Через три года противники вновь встретились в районе Пелопоннесса. У Барбароссы было 122 галеры, у Дориа — 195 кораблей, в том числе и несколько больших галеонов (эти корабли все чаше входили в состав флотов, особенно европейских). Встреча закончилась безрезультатно.
Последней операцией Дориа против пиратов была попытка захватить Алжир. Время операции было выбрано неудачно — наступили осенние шторма, и она закончилась провалом. (Несмотря на все достоинства галер, этот класс кораблей был все же маломореходным, и частая гибель от дурной погоды вынудила морские державы переходить на более мореходные, высокобортные корабли.)
Сильнейший удар по алжирским пиратам, находящимся под покровительством Османской империи, нанесли объединенные силы Испании, Венеции и флота папы римского в 1571 году. Это было одно из самых кровопролитных морских сражений за всю эпоху войн. После неудачной операции против Алжира в течение тридцати лет турки вели активные действия против владений Венеции и захватывали один остров за другим В 1570 году они высадились на Кипре. Союзники, располагая флотом из 197 галер с 1300 орудиями (пушки уже прочно завоевали место, как один из основных видов вооружения) и более чем 50 тыс. солдат и матросов, не оказали туркам достойного сопротивления, если не считать нескольких незначительных стычек между отдельными группами галер. Нужно было принимать решительные меры, и в 1571 году была организована «Священная лига». Командовать флотом «лиги» поручили дону Хуану Австрийскому. Тем временем турки продолжали активные действия. В марте к Родосу подошли 30 турецких галер. В мае их число возросло до 250, а армия насчитывала более 80 тыс. человек. Располагая такими силами, турки продолжали набеговые операции на соседние острова, в том числе и на Крит. Наконец командующий турецким флотом Али-паша получил приказ атаковать и уничтожить союзный флот.
Дон Хуан тщательно готовился к предстоящему бою. При этом он уделял главное внимание сохранению строя и активному использованию огнестрельного оружия. Для этого впереди сомкнутого строя галер он расположил 6 галеасов со 100 аркебузирами на каждом Большое внимание он уделил также разведке. На переходе передовые разведочные корабли днем находились на дистанции в 20 миль, ночью — на дистанции в 8 миль. Расстояния весьма значительные для удаления разведчиков от основных сил и для более поздних времен. Это было нововведение, сыгравшее огромную роль в последующих боях на море. Иной раз грамотно организованная разведка решала исход всего боя, а ее отсутствие приводило к катастрофе. 26 сентября флот «лиги» пришел на Корфу. Качество разведки у союзников было на высоком уровне, и они получили сведения о том, что часть турецкого флота отделилась, но атаковать эти 60 галер не представлялось возможным — нужно было пополнить запасы провианта и, главное, воды. Расставив разведочные корабли в пределах дальней видимости, дон Хуан распорядился о пополнении запасов. Пока шла погрузка запасов, часть кораблей была готова встретить неожиданно появившиеся корабли противника. 3 октября 1571 года союзный флот вышел из Каменицы и на следующий день пришел в порт Петала.
Турецкий флот, в свою очередь, перешел от Лепанто в бухту Галата. Таким образом, противники сближались. В отличие от дона Хуана разведка турок была не на уровне, и Кара-Джали плохо ее выполнил, неправильно оценив и значительно уменьшив силы противника. Наконец утром 7 октября противники встретились. Союзники имели 203 галеры и 6 галеасов. Дон Хуан возглавил центр из 53 галер.
Левым флангом из 53 галер командовал венецианец Бартарелло, правым — 50 галер — генуэзец Д. Дориа (возможно, родственник Андреа). На кораблях находилось до 80 тыс. человек, из них 25 тыс., вооруженных аркебузами. В резерве находилось еще 38 галер. Передовой отряд состоял из галеасов. Турецкий флот состоял из 230 галер и 16 галиотов. В центре находилась 91 галера и 5 галиотов, за ними расположился резерв из 5 галер и 25 галиотов. Левый фланг турецкого флота возглавил алжирский пират Улудж-Али (61 галера и 33 галиота), правый — Мехмет-Сирок-бей (53 галеры и 3 галиота). На турецких кораблях было только 2500 аркебузиров, остальные воины имели луки. Как видно, построение обоих флотов было практически одинаковым