Вместе с другими генералами Кейтель рукоплескал победе Гитлера над Францией в июне 1940 года, в благодарность за это Гитлер сделал его 19 июля 1940 года фельдмаршалом, одновременно заплатив ему вознаграждение в размере 100 тысяч рейхсмарок. Эту сумму Кейтель не стал тратить, так как чувствовал, что он этих денег не заработал. В том же месяце Кейтель отправился в отпуск, на охоту, в Померанию на несколько дней заехал в Хельмшероде. Вернувшись в августе к своим делам, он продолжил работу над подготовкой плана «Морской лев» по вторжению в Британию. Атаке на последнего из европейских врагов Гитлер предпочел вторжение в Советский Союз. Кейтель не на шутку встревожился и бросился с возражениями к Гитлеру. Гитлер настоял на том, что этот конфликт неизбежен и посему Германия обязана ударить именно сейчас, ибо сейчас на ее стороне все преимущества. Кейтель спешно составил меморандум, в котором обосновывал свои возражения. Гитлер учинил новоиспеченному фельдмаршалу дикий разнос, на что Кейтель ответил предложением Гитлеру заменить его на посту начальника ОКВ кем-нибудь другим, более подходящим фюреру. Это прошение об отставке фюрером не было принято и еще больше его завело. Он кричал, что лишь он сам, фюрер, вправе решать, кем заменить ему шефа ОКВ. После этого Кейтель без слов повернулся и вышел из кабинета. С этого момента он подчинился воле Адольфа Гитлера. И подчинение это было практически абсолютным, если не считать возникавших весьма редко слабых возражений по отдельным вопросам, не имевшим принципиального значения.
В марте 1941 года Гитлер тайно принял решение и разработал новую концепцию войны, традиционные правила ведения которой были отодвинуты в сторону. Эта война, по его мнению, должна была быть жестокой и предполагала абсолютное истребление противника. В соответствии с этим Кейтель издал печально известный драконовский «приказ о комиссарах», согласно которому все политработники Красной Армии подлежали полному и безоговорочному физическому уничтожению. Подпись Кейтеля появилась и под другим приказом, изданным в июле 1941 года и предусматривавшим переход всей политической власти на оккупированных территориях на Востоке в ведение рейхсфюрера СС Генриха Гиммлера. Этот приказ был, по сути дела, прологом к геноциду. Кейтель безуспешно пытался смягчить некоторые формулировки в приказах фюрера, но продолжал выполнять их. Он был безоговорочно предан Гитлеру, и тот нещадно эксплуатировал их отношения. Генеральный штаб Гитлера издал целую серию приказов, направленных на ослабление сопротивления Страны Советов. Среди них были инструкции, согласно которым, за каждого погибшего на оккупированной территории немецкого солдата следовало расстреливать 50-100 коммунистов. Эти приказы исходили от Адольфа Гитлера, но под ними стояла подпись Вильгельма Кейтеля.
Провал планов Германии достичь быстрой и решительной победы над Россией навлек на генералов гнев Гитлера и. заставил его принять еще более жесткие меры. Кейтель смиренно сносил произвол Гитлера и продолжал подписывать печально знаменитые приказы, такие, как приказ от 7 декабря 1941 года «Nacht und Nebel» («Мрак и туман»), согласно которому «лица, представляющие угрозу для безопасности рейха, должны бесследно исчезнуть в мраке и тумане». Вся ответственность за выполнение этого приказа была возложена на СД. Под прикрытием этого приказа были тайно уничтожены многие члены Сопротивления и антифашисты. В большинстве случаев их тела так и не были обнаружены. Хотя временами шеф ОКВ и подавал слабый голос против предложений Гитлера, он все же оставался крайне предан ему и представлял собой именно тот тип личности, который Гитлер предпочитал иметь в своем окружении. К несчастью, поведение Кейтеля самым неблагоприятным образом сказывалось на его подчиненных. Кейтель никогда не выступал в их защиту и по любому поводу предавал воле фюрера. За такую нерешительность многие офицеры называли его «лакейтель».