В 1688 году крымский хан возобновляет наступательные действия, разоряет украинские земли и угрожает Киеву. Софья решилась объявить вторую военную кампанию. Но, ослепленная любовью, она отказывалась понимать, что армии нужен не ее дорогой Василий Голицын, а другой полководец. На этот раз она уверена, что Василий наконец проявит свой военный гений. Никто в Москве не разделял ее мнения. Перед отъездом на границу фаворит нашел перед дверью своего дворца гроб со следующей надписью: «Постарайся стать счастливее». На этот раз к весне 1689 года ему удалось дойти до укрепленных стен Перекопа. Вместо того чтобы отдать приказ о штурме, он вел переговоры с татарами, которые старались выиграть время. Довольствие вовремя не подошло в лагерь русских солдат, не хватало продовольствия, жара и болезни косили ряды солдат. Хотя Василий Голицын и был полностью деморализован, в своих письмах к регентше фаворит делал ставку на какие-то будущие подвиги, которые смогут принести окончательный успех этому делу. Для Софьи не надо было большего предлога для ликования. «Батюшка, – писала она ему, – свет мой, пусть Господь пошлет тебе долгих лет жизни. Я особенно счастлива в этот день, потому что Господь Бог прославил имя Свое и Матери Своей над тобой, свет мой. Никогда еще Божественная милость не выражалась так явственно, никогда раньше наши предки не получали такого свидетельства Небесной благосклонности. Так же как Господь через Моисея выводил когда-то народ Израильский из египетских земель, так и через тебя он теперь вывел нас из пустыни… Что сделать мне, о любовь моя, чтобы достойно отплатить тебе за такие тяжелые труды? О радость моя, о свет очей моих! Могу ли я действительно верить, что скоро вновь увижу тебя, о душа моя, о мой свет?.. Если бы это было возможно, как бы хотела я увидеть тебя рядом хоть на мгновение… Все твои письма я получила, слава Господу. Сводки из-под Перекопа пришли ко мне 11… Как благодарить мне Господа и Пресвятую Богородицу и преподобного Сергия-чудотворца?.. Медали не готовы пока, но не беспокойся об этом; как только будут готовы, я вам их пошлю… Как сам пишешь о ратных людях, так и решай все по-своему… Что мне сделать, чтобы вас отблагодарить за все, и в первую очередь тебя, мой свет, за все труды ваши? Если бы ты так не трудился, никто не сделал бы то, что ты сделал».
И она официально подтвердила свое удовлетворение в одном из посланий главнокомандующему, составленному от имени обоих царей: «Благодаря твоим действиям дикие варвары и давние враги святого креста и всего христианства безжалостно разгромлены, побеждены и навсегда изгнаны, они разрушили все свои непристойные жилища и сожгли все деревни и хутора Перекопа».