В Академию после первого провала держал экзамен еще 3 раза. В последний раз попал исключительно благодаря знанию анатомии. Опираясь на анатомию, Филонов держал экзамен «наверняка». В Академии работал «как вольнослушатель» у Залемана, Мясоедова, Творожникова, Савинского и Ционглинского [125].
С первого года обучения у Кавказского дома велся ряд эскизов акварелью, углем, карандашом, маслом. Некоторые вещи переходили в понятие проработанности картины — лишь немногое сравнительно доводилось, но и доведенное и недоведенное уничтожалось и жглось, все более и более сводясь к упорной долгой работе над одной и той же вещью. За это время были сделаны разбойники, опричники, битвы с татарами, пантеры, кентавры, охота на медведя, Русская деревня с пальмовым лесом у северного полюса, свиданья всех сортов, Роды, Ледовое побоище. После 9 января 1905 г. была написана картина, изображавшая шествие с царским портретом. Все это были чисто реалистические вещи, но затем, сначала через обостренное действие цветом и формой, реализм стал вытравливаться, и появились картины маслом «3 головы под снегом», «Сокол на цепи». В последней, сделанной в 1906—[190]7 г., были введены натуралистические и абстрактные положения, вплоть что писались физиологические процессы в деревьях и исходящий из них струящийся вокруг них запах. Писались процессы, происходящие в них и создающие вокруг их ряд явлений в сфере. Эти же явления, происходящие в объекте, привели к тому, что академические этюды при строгом портретном сходстве с натурой и при упорно проработанной анатомии писались чуть что не цельными белыми, красными, синими, зелеными, оранжевыми цветами, а происходящие в натурщиках процессы писались рядом с ними и перед ними. Тогда же были сделаны на академические заданные темы картины: Свидание князя Святослава с Иоанном Цимисхием [126], Василий Шуйский, Самсон и Далила, и одновременно для заработка сделана копия [картины] «Запорожцы» Репина, написан во весь рост портрет Николая II, портрет Антония Волынского [127]и образ Екатерины Великомученицы [128]с лицевого подлинника.
Во вторую зиму обучения принял участие на выставке Союз Молодежи, причем жюри выставки работ маслом не приняло, считая их крайне левыми, приняты были акварель «Самсон» [129]и 4–5 небольших рисунков и акварелей.
К концу второй зимы был исключен из Академии «за то, что своими работами развращал товарищей» (подлинные слова ректора Академии Беклемишева), но недели через две был принят обратно после поданного Филоновым прошения о неправильности исключения.