В июле 1693 года царь отправляется в северные края, в Архангельск, единственный порт в своем государстве, где можно было дышать морским воздухом. Вместе с ним едет группа в сто человек, среди которых Лефорт, Ромодановский, Бутурлин, священник и двое придворных карликов. Приехав в Архангельск, Петр был так очарован бьющимися о берег серыми волнами, легким туманом, скрывающим линию горизонта, суетой моряков на причале, торговой сутолокой города, где собирались все купцы из Европы, что больше не мог сдерживаться и забыл об обещании, данном матери. И вот он, уже одетый в форму голландского матроса, на борту яхты «Святой Петр», вышел в открытое море. Резкий ветер бил ему в лицо, сильные волны ударяли о палубу под ногами. Стоя рядом с рулевым, царь мечтал о том дне, когда русский флаг станет развеваться над этими просторами, которые принимают пока только иностранные суда. По возвращении в Архангельск он решает создать военный флот. Первый корабль будет сооружен в России местными мастерами, другой он закажет в Голландии, бургомистру Амстердама, Витсену: это будет фрегат с сорока четырьмя пушками. Между тем, узнав, что ее бесстрашный сын отважился отправиться в море к границам Северного Ледовитого океана, Наталья Кирилловна умоляла его в письме вернуться в Москву. Она даже написала ему от имени своего трехлетнего внука Алексея: «Здравствуй и доброго здоровья тебе на долгие годы, мой дорогой батюшка, царь Петр Алексеевич. Возвращайся к нам скорее, ты наша радость, наш государь. Я прошу тебя об этой милости, потому что вижу печаль бабушки». Наконец, с большим сожалением, Петр собрался в обратный путь.
В Москве он нашел свою мать больной и обеспокоенной. Он испытывал к ней большую нежность, благоговейное почтение; она представлялась ему единственным существом в мире, чья любовь не была запятнана никаким расчетом. Но, несмотря на все заботы придворных медиков, царица умерла 25 января 1694 года. Печаль Петра была похожа на летнюю грозу. Он выл, плакал, молился. Но на третий день после похорон Натальи Кирилловны уже ужинал у Лефорта в кругу веселых друзей. Вино, шум, улыбки Анны Монс были необходимы ему, чтобы противостоять обрушившемуся на него горю. Печаль, считал он, – это болезнь еще серьезнее той, от которой умерла его мать. Долг человека – насладиться всеми земными удовольствиями, а не смотреть упрямо в яму, которую выкопают когда-нибудь и для него. С 29 января 1694 года он возвращается к своей морской страсти и сообщает Апраксину: «Хотя я еще не оправился от своего горя, пишу тебе о делах живущих: отправляю тебе Никлауса и Яна для постройки маленького судна. Пусть им выдадут необходимые им дерево и железо; пусть сделают сто пятьдесят шапок из собачьих шкур и столько же пар обуви разных размеров…»