Феофан избавил его от плетей и от ссылки, взял к себе на покаяние и увез в Петербург.
В Петербурге архиерейское подворье находилось на Аптекарском острове, на речке Карповке, среди густого леса. В нижнем жилье дома помещалась библиотека. Заметив любовь Тихона к книгам, Феофан поручил ему привести в порядок библиотеку. Окна ее, выходившие прямо в лес, часто бывали открыты, потому что стояли жаркие летние дни, и тишина леса сливалась с тишиною книгохранилища, шелест листьев - с шелестом страниц. Слышался стук дятла, кукованье кукушки. Видно было, как на лесную прогалину выходит чета круторогих лосей, которых пригнали сюда с Петровского, тогда еще совсем дикого, острова. Зеленоватый сумрак наполнял комнату. Было свежо и уютно. Тихон проводил здесь целые дни, роясь в книгах. Ему казалось, что он вернулся в библиотеку Якова Брюса и что все эти четыре года скитаний - только сон.
Феофан был к нему добр. Не торопил возвращением в лоно православной церкви, только указал для прочтения, за недостатком русского катехизиса, на нескольких немецких богословов и на досуге беседовал с ним о прочитанном, исправляя ошибки протестантов, согласно с учением церкви греко-российской. В остальное время давал ему свободу заниматься чем угодно.
Тихон опять принялся за математику. В холоде разума отдыхал он от огня безумия, от бреда Красной и Белой смерти.
Перечитывал также философов - Декарта, Лейбница, Спинозу. Вспоминал слова пастора Глюка: "Истинная философия, если отведать ее слегка, уводит от Бога; если же глубоко зачерпнуть, приводит к Нему".
Бог для Декарта был Первый Двигатель первой материи. Вселенная - машина. Ни любви, ни тайны, ни жизни-ничего, кроме разума, который отражается во всех мирах, как свет в прозрачных ледяных кристаллах. Тихону было страшно от этого мертвого Бога.
"Природа полна жизни,- утверждал Лейбниц в своей "Монадологии".- Я докажу, что причина всякого движения - дух, а дух - живая монада, которая состоит из идей, как центр из углов". Монады соединены предустановленной Богом гармонией в единое целое. "Мир - Божьи часы, horologium Dei". Опять, вместо жизни-машина, вместо Бога - механика,- подумал Тихон, и опять ему стало страшно, Но всех страшнее, потому что всех яснее, был Спиноза. Он договаривал то, что другие не смели сказать. "Утверждать воплощение Бога в человеке - так же нелепо, как утверждать, что круг принял природу треугольника, или квадрата. Слово стало плотью - восточный оборот речи, который не может иметь никакого значения для разума. Христианство отличается от других исповеданий не верою, не любовью, не какими-либо иными дарами Духа Святого, а лишь тем, что своим основанием делает чудо, то есть невежество, которое есть источник всякого зла, и таким образом, самую веру превращает в суеверие". Спиноза обнаружил тайную мысль всех новых философов: или со Христом - против разума; или с разумом - против Христа.
Однажды Тихон заговорил о Спинозе с Феофаном. - Оной философии основание глупейшее показуется,объявил архиерей с презрительной усмешкою,- понеже Спиноза свои умствования из единых скаредных контрадикций сплел и только словами прелестными и чвановатыми ту свою глупость покрыл...
Тихона эти ругательства не убедили и не успокоили. Не нашел он помощи и в сочинениях иностранных богословов, которые опровергали всех древних и новых философов с такою же легкостью, как русский архиерей Спинозу.
Иногда Феофан давал Тихону переписывать бумаги по делам Св. Синода. В присяге Духовного Регламента его поразили слова: "Исповедую с клятвою крайнего Судию духовные сея коллегии быти Самого Всероссийского Монарха, Государя нашего Всемилостивейшего". Государь глава церкви; государь - вместо Христа.
"Magnus ille Leviathan, quae Civitas appelatur, officium artis est et Homo artificialis. Великий оный Левиафан, государством именуемый, есть произведение искусства и Человек искусственный",- вспомнил он слова из книги "Левиафан" английского философа Гоббса, который также утверждал, что церковь должна быть частью государства, членом великого Левиафана, исполинского Автомата - не той ли Иконы зверя, созданной по образу и подобию самого бога-зверя, о которой сказано в Апокалипсисе?
Холод разума, которым веяло на Тихона от этой мертвой церкви мертвого Бога, становился для него таким же убийственным, как огонь безумия, огонь Красной и Белой смерти.
Уже назначили день, когда должен был совершиться торжественно в Троицком соборе обряд миропомазания над Тихоном в знак его возвращения в лоно православной церкви.