До конца не ясно, почему западные охотники-собиратели были так быстро и решительно вытеснены, но мы можем попытаться собрать воедино подсказки. Поскольку оседлое сельское хозяйство может содержать гораздо большее количество населения - возможно, включая специализированных воинов, которым не нужно непосредственно заниматься производством пищи, - вполне вероятно, что европейские фермеры эпохи неолита завоевали континент и уничтожили большинство его коренных жителей. Даже если охотники-собиратели были значительно крупнее и здоровее, у них было бы мало шансов против гораздо большего числа фермеров. Однако ничто не указывает на то, что распространение сельского хозяйства сопровождалось массовыми насильственными конфликтами, которые могли бы объяснить столь резкую смену населения. Археологические данные настолько скудны, что мы не можем однозначно утверждать, что этого не было, но исследования древней ДНК намекают на другую возможность.
Если бы европейские фермеры эпохи неолита пересекали континент в порыве насилия, то можно было бы предположить, что захватчиками были в основном мужчины. Но анализ ДНК людей, живших в это время, показывает, что на запад мигрировало примерно равное количество мужчин и женщин. Тот факт, что семейные пары и, возможно, целые семьи массово переселялись для создания ферм, говорит о том, что сопротивление западных охотников-собирателей было незначительным или вообще отсутствовало. Невозможно представить, что коренные жители-скотоводы позволили бы украсть их землю и разрушить их образ жизни. Так если земледелие не было распространено путем завоевания, как же оно появилось?
Наиболее вероятный ответ заключается в том, что фермерам невольно помогали патогены, появившиеся после неолитической революции. За несколько тысячелетий, прошедших с начала неолитической революции в Плодородном полумесяце, патогенные микроорганизмы перешли от животных к земледельцам. Поначалу инфекционные заболевания убивали многих из них, но со временем у них вырабатывалась устойчивость к таким болезням за счет приобретенного и генетического иммунитета. В отличие от них, охотники-собиратели, с которыми столкнулись европейские фермеры эпохи неолита, мигрировавшие на запад через Европу, были практически беззащитны перед этими вирусами и бактериями. Сцена была создана для того, что американский историк Альфред Кросби называет "эпидемией на целинной почве".
Чтобы понять, что могло произойти, когда европейские охотники-собиратели впервые столкнулись с новыми патогенами, мы можем посмотреть на то, что произошло с ранее неконтактными общинами в Амазонии за последнее столетие или около того. Рассмотрим пример племени кайяпо, насчитывающего от 6 до 8 тысяч человек в Южной Америке, которое приняло одного миссионера в 1903 году. Этот контакт ускорил уничтожение племени: к 1918 году в живых осталось 500 человек, к 1927 году - всего двадцать пять, а к 1950 году - лишь два или три человека, которые могли бы проследить свое происхождение от кайяпо. Более свежий пример относится к 1983 году, когда перуанские лесорубы похитили четырех молодых людей из изолированного племени науа и отвезли их в ближайший город, где среди прочего познакомили их с пивом. Когда молодые люди вернулись в тропические леса Амазонки, они оказались носителями гриппа, коклюша и других заболеваний. Несмотря на оказанную медицинскую помощь, от половины до двух третей населения быстро умерло. Спустя десятилетия численность племени науа все еще не вернулась к уровню, существовавшему до контакта.
Западных охотников-собирателей наверняка поразили бы такие же катастрофические эпидемии, как только они начали взаимодействовать с европейскими фермерами эпохи неолита. Поэтому, когда между 9 000 и 6 000 годами назад большое количество земледельцев устремилось на запад через весь континент, они столкнулись с населением, уже разрушенным инфекционными заболеваниями. С появлением оседлого сельского хозяйства население Европы резко увеличилось, так как женщины стали рожать больше детей, а мужчины эксплуатировали землю более продуктивно, чем кормовое население. Это видно по увеличению количества артефактов, найденных в местах археологических раскопок, а также по типу обнаруженной пыльцы, которая показывает, что леса вырубались, а площадь возделываемых земель росла.