Это качество его характера в очередной раз дало о себе знать на конгрессе конфедерированных политических партий, созванном для определения задач деятельности комиссии в условиях стабилизации международных отношений. Конгресс состоялся на рубеже ноября и декабря 1913 года. Пилсудский выступил на нем с отчетом о деятельности в качестве Главного коменданта стрелков и дружинников. Обсуждение обнаружило несовпадение мнений по ряду важных вопросов, в том числе относительно задач и принципов деятельности Комиссии конфедерированных партий (теперь она перестала называться временной) и Польской военной казны. И все же по спорным моментам удалось принять компромиссные решения, сохранив тем самым две эти очень важные для Пилсудского структуры.
Конгресс изменил характер Комиссии конфедерированных партий. Она перестала быть органом, предназначенным для формирования правительства Царства Польского в момент начала войны, превратившись в структуру для координации борьбы отдельных партий за независимость польских губерний самодержавного государства. В ее компетенцию теперь входили контроль деятельности ПВК и отделов комиссии (военного и прессы), распределение средств из фонда военной казны, определение основных направлений военной работы, инициирование и организация совместных политических акций партий, входящих в состав комиссии, принятие решения о вооруженном выступлении стрелковых организаций. Комиссия не имела права вмешиваться во внутренние дела вошедших в нее партий, препятствовать их свободному развитию и даже спорам между ними. За ней не признавалось никаких правительственных функций, она не могла создавать какие-либо постоянные органы, помимо отделов финансового, военного и по делам печати. Партии сохраняли право самостоятельно определять политику и методы борьбы за независимость[106].
Не меньшую склонность к компромиссу проявил Пилсудский на X Партийном совете в январе 1914 года при обсуждении вопроса о ППС-оппозиции. Несмотря на то, что многие участники форума требовали занять жесткую позицию в отношении раскольников, прошло предложение Главного коменданта обратиться к ним с призывом вернуться в партию без всяких предварительных условий. Несомненно, это способствовало ликвидации раскола. 3 августа того же года лидеры ППС-оппозиции приняли решение о роспуске своей организации и возвращении в ряды ППС.
Но Пилсудский решительно пресекал все попытки нарушения субординации в Союзе активной борьбы, даже если виновниками были люди, занимавшие высокие места в этой организации. Так было, например, в случае с членом ППС с 1904 года Генриком Минкевичем. За ненадлежащую субординацию Пилсудский не только отстранил его от должности руководителя стрелкового союза в Закопане, но и исключил из САБ.
В начале 1914 года казалось, что наметившийся в 1913-м кризис в лагере сторонников активных форм борьбы за независимость Царства Польского удалось преодолеть. Однако развитие событий очень скоро показало непрочность достигнутого Пилсудским успеха. В феврале разразился скандал, спровоцированный финансовой нечистоплотностью секретаря Комиссии конфедерированных партий Йодко-Наркевича, известного своей любовью к красивой жизни. Дело, инициированное Тетмайером, до недавнего времени тесно сотрудничавшим с группой Пилсудского, было передано в суд. В конечном счете по взаимной договоренности сторон скандал был замят, но давний соратник Йодко вынужден был уйти со всех своих постов. Для Пилсудского это был серьезный удар. Из игры был выведен один из его ближайших друзей, посвященный в операции «Вечер» и «Осведомитель "Р"».
Еще более сильный удар по позициям Пилсудского был нанесен с совершенно неожиданной стороны. В апреле Галицию посетили эмиссары американской Полонии, проверявшие порядок использования денежных средств, поступавших в Польскую военную казну из США. Контролерами оказались сторонники национальных демократов. Несмотря на все старания Славека, Пилсудского, Сокольницкого, Василевского доказать, что американские средства расходуются безупречно, выводы проверяющих оказались для Главного коменданта неблагоприятными. По результатам отчета контролеров американский Комитет национальной обороны в июне 1914 года решил производить сбор средств не вообще для ПВК, а для каждой из отдельных организаций в Галиции. Насчитывавшие около семи тысяч человек стрелковые организации не могли больше претендовать на львиную долю американских средств. Это не только лишало смысла существование этой структуры, но и обеспечивало Польским стрелковым дружинам финансовую независимость от ПВК. С этого момента участие в Комиссии конфедерированных партий перестало их интересовать. В мае 1914 года Польские стрелковые дружины, которые по численности своих рядов быстро догоняли Стрелковый союз (5 тысяч членов в июле и 6 тысяч спустя месяц против 7 тысяч у Пилсудского), порвали с Комиссией конфедерированных партий и Польской военной казной.