Долгое время исполнительная и законодательная ветви власти так и не могли найти «общего языка». I и II Дума демонстративно отказались от сотрудничества с правительством. Столыпину в результате дважды пришлось инициировать решение о роспуске Думы и согласиться на весьма непопулярную в обществе меру — реформу избирательного законодательства.
По замыслу Столыпина, новый избирательный закон (3 июня 1907 г.) должен был обеспечить решение двух взаимосвязанных задач: во-первых, избрать работоспособную Думу и, во-вторых, сформировать в ней большинство, готовое к конструктивной работе с правительством в деле реализации программы системных реформ. В итоге III Государственная дума действительно объединяла едва ли не все силы страны, готовые к конструктивной работе с правительством. Столыпин стал первым реальным политиком, который завершил процесс формирования «национального типа политической системы», соответствующей основной идее Манифеста 17 октября 1905 г. и Основных законов 1906 г.
Лично Столыпин играл колоссальную роль в налаживании отношений между законодательной и исполнительной властью. Премьер-министр умело и гибко использовал как официальные, так и личные каналы связи с председателями Государственной думы и Государственного совета, лидерами ведущих думских партийных фракций правоконсервативного и либерального толка.
Совершенно новыми стали те разнообразные технологии, которые были предложены и апробированы на практике Столыпиным для разрешения конфликтных ситуаций между министрами и депутатами. С одной стороны, отлаживалась вся «цепочка» как процесса выработки и обсуждения, так и самой процедуры принятия законопроектов. В этом активно сотрудничали профессионалы-чиновники министерств и ведомств, «сведущие лица» из общественных и академических кругов, думские депутаты. Правительство искало договоренностей с народными представителями по каждому вопросу законодательства. Министры регулярно посещали пленарные заседания Думы и Государственного совета, выступали на них, работали в комиссиях представительных учреждений. Депутаты Думы и члены Государственного совета неоднократно приглашались министрами на частные или полуофициальные совещания, где в спокойной обстановке обсуждались предстоявшие обсуждению законопроекты.
С другой стороны, для выхода из кризисных ситуаций Столыпин с готовностью вступал в переговорный процесс с думскими лидерами. Он лично участвовал в наиболее важных заседаниях Государственной думы и Государственного совета, в работе их комиссий и комитетов. 48 раз он поднимался на трибуну в Таврическом и Мариинском дворцах, выступая с тщательно подготовленными, блистательными речами. Даже члены Думы, принадлежавшие к оппозиционным партиям, с большим вниманием слушали его и нередко аплодировали. По словам депутата Н.И. Иорданского, «левые депутаты со своих мест плохо могли слышать, и они все гурьбой подошли к министерской трибуне и выслушивали речь Столыпина, как школьники, стоя руки по швам. А Столыпин властно «распекал» и трунил над левыми и решительно заявил, что правительство не допустит, чтобы места министров трактовали как скамью подсудимых». Опыт взаимодействия представительной и исполнительной властей в период премьерства П.А. Столыпина уникален в истории России. По сути, впервые был реализован правовой механизм широкой общественной экспертизы правительственных инициатив. Реформы же были не плодом традиционного бюрократического волюнтаризма, а результатом мучительного поиска компромиссов между властью и обществом.
В 1911 г. Столыпин подводил итог своей пятилетней деятельности: «Главное это то, что Россия с каждым годом зреет: у нас складывается самосознание и общественное мнение. Нельзя осмеивать наши представительные учреждения. Как они ни плохи, но под влиянием их Россия в пять лет изменилась в корне и, когда придет час, встретит врага сознательно. Россия выдержит и выйдет победительницею только из народной войны». Как видим, Столыпин вполне прагматично оценивал свободу и признавал ее ценность.