Советская (а ранее леволиберальная) историография хорошо поработала над тем, чтобы представить помещичье землевладение в России неким сплошным черным пятном, концентрировавшим в себе исключительно негативные моменты. Между тем многие помещичьи имения сыграли важную роль во внедрении в сельское хозяйство передовых методов хозяйствования, что давало ему значительный импульс развития. В отличие от традиционно косной крестьянской общины, многие помещики стремились сделать свои хозяйства образцовыми и максимально повысить их рентабельность за счет внедрения новых технологий. И если крестьянская община в лучшем случае с трудом могла себя прокормить, то в хорошо поставленных помещичьих хозяйствах добивались рекордных урожаев (которые и составляли основу российского зернового экспорта) и строили мощности по переработке мяса и молока. Другой вопрос, что таких имений в масштабах России было не так уж много, и Столыпин видел будущее аграрной сферы всё же не в крупных дворянских поместьях, а в крепком крестьянском хозяйстве, которое будет пользоваться широкой государственной поддержкой.
Но учитывая плохие, сильно переувлажненные почвы Ковенской губернии, Столыпин считал, что доминирующим в сельском хозяйстве региона должно стать не земледелие, а животноводство, что впоследствии и произошло.
При этом Столыпин в своей новаторской деятельности в области сельского хозяйства не ограничивался только развитием собственного имения. Он стремился, чтобы все остальные хозяйства уезда (а потом и губернии) не уступали Колноберже. С этой целью в 1900 году Столыпин организовывает Ковенское сельскохозяйственное общество, которое не только пропагандировало новейшие знания в области агрономии, но и имело склад новейших сельхозмашин, а также распространяло сортовые семена различных культур.
Кроме того, показательно, что Столыпин не ограничивался сугубо технологическими вопросами (при понимании всей их важности) — он осознавал, что не менее важно решение вопросов социальных. На заседании сельскохозяйственного общества Петр Аркадьевич выступает с подробными докладами, в которых проводится мысль о необходимости социальной защиты наемных работников, их пенсионном обеспечении, улучшении положения женщин-работниц. И это были не просто теоретические декларации, за которыми не стояло никакой конкретики. Наемные работники в имении Столыпина получали самую большую оплату в уезде, и Петр Аркадьевич обеспечивал им достойные условия труда. Как вспоминали местные жители, каждый год семья Столыпиных после сбора урожая организовывала так называемые «праздники рабочих», на которых раздавали подарки (одежду, сладости и др.) самим рабочим и их детям (детские подарки лично готовила Ольга Борисовна). Все служащие имения были искренне преданны Петру Аркадьевичу, а он ценил это и полагался на их верность. Некоторые из слуг сопровождали Столыпина во все места его службы, а один погиб во время покушения на Аптекарском острове в 1906 году.
О широте государственного кругозора Петра Аркадьевича свидетельствует и то, что мыслил он не узкими уездными категориями, а масштабом империи. Предводитель дворянства уже тогда неоднократно выступал с обоснованием того, что для дальнейшего развития России необходима широкая экспансия на новые внешние рынки (что, в свою очередь, было невозможно без повышения качества продукции). Вот его слова: «Открытие новых рынков сбыта создало бы, вероятно, целый ряд побочных производств, имеющих при настоящих условиях немаловажное значение для сельского хозяйства».
Столыпин был также убежден, что главным внешним рынком сбыта отечественных сельхозтоваров должна и далее оставаться Германия, а поставляемую туда продукцию из приграничных районов Министерство финансов должно освободить от ряда таможенных сборов. Это мнение во многом обусловило его будущую убежденность в том, что ухудшение экономических и политических отношений с Берлином является крайне нежелательным и может привести к катастрофическим последствиям.
11 марта 1902 года императорским указом Петр Аркадьевич был утвержден в звании члена-представителя сельского хозяйства Российского сельскохозяйственного совета на текущий год, что явилось признанием авторитета Столыпина в вопросах сельского хозяйства.
Необходимо отдельно остановиться и на деятельности Столыпина в должности почетного мирового судьи по Ковенскому и Инсарскому судебно-мировым округам, должности в определенном смысле не менее важной, чем предводитель дворянства. Здесь он дополнительно подтвердил свою репутацию безупречно честного человека, для которого не имело значения ничего, кроме соблюдения закона.