3 отделение (Ближний Восток, Турция, Иран, Афганистан, арабские страны, Средняя Азия, Закавказье).
4 отделение (работа с военнопленными и интернированными).
2 ОТДЕЛ (территории СССР, оккупированные противником):
Руководство.
Секретариат.
1 отделение (г. Москва и Московская область).
2 отделение (УССР, Молдавская ССР, Крымская АССР).
3 отделение (БССР).
4 отделение (области РСФСР, Карело-Финская ССР).
5 отделение (Литва).
6 отделение (Латвия).
7 отделение (Эстония).
8 отделение (вербовка спецагентуры из числа заключенных лагерей).
9 отделение (учетное).
3 ОТДЕЛ:
Руководство.
Секретариат.
1 отделение (технической подготовки).
2 отделение (оперативное).
3 отделение (материально-технического снабжения). 1-й и 2-й отряды взрывников.
4 ОТДЕЛ:
Руководство.
Секретариат.
1 отделение (Д).
2 отделение (ТН);
3 отделение (подготовки).
4 отделение (материально-техническое).
Отдельная рота саперов.
Штаб истребительных батальонов и партизанских отрядов (15 человек по штату):
Руководство.
1 отделение (истребительные батальоны).
2 отделение (партизанские отряды).[32]
Таким образом, всю войну Павел Анатольевич руководил партизанскими и разведывательно-диверсионными операциями в тылу немецко-фашистских войск, а также работой агентурной сети на территории противника. Одновременно с руководством разведывательно-диверсионной работой Судоплатов с 26 июля 1941 года являлся заместителем начальника штаба НКВД по борьбе с немецкими парашютными десантами.
4 Управление НКВД и его войсковые соединения выполняли ответственные задания Ставки Верховного Главнокомандования — 1941–1945 годы, штаба обороны Москвы — 1941 год, командующего Западным фронтом — 1941–1943 годы, штаба обороны Главного Кавказского хребта — 1942–1943 годы, командующего Северо-Кавказским фронтом — 1942–1943 годы, командующего Закавказским фронтом — 1942–1943 годы, командующего Центральным фронтом — 1943 год, командующего 1 Белорусским фронтом — 1943–1944 годы. Всего же за время войны 4 Управлением в тыл врага было заброшено более 2 тысяч вооруженных отрядов и групп общей численностью 15 тысяч человек. 23 сотрудника Управления получили высшую правительственную награду, им присвоили звание — Герой Советского Союза. Среди них известные имена Кузнецова, Медведева, Орловского, Волчасова, Карасева, Шикова, Ерковского. Более 8 тысяч человек были награждены орденами и медалями. В ходе боевых операций сотрудники и бойцы Управления уничтожили 157 тысяч вражеских солдат и офицеров, ликвидировали 87 высокопоставленных немецких чиновников, обезвредили 2045 агентурных групп противника, уничтожили сотни железнодорожных составов, мостов, складов с боеприпасами и горючим.
Одной из спецопераций проведенных 4 Управлением в годы войны было покушение на посла Германии в Турции Франца фон Папена. Но прежде несколько слов о самом дипломате.
Франц фон Папен приобрел известность в Германских политических кругах в марте 1930 года, когда вошел в состав нового немецкого правительства, возглавляемого лидером партии центра Брюнингом. 30 мая 1932 года кабинет Брюнинга был отправлен в отставку, а фон Папену было поручено сформировать новое правительство. Оставаясь до ноября этого года канцлером Германии приложил немало усилий, чтобы к власти в стране пришел Адольф Гитлер. В 1933 году после прихода к власти фашистов он был назначен вице-канцлером и имперским комиссаром Пруссии. Однако Гитлер чувствовал в фон Папене своего конкурента и вскоре направил Фона послом в Австрию, а в 1939 году послом Германии в Турцию.
К началу Второй Мировой войны Турция, несмотря на официально оглашенный нейтралитет, заняла ярко выраженную прогерманскую позицию. Поэтому важнейшей задачей фон Папена, которую поставил перед ним Гитлер, было склонить Турцию к войне против СССР на стороне Германии. Гитлеровский дипломат развил бурную деятельность в этом направлении, но ничего не добился. Турки хорошо помня уроки русско-турецких войн витиевато рассуждали о германском величии, льстили и тонко намекали на собственную немощь и не спешили становится в один ряд со странами-союзниками фашистской Германии. О твердой и неизменной позиции турецкого руководства, по поводу вступления в гитлеровскую коалицию, Москве было хорошо известно, поэтому деятельность фон Папена на этом участке не вызывала тревоги. Чествие по сути и телодвижения, как высказался Молотов, — "в этом вопросе турки скала". Однако значительное беспокойство у советского руководства вызывала активность фон Папена в другом направлении — в поисках путей заключения сепаратного мира между Германией, с одной стороны, и Англией и США с другой. Такую активность посол стал проявлять после провала блицкрига и поражения немцев под Москвой. Так в начале 1942 года нашей разведкой была получена информация о том, что близкий к фон Папену немецкий дипломат от имени оппозиционной группы "Германия без Гитлера, но с военным правительством" имел контакт с англичанами.