Ассамблея духовенства ответила с осторожностью, цитируя девять примеров из Ветхого Завета, которые давали пример наказания отцом сына с большой строгостью, и семь примеров из Нового Завета, которые призывали к терпимости. Выводом было благоговение перед властью: «Это дело не в нашей воле, потому что нас возвел в судьи тот, кто располагает нами. Как части тела могут давать советы голове? К тому же наш суд духовный и должен судить только дух, а не плоть и не кровь; церковный порядок не имеет власти железного меча, но меча духовного… Мы вручаем все эти решения нашему высокопоставленному монарху со всем смирением и надеемся, что с Божьей волей он сделает то, что сочтет правильным. Если же он хочет наказать виновного соответственно его прегрешению, у него есть примеры из Ветхого Завета. Если же он захочет его помиловать, у него есть примеры самого Христа, который принял блудного сына, отпустил на свободу женщину, изменившую своему мужу, которую забросали бы камнями, и предпочел жертве милосердие. Короче, сердце царя в руках Всевышнего. Пусть оно выберет то, на что Бог укажет ему».
Читая этот документ, Петр испытал странное чувство опустошенности. Как всегда, у него не было опоры. Забрав почти всю власть у Церкви, он не мог больше рассчитывать на ее помощь. Он был один среди народа, который дрожал и воровал. Однако он отказался – может быть, из страха перед Богом – взять только на себя ответственность за приговор для сына. Это не он, а Высший суд приговорил царевича. Он созвал на этот суд министров, сенаторов, высших сановников, генералов, старших офицеров. Всего сто двадцать семь человек. Этот исключительный суд собрался в зале для аудиенций в Сенате, в присутствии царя. Дворец был окружен конными гвардейцами. Царевич был тем временем перевезен в карцер Трубецкого бастиона. Для удобства операций все необходимые инструменты для пыток были размещены в соседнем помещении. 17 июня 1718 года узник впервые предстал перед судьями, которые после допроса оценили его ответы как недостаточные и решили добиться от него полных ответов. Спустя два дня его препроводили в пыточную камеру и подвергли пытке на дыбе: его подвесили таким образом, что его ноги не доставали до земли, а вся тяжесть тела приходилась на растянутые и вывернутые руки. В таком положении он вытерпел двадцать пять ударов кнутом по спине, он, захлебываясь, кричал от боли, подтверждал свои признания. Петр присутствовал на пытке. С каждым ударом он надеялся на новое откровение, которое обоснует его ненависть. Запах крови и пота его опьянял. Когда палач взглядом обращался к нему с вопросом, царь отвечал: «Продолжай!» Но врач считал, что допрос надо заканчивать. Спина Алексея превратилась в истерзанные лохмотья. Его сняли с дыбы, обработали раны и сделали перерыв на три дня.
22 июня Толстой, исполняя обязанности следователя, явился в камеру к царевичу и посоветовал ему, чтобы смягчить гнев отца, покорно написать признание всех своих ошибок, самое полное и самое искреннее из всех предыдущих. И царевич взял перо в больную правую руку: «Причина ослушания моего отца в том, что с самого раннего детства я жил с матерью и сестрами и ничему не научился, кроме как притворству, к которому, впрочем, у меня была врожденная склонность… Отец, желая, чтобы я изучал дела, достойные сына государя, приказал мне выучить немецкий язык и другие науки, которые я сильно ненавидел; я занимался учением с ленью и не по доброй воле. И так как мой отец часто был в отъезде в связи с военными операциями, Вяземский и Нарышкин, видя, что у меня единственное, на что я способен, – лишь ханжеские беседы с попами и монахами и пьянствовать с ними, не только меня от этого не уберегали, но и сами составляли мне компанию… Так они меня постепенно отлучили от отца. Я жил, ненавидя не только военные дела моего отца, но и его самого… Если бы для того, чтобы получить трон, я выбрал бы другую дорогу, нежели послушание, это можно ясно видеть, я уже оставил правильную дорогу и не хотел ни в чем следовать моему отцу. Тогда каким образом я смог бы стать преемником? Но для этого надо было действовать по-другому, стараясь добиться своего долга, благодаря иностранному содействию. Если бы цесарь, как мне обещал, вооруженной рукой доставил мне корону Российскую, я от нее не отказался бы. Если бы цесарь пожелал за то войск российских в помощь себе против какого-нибудь своего неприятеля или бы пожелал великой суммы денег, то бы я все по воле учинил. Одним словом, я бы ничего не пожалел, чтобы удовлетворить свою волю.» После того как Алексей подписал это признание, он с ужасом подумал, не загнал ли он себя в западню, добровольно очернив свое поведение, чтобы смилостивить царя. Он захотел отказаться от своих показаний, но было уже слишком поздно. Толстой схватил документ и ушел.