Не имевший достаточных сил для отпора захватчикам и лишенный поддержки Европы, князь, желая спасти своих людей от полного уничтожения, был вынужден в следующем году отправиться в Орду за ярлыком на великое княжение. Перед поездкой к Бату-хану духовник великого князя дал ему следующее наставление, которое Михаил обещал свято исполнить: «Если хочешь ехать, княже, не уподобляйся другим князьям: не проходи сквозь огни, не поклоняйся ни кусту, ни идолам их, ни пищи от них не принимай, ни питья их в уста не бери, но исповедуй веру христианскую, ибо не подобает христианам поклоняться твари, но только единому Господу нашему Иисусу Христу».
О том, что произошло в ханской ставке, хорошо известно не только из «Сказания об убиении в Орде князя Михаила и боярина его Федора», появившегося через несколько десятилетий после их мученической гибели (и потом имевшего множество редакций), но и из свидетельства итальянского путешественника монаха-францисканца Плано Карпини. Перед тем как допустить князя к Бату-хану, татары потребовали, чтобы он поклонился обожествляемым ими стихиям и прошел через очистительный огонь. Михаил категорически отказался это сделать, пояснив тем, что «христианин кланяется только Богу, Творцу мира, а не твари». Когда об этом доложили Бату-хану, он послал к Михаилу знатного татарина Елдегу передать свои слова: «Почто не исполняешь моего повеления, богам моим не кланяешься? Теперь сам выбирай: жизнь или смерть. Если исполнишь повеление мое, то жив будешь и княжение получишь. Если же не поклонишься кусту, солнцу и идолам, то злою смертью умрешь». Михаил же отвечал на это: «Тебе, царю, кланяюсь, ибо поставлен ты на царство свое от Бога. А тому, чему велишь мне, не стану кланяться!» И после этих слов сказал ему Елдега: «Знай, Михаил, что ты уже мертв».
Дальше, согласно «Сказанию», события развивались так: «Внук святого Михаила князь Борис стал говорить своему деду с плачем: "Господин, поклонись, сотвори волю цареву". И все бояре Борисовы, бывшие с ним, начали уговаривать князя: "Все за тебя епитимью примем, и со всею областью нашей, только исполни повеление царя!" Михаил же отвечал им: "Не хочу только по имени называться христианином, а поступать по-язычески". Боярин же его Федор, опасаясь, как бы не поддался князь на уговоры, напомнил ему наставления духовного отца их, а также вспомнил и евангельские слова: "Кто хочет душу свою сберечь, тот потеряет ее; а кто потеряет душу свою ради Меня, тот обретет ее". И так отказался Михаил выполнять ханскую волю. Елдега же поехал рассказать о том хану.
На том месте находилось множество людей, как христиан, так и язычников, и все они слышали, что отвечал князь посланцу хана. Князь же Михаил и боярин Федор начали сами отпевать себя, а затем причастились Святых Тайн, которые передал им духовник их перед поездкой в Орду. В это время сказали Михаилу: "Княже, вот уже идут убивать вас. Поклонитесь и живыми останетесь!" И отвечали князь Михаил и боярин его Федор, словно едиными устами: "Не станем кланяться, не слушаем вас, не хотим славы мира сего". Окаянные же убийцы соскочили с коней и схватили святого князя Михаила, и растянули его за руки и за ноги, и стали бить кулаками против сердца, а затем бросили наземь и стали избивать ногами. Один же из убийц, бывший прежде христианином, а затем отвергшийся христианской веры, по имени Доман, родом из Черниговской губернии, вынул нож и отрезал голову святому князю и бросил ее прочь. А потом обратились убийцы к боярину Федору: "Поклонись богам нашим и жив останешься, и примешь княжение князя твоего". Федор же предпочел принять смерть, подобно своему князю. И тогда начали его мучить так же, как мучили прежде князя Михаила, а затем отрезали его честную главу. Случилось же это злое убийство 23 сентября. Тела обоих мучеников были брошены на съедение псам, и только спустя несколько дней христианам удалось укрыть их».
Добавим только, что есть какая-то мистика в том, что крест святого князя-мученика поколениями хранился в семье будущего первого полновластного главы правительства Российской империи Сергея Юльевича Витте, которого связывали со Столыпиным не только общие предки, но крайне сложные отношения. Как вспоминал граф Витте: «Бабушка научила нас читать, писать и внедрила в нас основы религиозности и догматы нашей православной церкви. Я ее иначе не помню, как сидящею в кресле, вследствие полученного ею паралича. Бабушка умерла, когда мне было лет 10–12. Мой дедушка Фадеев находился под ее нравственным обаянием, так что главою семейства была всегда Фадеева-Долгорукая. Дедушка женился на ней, будучи молодым чиновником; где он с нею познакомился, — я не знаю, но знаю, что родители моей бабушки жили в Пензенской губернии; они были дворяне Пензенской губ.