Сначала велись переговоры между Петром и Софьей. Петр спрашивал о причине ночных вооружений Кремля, и царевна дала ему двусмысленный ответ. И с той и с другой стороны старались выиграть время. В этой борьбе не принимала участия ни армия местная, ни иностранная, ни большая часть стрельцов и полков Гордона и Лефорта. Кто же привлечет их на свою сторону? 16-го августа Петр выступил первый: царская грамота призывала на следующий день отряды из всех этих войск, по десяти человек от полка. В ответ на это, эмиссары Софьи перехватили царских послов; в то же время другая грамота, подписанная правительницей, запрещала начальникам и солдатам покидать их слободы под страхом смерти. Сначала казалось, что мера подействовала: призываемые отряды не отвечали на призыв; прошел слух, что грамота Петра была подложная. Но между тем, медленно, незаметно слободы пустели, и в то же время прилив солдат и офицеров всех родов оружия увеличивался в Троице. Даже у самых преданных царевне замечались признаки упадка духа. Василий Голицын первый подал пример. Думают, что он хотел пробраться в Польшу, чтобы вернуться с войском поляков, татар и казаков и предупредить таким образом события, но что Софья его отговорила от этого проекта, который разлучил бы ее с любовником. Тогда он покинул ее на произвол судьбы и сам удалился в свое имение Медведково в трех верстах от Москвы, не желая ни во что вмешиваться. Иностранным офицерам, которые приходили за приказаниями, он давал уклончивые ответы. Это было признаком неминуемого поражения. Но правительница не уступала еще поля сражения брату. Она знала, чего ей ждать от него. Уже восставшие раскольники кричали ей, наводняя Кремль: «Пора в монастырь!» Но это казалось ей хуже смерти, и она торопилась отправить в Троицу мирных послов, даже самого патриарха. Почтенный парламентер воспользовался случаем перейти на сторону царя и появился рядом с ним на торжественном приеме дезертировавших офицеров и солдат, число которых увеличивалось с каждым днем. Софья решилась на последний шаг и отправилась в Троицу сама. На полдороге, в селе Воздвиженском, где семь лет тому назад упала голова Хованского, ее остановил Бутурлин, запрещая идти дальше. У вооруженной армии, следовавшей за боярином, ружья были наготове. Софья отступила, но еще держалась, расточая ласки стрельцам, большую часть которых удерживало прошлое сообщничество, боязнь наказания и соблазн новых наград, и которые оставались верны ей. Они клялись умереть за нее, но, всегда легко возбуждаемые, не дисциплинированные, 6-го сентября появились перед Кремлем, требуя выдачи Шакловитого, доверенного, правую руку и заместителя любовника царевны. Они хотели сделать его козлом отпущения, искупительной жертвой, казнь которой утолит гнев царя и водворит общее согласие. После упорного сопротивления Софья уступила – и сознала, что ей больше не на кого и не на что рассчитывать. Шакловитый в руках Петра оказался страшным оружием. Допрошенный под кнутом, он дал желательные показания, которые нужны были сторонникам Петра против Софьи и ее приверженцев. Отголосок его показаний заставил самого Василия Голицына покинуть свое убежище и привел его в Троицу, покорного и раскаявшегося. Это конец. Петр отказался видеть его; но благодаря заступничеству Бориса он согласился не быть слишком строгим. Бывшего регента ссылали в Каргополь, по дороге в Архангельск, потом в Яренск, дальше на восток, в глухую деревню, где, после конфискации имущества, он получал 1 рубль в день на жизнь с семьей, состоявшей из пяти человек. Там он протянул до 1715 года. Но полуснисхождение царя остановилось только на нем. Шакловитый же и его сообщники, настоящие и предполагаемые, были осуждены на смерть. Медведев, заключенный сначала в монастырь и испытавший жесточайшие пытки, кончил тем же.
Софья, как она и предполагала, была отправлена в монастырь с некоторыми мерами предосторожности, которая увеличивали строгость наказания. Петр установил отношения со своим братом. Он написал ему следующее письмо: