В действительности же за этим обещанием скрывался глухой протест и глубокое отвращение. Даже по своей природе Алексей был полной противоположностью Петру. В его жилах текла кровь слабой и набожной Евдокии, а не того деспота, который хотел из него сделать свое подобие. Петр славился геркулесовой силой, а Алексей был тщедушным молодым человеком, подверженным галлюцинациям. Первый любил войну, а второй ее ненавидел; первый пренебрегал церковью, а второй лучшим отдыхом считал посещение священников; первый зачитывался научными книжками, второй смотрел на мир через призму священных текстов; царь хотел вырвать Россию из ее векового сна, его сын чтил старые московские обычаи; первый готов был пожертвовать всем, чтобы двигаться вперед, второй упрямо смотрел назад. Однако и первый и второй имели склонность к разврату, но этого недостаточно было для того, чтобы между ними создалась общность. К тому же Алексей не мог простить своего отца за то, что с детства был разлучен с любимой матерью. В начале 1707 года он втайне посещал Суздальский монастырь, где в заточении содержалась его мать. Предупрежденный об этом своеволии сына, Петр подозревает заговор, вызывает сына и оглушает его проклятиями и угрозами. Как обычно, Алексей сгорбился, бормоча извинения, и обещал больше так не делать. Но с каждым очередным взрывом он все больше отдалялся от отца, которым восхищался и которого ненавидел одновременно. Скоро дом царевича в Москве стал прибежищем для всех недовольных режимом. Там собирались те, кто разделял любовь к старым временам, шептались о безумии государя, который хотел вырвать все корни, предсказывали, что Санкт-Петербург сгинет в болотах. В попытках приобщить своего сына к государственным делам Петр назначил его в 1708 году, когда Алексею исполнилось восемнадцать лет, губернатором Москвы, приказав следить за укреплениями Кремля, набором рекрутов, снабжением продовольственными запасами и взиманием налогов. Эти административные хлопоты наводили скуку на молодого человека, который сметал со стола регистрационные и бухгалтерские книги, учебники по пиротехнике и артиллерии, чтобы погрузиться в жизнеописания святых и произведения Фомы Аквинского. Петр узнал об этом и пришел в ярость. Перед отцовским гневом Алексей искал опору в лице новой фаворитки отца, которая заняла место его матери и которую при дворе называли Екатериной Алексеевной. «Пожалуйста, постарайтесь узнать, почему мой отец, государь, так гневается на меня; он пишет, что я забросил свои дела, что я шатаюсь в праздности; это повергает меня в замешательство и грусть», – писал он ей. Вне всякого сомнения, Екатерина быстро заступилась за него, потому что восемь дней спустя Алексей пишет ей, чтобы выразить свою благодарность: «Екатерина Алексеевна, я от всего сердца благодарю вас за это проявление великодушия и мягкости ко мне и прошу вас и впредь не оставлять меня в будущем в подобных случаях». В следующем, 1709 году, везя подкрепление, затребованное царем, Алексей простудился и не мог присутствовать по правую руку от своего отца в празднование победы в Полтавской битве. Петра раздражало, что его наследник настолько хил. «Если у мальчика нет силы, дадим ему ума», – подумал он и решил отправить царевича в Германию, в Дрезден, чтобы завершить его образование. «Я вам приказываю, – сухо писал царь сыну, – во время вашего пребывания там (в Дрездене) вести себя достойно и серьезно заняться вашим образованием, главным образом иностранными языками, о которых у вас уже есть некоторое понятие (немецким и французским). Посвятите также ваше время геометрии и фортификационной науке, а также политическим делам. Напиши мне, когда закончишь с геометрией и фортификацией. И на том, с Богом…»
Однако Алексей все медлил с отъездом. Он чувствовал себя счастливым только в Москве, в этом святом городе, где так много церквей, где все дома, как ему казалось, походили на храмы. Наконец в марте 1710 года он отправился в дорогу. Это путешествие, которого он так опасался, имело тем не менее некоторую пользу: расстояние между ним и отцом увеличивалось. Приехав в Дрезден, он волновался, что будет находиться среди еретиков без духовного наставника рядом, и писал Якову Игнатьеву, прося его втайне прислать для спасения души, священника, который, возможно, сбреет бороду и переоденется в лакейское платье. Он переписывался также с матерью, дедом и своими друзьями в Москве, но украдкой, окольными путями, «по причине, – как он писал, – многочисленных шпионов». В отличие от своего отца за границей его привлекали ни арсеналы, доки и заводы, но религиозные книги. Он обратился к ученому богослову Гейнекциусу с просьбой написать для него катехизис по учению православной церкви и делал выписки из церковно-исторического труда Барония «Annales ecclesiastici».