Еще в 1862 году в «Северной пчеле» П. И. Мельников заявил: «Раскольники не заключали и не заключают в себе ничего опасного для государства и общественного благоустройства: двухсотлетнее преследование их и ограничение в гражданских правах поэтому было совершенно излишне и даже вредно, и раскольники вполне заслуживают того, чтобы пользоваться всеми гражданскими правами». И далее: «Я сам прежде смотрел на раскол, как и другие авторы…»
Действительно, взгляды П. И. Мельникова на раскол за десять лет очень изменились, но за это время изменились не только его взгляды, но и суть самого раскола. Сейчас может показаться, что П. Мельников многие годы своей жизни отдал изучению мнимой проблемы, но это далеко не так. Возьмите капитальную работу Г. Плеханова «История русской общественной мысли», и вы обнаружите, какое огромное значение в развитии русской общественной мысли (начиная с середины XVII века) имел раскол. Со второй половины XIX века его значение начало падать, среди русских писателей XIX века Мельников-Печерский оказался почти единственным его исследователем, историком и летописцем.
Как известно, поводом к расколу послужила церковно-обрядовая реформа Никона, которую он начал проводить с 1653 года. Он настаивал на ликвидации местных различий в церковных обрядах и на унификации русских богослужебных книг на основании греческих богослужебных источников. Нововведения Никона были одобрены церковными соборами 1654–1655 годов. Противники Никона не приняли постановлений этих соборов, и произошел раскол, борьба с которым на протяжении двух веков не принесла победы официальной церкви и правительству. «При Петре Великом, — писал в 1857 году П. И. Мельников, — раскольников едва ли было более полумиллиона; теперь их до десяти миллионов обоего пола».
В конце XVII — начале XVIII века среди раскольников образовалось два главных направления: поповцы и беспоповцы. Первые признавали необходимость церковной иерархии, вторые ее отрицали. Казалось бы, для правительства и официальной церкви большую опасность должны были представлять беспоповцы, более склонные к сектантству и оппозиции властям. Раскольники довольно активно (особенно беспоповцы) поддерживали Разина, Булавина, Пугачева. Однако к середине XIX века (как раз к тому времени, когда П. Мельников стал активно интересоваться расколом) на территории Австрии в Белой Кринице была образована старообрядческая митрополия во главе с боснийским архиепископом Амвросием.
«Из первого манифеста Белокриницкого (в ноябре 1846 г.), разосланного по России, — писал П. И. Мельников, — русские раскольники узнали, что митрополит Амвросий был милостиво принят императором Фердинандом, получил от него охранную грамоту, с почетом был принят львовским губернатором и с торжественностью следовал из Львова в Белую Криницу. Во время последней войны русские раскольники узнали, что 6-го января 1855 года, когда митрополит Кирилл совершал крестный ход освящения воды, его сопровождал эрцгерцог австрийский, и, когда Кирилл погружал крест, австрийская артиллерия делала выстрелы».
«Наполеон I сделал страшную ошибку, войдя в Москву. Если бы он, притворявшийся в Египте мусульманином, вместо того, чтобы превращать кремлевские соборы в конюшни, взял бы с Рогожского кладбища раскольнического попа, заставил бы его отслужить в Успенском соборе обедню и объявил бы восстановление в России старой веры и старого быта, обошел бы с раскольниками крестным ходом Кремль Московский — война 1812 года имела бы другой исход», — делает предположение П. И. Мельников, однако его не столько интересует прошлое, сколько будущее. «Австрия с Белокриницкою митрополею, — продолжает он, — обходится не так, как Наполеон I обходился с православием… Что если у нас произойдет разрыв с Австриею, и впереди австрийских войск явится на русской земле митрополит Кирилл в древнем облачении русских святителей?.. Своим осьмиконечным крестом он принесет тогда нам в сто раз больше вреда, чем штуцеры и улучшенные осадные орудия англо-французов… Австрия нам страшнее всякого другого врага. Она страшнее нам всей остальной Европы, ополчившейся на нас».
С началом реформ прекратились гонения на раскольников, в 1862 году в Москве был создан «духовный совет», нечто вроде старообрядческого синода (потому-то П. Мельников и заявил в 1862 году в «Северной пчеле», что раскольники не заключают в себе ничего опасного для государства), а в 1863 году русские раскольники порвали с Белокриницким митрополитом и возвели своего архиепископа в сан «митрополита Московского и всея России».