Умирающий Василий имел причины беспокоиться о судьбе малолетнего сына: осталось двое его братьев, которые хотя и отказались от прав своих на старшинство, однако могли при первом удобном случае возобновить старые притязания. А эти притязания были тем более опасны, что вельможи, потомки князей, также мечтали и толковали о своих старинных правах и тяготились новым порядком вещей, введенным при Василии и отце его. Если Иоанн III еще советовался со своими боярами и позволял противоречить себе, то Василий III не искал и не принимал ничьего совета, хотел быть сам мудрее всех и все дела, по выражению Берсеня, «сам-третей у постели делал». По словам Герберштейна, Василий «властию своею над подданными превосходил всех монархов в целом свете». Все повиновалось его самовластию. Между тем втайне бояре вздыхали о тех временах, когда их предки не дрожали перед великими князьями, а говорили с ними смело, когда князья без их совета ничего не начинали. Но при таких государях, каковы были Иоанн III и сын его Василий, опасно было шепотом друг с другом поговорить об этом, страшно было даже помышлять…
«Вы бы, братья мои, князь Юрий и князь Андрей, – говорил умирающий Василий братьям, – стояли крепко в своем слове, на чем мы крест целовали». Боярам же он счел нужным напомнить о происхождении своем от Владимира Киевского, напомнить, что он и сын его – прирожденные государи. Василий знал, что в случае усобицы и торжества братьев детям его нельзя ждать пощады от победителя…
Опасения умирающего сбылись: тотчас после похорон Василия великой княгине донесли уже о крамоле. Князь Юрий Иванович прислал дьяка своего, Третьяка Тишкова, к московскому боярину, князю Андрею Шуйскому, звать его к себе на службу. Шуйский сказал дьяку: «Князь ваш вчера крест целовал великому князю, клялся добра ему хотеть, а теперь от него людей зовет!» Третьяк отвечал на это: «Князя Юрия бояре приводили заперши к целованию, а сами ему за великого князя присяги не дали: так это что за целование? Это невольное целование!» Андрей Шуйский передал об этом князю Горбатому, тот сказал боярам, а бояре – великой княгине. Елена отвечала им: «Вчера вы крест целовали сыну моему на том, что будете ему служить и во всем добра хотеть: так вы по тому и делайте. Если является зло, то не давайте ему усилиться». По приказанию великой княгини Юрий был схвачен. Его посадили в тюрьму и там уморили[4].
Между боярами поднималось недовольство: им было не по душе, что Иван Оболенский был облечен полною доверенностью правительницы, занимал первое место в управлении. Многие обманулись в своих честолюбивых надеждах и, в негодовании на Елену и ее любимца, задумали уйти в Литву. Это удалось двум боярам из самых знатных родов: князю Семену Бельскому и Ивану Ляцкому. За соумышленничество с ними правительница велела схватить брата Семенова, князя Ивана Федоровича Бельского, и князя Ивана Михайловича Воротынского с детьми. Вероятно, бояре же начали смуту между Еленой и Андреем, вторым братом умершего великого князя.