Поначалу между нами сложились хорошие отношения, но постепенно они стали портиться. Одной из причин этого стало неуёмное честолюбие Воробьева и хвастливые обещания "в течение двух-трех лет решить все наши сложные проблемы", чем он очень напоминал Алиханяна. Я хорошо помню, как на одном из заседаний Совета, где мне пришлось отчитываться о делах в Оболенске, Воробьев заявил, что "теперь, когда он стал руководить наукой, дела пойдут намного лучше и поставленная задача по получению антигенноизмененного штамма туляремийного микроба в ближайшее время будет решена". Я понимаю, что ему хотелось как-то самоутвердиться, привлечь к себе внимание, однако форма, в которой он это делал, была, мягко говоря, не слишком корректной; он не мог не понимать, что в генетике и биохимии микробов я разбирался лучше его (до тех пор он занимался вирусологией).
Причиной второго конфликта послужило мое предложение попытаться отклонировать (выделить) ген дифтерийного токсина и использовать его для нужд Проблемы. Воробьев тут же с большим апломбом стал доказывать бессмысленность моего предложения, ссылаясь на то, что "взрослые дифтерией не болеют" (теперешняя вспышка дифтерии в России служит прекрасным подтверждением некомпетентности Воробьева или его привычки не брезговать любыми средствами для достижения цели). В конечном итоге я одержал в споре верх, но и в дальнейшем, несмотря на достигнутый успех, при любом упоминании о моей работе он только пожимал плечами, не оказывая никакой помощи. Собственно от него как заместителя по науке Организации п/я А-1063 требовалось лишь одно: добиться от Саннадзора разрешения на работу с дифтерией в Оболенске и на получение токсигенного штамма. Он долго тянул с этим и мне пришлось работать "нелегально", рискуя нарваться на большие неприятности. Подробности этого сами по себе заслуживают внимания, так как характеризуют атмосферу соперничества между ведомствами, окружавшую Проблему с момента её возникновения. Не имея возможности достать штаммы официально через МЗ СССР, я привез из Саратова мазки от больных, полученные с помощью моей бывшей жены — детского инфекциониста. Во ВНИИсинтезбелке, опять-таки потихоньку, нам удалось выделить культуры, которые я переправил в Оболенск и с которыми мы там работали до получения эталонного штамма. Но все же скандал с 3-им Главным управлением и с режимом разразился, когда Огарков, также неофициально, достал этот штамм; по дороге в Оболенск культура разлилась и во ВНИИ ПМ привезли пустую пробирку с намокшей ватной пробкой! Досталось тогда многим, но только не Воробьеву. Чтобы выручить Огаркова, один из профессоров, занимавшихся дифтерией в Москве, выдал Огаркову справку о том, что он получил якобы не штамм, а "фаголизат", т. е. незаразный материал. Это был весьма благородный жест, так как до того Огарков уже имел выговор от самого Брежнева (!) за публикацию книги [Аэрогенные инфекции. "Медицина". М. 1975], признанной режимом "крамольной". Тем не менее, скорее всего из-за "дворцовых" интриг, летом 1982 года Огаркова "отлучили" от Проблемы совсем и "низвели" до должности "простого" заместителя Начальника Главмикробиопрома, поручив ему заниматься сугубо цивильными делами. Однако от этого он не особенно пострадал, поскольку успел обзавестись в Москве широкими связями и сосредоточил все свои силы на том, чтобы попасть в действительные члены АМН СССР.
Как всегда в таких случаях приход нового начальства сопровождался кадровыми перестройками, которые затронули и меня.
Я уже говорил, что не очень-то любил мою работу в Организации п/я А-3092 и где надо и не надо отдавал приоритет научным проблемам. Теперь я понимаю, что этим я ставил начальство в неловкое положение и вызывал раздражение, поскольку это были не их "темы". В. Д. Беляев как выходец из самых низов был приучен ценить учёных и мирился с этим, а Рычков был воспитан в другом духе. Поэтому, решив избавиться от необходимости повседневного общения со мной, он предложил мне сначала (в ноябре 1981 года) взять на себя по совместительству заведование микробиологическим отделом в Оболенске с передачей большей части обязанностей по Отделу совета моему заместителю, а затем (в феврале 1982 года) и совсем перейти туда на постоянную работу в должности второго заместителя директора по науке. Чтобы избавить меня от лишних сомнений, Рычков освободил меня от членства в Межведомственном совете. Перевод был обставлен очень красиво: разговорами о реальной пользе, которую я смогу принести общему делу, сохранением зарплаты (было получено специальное согласие тогдашнего начальника ВПК Л. В. Смирнова), московской прописки и отдела во ВНИИсинтезбелке, а также представлением квартиры в Протвино. Особого выбора у меня не было, да и оставлять работу по Проблеме, которой я отдал 9 лет, не хотелось. Так я оказался в Протвино и прожил там один, без семьи почти 6 лет.