-либо политических пристрастий общественные и культурные деятели, сторонники активных форм борьбы за независимость русской Польши. На VII заседании Партийного совета в конце мая – начале июня 1912 года Пилсудскому удалось убедить его членов в необходимости созыва такой конференции.
В июне того же года офицерский совет САБ принял важное решение о структурных изменениях с целью дальнейшей централизации руководства этой организации. Функции прежнего коллегиального отдела, руководившего делами САБ, были переданы Главному коменданту, ежегодно избираемому советом офицеров союза. Первым комендантом стал Пилсудский, его назначение повторялось и в последующие годы. При Главном коменданте действовал совет, были созданы главный и местные штабы. Начальником главного штаба стал Соснковский. Аналогичным образом перестраивалась и структура стрелковых организаций. Июньская реформа САБ способствовала дальнейшему укреплению авторитета Пилсудского в его окружении и среди сторонников активных форм борьбы за независимость русской Польши.
Несомненно, реформирование САБ Пилсудский проводил не только для того, чтобы усилить свои позиции в движении сторонников независимости Царства Польского. Они и без этого были достаточно прочными, особенно среди соратников, оставшихся приверженцами главных задач ППС, сформулированных в начале далеких 1890-х. Ему нужна была сильная организация для достижения более серьезной цели. Видимо, Пилсудский считал, что рост напряженности в международных отношениях в 1912 – 1913 годах и все более явно обозначавшийся конфликт между Австро-Венгрией и Россией на Балканах создавали благоприятную атмосферу для начала политических переговоров с австрийцами относительно будущего Царства Польского. Об этом свидетельствуют его памятная записка, врученная Рыбаку в августе – сентябре 1912 года для передачи по инстанции, а также подготовленный в это же время по его поручению М. Кукелем аналогичный документ, переданный в военную канцелярию эрцгерцога Франца Фердинанда. Там весьма обстоятельно перечислялись возможные выгоды, которые австрийская сторона могла бы получить от взаимодействия с ППС в случае войны с Россией, и подчеркивалось, что они были бы еще значительнее, если бы Австро-Венгрия помогла подготовить достаточное количество руководителей повстанческих отрядов. В случае принятия предложения Пилсудского центр тяжести сотрудничества между его соратниками и австрийской военной разведкой смещался бы с разведывательно-диверсионной деятельности в область партнерского взаимодействия польской и австро-венгерской армий[92]. Тем самым возникали бы благоприятные условия для возвращения польского вопроса на международную арену.