Преодолев границы России, он был поражен теплым приемом, который ему оказывали в провинции простые люди. Некоторые падали на колени перед его каретой и молили его о благословении. Эта популярность его восхищала и беспокоила. Не станет ли это подозрительным для его отца? Но нет, он же обещался «Богом и судом Его», что примет своего сына с искренней любовью. Царь не может не сдержать своего слова, которое связало его обещанием перед совестью и перед Вечностью.
Придворные находились в Москве, и именно туда прибыл царевич для встречи с отцом. Он приехал в город поздним вечером 31 января 1718 года. Царь его не принял, но созвал на понедельник, 3 февраля, закрытый совет, состоящий из священнослужителей, министров и сановников. Большая зала для аудиенций в Кремле приняла это блистательное общество, которое не было предупреждено о теме заседания. Белые парики сенаторов чередовались с черными высокими головными уборами архиереев. Три батальона гвардейского полка с ружьями охраняли Кремль. Заняв свое место на троне, Петр велел ввести своего сына. Два крепких стражника с саблями наголо привели царевича. Бледный, без парика, без оружия, одетый в скромные черные одежды, он казался еще более высоким и более щуплым, чем перед своим отъездом из России. Увидев его, царь разразился проклятиями, вперемешку с которыми упрекал Алексея в плохом воспитании, лени, дезертирстве, в низких помыслах, направленных на то, чтобы поднять заграницу против отца. Ошеломленный царевич упал на колени и в перерыве между рыданиями бормотал извинения, умолял государя осчастливить его своей любовью. Резким тоном царь приказал ему уточнить то, о чем он просит. «Жизни и прощения!» – простонал Алексей, склоняясь лбом до пола. Петр приказал ему подняться и обещал помиловать его при двух условиях: виновный и недостойный царевич должен торжественно отказаться от короны и выдать тех, кто оказал ему помощь при побеге. Ему дали бумагу, чернила и перо. В надежде легко отделаться он написал дрожащей рукой: «Милостивый государь и батюшка, я уже признал мои заблуждения по отношению к вам и отправил вам это признание из Неаполя. Я повторяю сегодня, что, забывая мои сыновние обязанности, я уехал из России и попросил поддержки у императора и находился под его защитой. И за это я смиренно прошу вашего любезного прощения – Алексей».
Прочитав этот текст, Петр провел своего сына в соседнюю комнату и в беседе с глазу на глаз потребовал, чтобы царевич выдал ему имена всех его сообщников, даже тех, кто ограничивался всего лишь сочувствием к его участи. Пусть он хорошенько всех вспомнит! Одно-единственное упущение, и он забудет, что ему по приезде было обещано помилование! Под этим колючим взглядом черных и холодных глаз Алексей вконец растерялся. Покрывшись потом, он выдал Кикина, Вяземского, дворецкого Афанасьева, князя Долгорукого и других. С каждым именем Петр гневался все больше. А потом вернулся в зал заседаний с царевичем, который, хотя и сделал, что требовал от него отец, все еще не был уверен в своем прощении. Перед вниманием собравшихся вице-канцлер Шафиров прочел вслух текст «Клятвенного манифеста», который должен был подписать Алексей, поклявшись перед крестом и Евангелием, что «понеже я, за преступление мое перед родителем моим и государем, Его Величеством, изображенное в его грамоте и в повинной моей, лишен наследства Российского престола, того ради признаю то, за вину мою и недостоинство, за праведно, и обещаюсь и клянусь Всемогущим в Троице славимым Богом и судом Его той воле родительской во всем повиноваться и того наследства никогда и ни в какое время не искать, и не желать, и не принимать его ни под каким предлогом. И признаю за истинного наследника брата моего царевича Петра Петровича. И на том целую святой крест и подписываюсь собственной моей рукой».