Союз православных братств стал материальным воплощением воли и мысли владыки Иоанна. Под духовным руководством митрополита Иоанна союз православных братств выступал за сохранение чистоты православной веры, возврат нашей церковной жизни в каноническое русло, восстановление Церковного суда. Члены союза были убежденными противниками компромиссов в области вероучения, стояли за выход Русской Православной Церкви из так называемого Всемирного совета Церквей, считали экуменические молитвы грубым попранием церковных правил. Выражая мнение большинства русских православных людей, союз выступал за укрепление церковной дисциплины, против повсеместного распространения сомнительного обливательного крещения, так называемой общей исповеди, небрежного отправления богослужений, неуместного в церкви концертного стиля песнопений и западной живописи. Члены братств протестовали против любых попыток модернизма и обновленчества: намерения перевести богослужения на русский язык, ввести новый календарный стиль и т.п.
Союз православных братств выступал за восстановление самодержавного православного царства, против антихристианских сил, которые стремятся уничтожить Святую Русь, — талмудического иудаизма, сионизма, масонства, сатанизма, а также требовал ограничения деятельности протестантских миссионеров, сектантов, католиков и униатов.
Выражая дух живого народного Православия, Союз выступил первым инициатором канонизации Царской семьи. В 1991 году его активисты собирают подписи под исповедническим воззванием за канонизацию Царственных мучеников. В Москве, Санкт-Петербурге, Сергиевом Посаде, Екатеринбурге, Царицыне, Ялте, Архангельске, Пскове и других городах организуются православные заставы по сбору подписей. Были собраны тысячи подписей. Многие православные на коленях, со слезами на глазах, молились перед святыми ликами Царственных мучеников о заступничестве их перед Богом. В значительной части русских церквей появились святые иконы Царя-мученика Николая и Царственных страстотерпцев. На 2-м съезде Союза православных братств было принято решение просить церковное священноначалие осуществить канонизацию Царственных мучеников, а в 1992 году Союз обращается с этой просьбой прямо к патриарху.
Почитание Царственных мучеников уже в 1993 году приобрело всенародный характер, священники на местах совершали им богослужения по текстам Русской Зарубежной Церкви в положенные дни, иконки с ними находились почти в каждой православной семье и почти в каждом храме.
Всенародное почитание Николая II и его семьи вынудило изменить отношение к ним и иерархов, которые в большинстве своем занимали в этом вопросе двойственную позицию. Большую роль в изменении отношения иерархов касательно канонизации Царя сыграла активная позиция митрополита Иоанна, которую невозможно было игнорировать. Именно владыка
Иоанн стоял за официальным посланием патриарха и Священного Синода к 75-летию убиения Царской семьи, в котором говорилось: «... Грех цареубийства, произошедшего при равнодушии граждан России, народом нашим не раскаян. Будучи преступлением и Божеского и человеческого закона, этот грех лежит тяжелейшим грузом на душе народа, на его нравственном самосознании. И сегодня мы, от лица всей Церкви, от лица всех ее чад — усопших и ныне живущих — приносим перед Богом и людьми покаяние за этот грех. Прости нас, Господи! Мы призываем к покаянию весь наш народ, всех чад его, независимо от их политических воззрений и взглядов на историю, независимо от их этнического происхождения, религиозной принадлежности, от их отношения к идее монархии и к личности последнего Российского Императора... Ныне, отрекаясь от грехов прошлого, мы должны понять: благие цели должны достигаться достойными средствами...»