В православной Церкви обычай предоставляет высшие духовные должности одним представителям черного духовенства. Так как естественно, что белое духовенство с давних пор было этим обижено, то император постановил, чтобы хоть в Святейшем синоде половина мест принадлежала духовенству этой второй категории. Устав, опубликованный Екатериной, постановил надел в тридцать десятин для каждой сельской церкви, предоставляя, кроме того, священнику право «входа» в казенные леса. Подтвердив эти распоряжения, Павел прибавил к ним обязательство для сельских обществ заботиться о возделывании этих земель. Архиерейские дома, соборы и некоторые другие церкви получали штаты и особые суммы. Духовное образование оставалось очень недостаточным. Указ от 18 декабря предполагал его пополнить учреждением двух духовных академий, в Петербурге и Казани. Кроме того, были ассигнованы суммы для содержания разных других школ того же ведомства.
Вот все меры, настолько же благожелательные, сколько и разумные; но внезапно было объявлено еще одно распоряжение, которое врезалось самым грубым и неприятным образом в основное устройство духовной семьи. Допущенный и сделанный даже канонически обязательным в восточных Церквах брак священников имел своим естественным следствием пополнение кадров духовенства из его собственной среды. Вследствие многочисленности потомства, за недостатком мест, оставалось свободным значительное число лиц, которым приходилось искать другие занятия. Задача не новая; совершенно неожиданным оказалось то решение, которое пожелал дать ей Павел: он объявил указом, что все эти «бесполезные члены» духовной среды будут отданы, «по примеру древних левитов», на военную службу.
Тотчас же симпатии, приобретенные им в этом сословии, уступили место ненависти, и он окончательно лишился их из-за своего отношения к иноверческим вероисповеданиям и, в частности, к Католической Церкви.
Будучи человеком своего времени несравненно больше, нежели он сам предполагал, он, как мы знаем, хвалился веротерпимостью; но, с другой стороны, его пребывание в Риме и свидание с Пием VI произвели на него более сильное впечатление, чем следовало бы. Восьмого мая 1797 года, будучи в Орше, Могилевской губернии, он посетил коллегию, учрежденную в этом городе отцами-иезуитами, несмотря на уничтожение их ордена. Он выражал восхищение по поводу всего им виденного и, разговаривая с католическим архиепископом Сестренцевичем, заявил, что не желает подражать императору Иосифу, говорившему отцам в Брюнне, в его присутствии: «Когда уберетесь вы отсюда?»
Иезуиты Орши пришли в восхищение. Сестренцевич был в меньшем восторге, так как, соперничая во влиянии с орденом, он во всем, что касалось последнего, охотнее бы разделил чувства сына Марии-Терезии, а с другой стороны, общие интересы Католической Церкви не могли похвастаться отношением, которое, не стесняясь, выказывал им Павел со времени своего вступления на престол. В январе 1797 года он нашел необходимым поручить управление этими делами департаменту вероисповеданий, учрежденному при Юстиц-коллегии, а президент этой коллегии был протестант, барон Гейкинг, первой заботой которого, он в этом признался в своих воспоминаниях, было прибрать к рукам доходы этой части своих подчиненных. В то же время, так как Павел опасался якобинского направления лютеранских пасторов, взятых большей частью из германских университетов, Гейкинг подал ему мысль вменить их подготовку в обязанность католическим университетам в Вильне, Киеве и Могилеве, которые должны были отныне служить двум вероисповеданиям.
Павел не видел к этому препятствий. Сестренцевич, конечно, думал иначе и, будучи хорошим дипломатом, должен был одержать верх. Он сумел снискать благоволение государя, надев митру, украшенную императорскими инициалами, заслужил благосклонность самой императрицы, отслужив торжественно заупокойную обедню по случаю кончины герцогини Виртембергской, и все это привело к учреждению отдельного Католического департамента, управление которым было поручено архиепископу, ставшему
Эта милость, не особенно приятная иезуитам, но возбудившая восторг их единоверцев, внушила серьезные опасения православным, тем более что в связи с ней было много и других неприятных для него обстоятельств. Поссорившись с московским митрополитом Платоном и выказывая холодность санкт-петербургскому митрополиту Гавриилу, Павел оказывал в то же время широкое гостеприимство французским эмигрантам и даже французам, занимавшимся католической пропагандой. Он разрешил аббату Николь устроить в Петербурге школу и принять учеников из некоторых самых знатных семейств страны. В высшей аристократии не замедлили появиться многочисленные обращения в католицизм. Даже при дворе графини Головина и Толстая, бывшие обе близкими подругами великой княгини Елизаветы, подали пример.