В начале лета 1798 года во Франции, в тулонском военном порте, шли самые деятельные приготовления к морской экспедиции, назначение которой оставалось для всех непроницаемой тайной. Известно было только, что главное начальство над этой загадочной экспедицией примет генерал Наполеон Бонапарт В первых числах июля французский. флот, состоящий из пятнадцати линейных кораблей и десяти фрегатов и из десанта в тридцать тысяч человек, вышел из Тулона. О военно-морских приготовлениях Франции был известно в Англии, которая хотела воспрепятствовать этому предприятию французского флота, а потому генерал Нельсон, находившийся в Средиземном море, узнав о скором выходе флота из Тулона и не имея сведений о том, куда он направится, намеревался или блокировать Тулон, или, встретив неприятеля в море по выходе из порта, дать ему решительное сражение. Под начальством английского адмирала состояло четырнадцать линейных кораблей, восемь фрегатов, четыре куттера и две бригантины. Нельсону не удалось, однако, ни блокировать французский флот в Тулоне, ни встретиться с ним на своём пути к этому порту. Английская эскадра подошла к Тулону уже на третий день после ухода оттуда французского флота, Нельсон погнался за французами, но погоня была безуспешна. Между тем 12 июля Бонапарт явился перед Мальтою, которая, несмотря на ee грозные укрепления, сдалась французам после самого непродолжительного боя, завязанного, как оказалось только для вида. Завоевание Мальты стоило французам трёх убить и шести раненых, урон же мальтийцев был несколько более. Предлогом завоевания Мальты послужили какие-то не определённые несогласия, бывшие между великим магистром мальтийского ордена бароном Гомпешем и директорией Французской республики. При взятии Мальты французы овладели одним фрегатом, четырьмя галерами, тысячью двумястами пушек и большим количеством разных военных снарядов, на Мальте французы нашли до пятисот турецких невольников, которым тотчас же дана была полная свобода. Великий магистр ордена барон Гомпеш, бывший до своего избрания в это звание послом римско-немецкого императора на Мальте, с шестью рыцарями отправился в Триест под прикрытием французского флота. Громко заговорили в Европе об измене Гомпеша, на которую он будто бы решился по предварительному уговору с директориею. Но в то же время стал ходить слух, что без ведома его шесть мальтийских кавалеров вероломно сдали Мальту французам за значительное денежное вознаграждение. Французский гарнизон занял Ла-Валетту, резиденцию великих магистров, а запоздавший на выручку Мальты Нельсон, оставив для блокады острова несколько кораблей, погнался опять за французами. Когда же он услышал, что французы, засевшие в Ла-Валетте, готовы будто бы сдаться на капитуляцию англичанам, то послал к Мальте подкрепления, предписав командиру стоявшей перед островом эскадры условия будущей капитуляции. Но надежды адмирала не сбылись: французы не думали вовсе уступить Мальту англичанам, которым поэтому приходилось овладеть островом вооружённою силою. Когда пришло в Петербург известие о взятии Мальты французами, гневу императора Павла Петровича не было пределов. Завоевание острова он считал нанесённым ему лично оскорблением, так как Мальта принадлежала рыцарскому ордену, покровителем которого он объявил себя перед всею Европой. Его ещё и прежде сильно раздражали завоевательные успехи Французской республики, хотя при этом нисколько не затрагивалось его самолюбие как русского императора. Теперь же он находил, что французы дерзнули прямо оказать неуважение ему как протектору мальтийского ордена, в судьбах которого он принимал такое живое участие. В это время русская эскадра под начальством адмирала Ушакова крейсировала в Средиземном море, а турки старались отнять захваченные у них французами Ионические острова. В припадке сильного раздражения император немедленно послал Ушакову рескрипт, в котором писал: «Действуйте вместе с турками и англичанами против французов, яко буйного народа, истребляющего в пределах своих веру и Богом установленные законы».