Владимир Кабо, тогда 24-летний студент МГУ, арестованный одновременно с о. Иоанном и позже встретившийся с ним в лагере, так описывал первые впечатления от Лубянки: «Лестницы, проволочные сетки, коридоры... Руки назад, идите... Человек с голубыми погонами крепко держит меня сзади... Лестницы, сетки, коридоры... Лифт... Крошечная комната, глухая, без окна, ярко освещённая электрической лампой, белёные стены, скамья... Потом я узнаю, это называется бокс. И вот я — один. Сколько проходит времени? Другая такая же комната, со столом. Человек в сером халате, лицо-маска, молчаливый и отчуждённый, как служитель потустороннего мира. Короткие команды, методичные, уверенные движения. Разденьтесь... Все мои вещи падают на пол... Снимает с брюк ремень, вытаскивает шнурки из ботинок, отрезает металлические крючки, распарывает подкладку. Приходит другой такой же в халате. Парикмахерской машинкой, теми же методичными, отработанными движениями, он снимает мне волосы с головы, и они тоже падают на пол... Потом меня куда-то ведут, приказывают сесть на стул, передо мной — ящик фотоаппарата: фас, профиль... Снимают отпечатки пальцев, плотно прижимая их к листу бумаги. Потом уводят, и снова я — один... Эти люди-призраки — как обитатели иного, кромешного мира... Потом опять куда-то ведут. Лестницы, сетки, коридоры, двери... И этот странный, жуткий язык служителей ада, на котором они переговариваются между собой, когда ведут меня по всем этим лестницам и коридорам — ни одного человеческого слова, только птичий клёкот, громкое перещёлкивание языком или пальцами — большим и средним, и все эти звуки гулко разносятся под сводами и замирают вдали...»
Через всё это довелось пройти и о. Иоанну, с той только разницей, что его не стали стричь. А ведь это — один из первейших ритуалов, через которые проходят заключённые. Кто, почему решил сохранить священнику волосы — поди догадайся. Жизнь в узилище начиналась с небольшого чуда.
(Впрочем, чудо это имело вполне логичное объяснение. Согласно правилам, арестованный священник имел право сохранять свою внешность в неприкосновенности. Так, в 1945 году успешно отстоял своё право не стричь бороду и не бриться о. Виктор Шиповальников, причём в конфликте с парикмахером лагерное начальство приняло сторону батюшки).
Сам о. Иоанн так вспоминал первую ночь за решёткой: «Когда меня взяли в тюрьму, оформление там долгое и тяжёлое — водят туда-сюда, и не знаешь, что ждёт тебя за следующей дверью. Обессиленный бессонной ночью и переживаниями первого знакомства с чекистами, я совершенно измучился. И вот завели меня в какую-то очередную камеру и ушли. Огляделся: голые стены, какое-то бетонное возвышение. Лёг я на этот выступ и уснул сном праведника. Пришли, удивлённо спрашивают, неужели ты не боишься? Отвечать не стал, но подумал: а чего мне бояться? Господь со мной».
Первый допрос был помечен датой 29 апреля 1950 года. Значит, опомниться, отоспаться арестованному не дали, повели сразу. Следователь представился — капитан МГБ Жулидов Иван Михайлович. Это не могло не вызвать невольную улыбку у о. Иоанна — полный тёзка, да ещё и одногодок примерно. Только вот судьбы у двух Иванов Михайловичей были разные, как и взгляды на жизнь.
На первом допросе следователь спросил, верно ли, что во время богослужений о. Иоанн допускал «антисоветские выпады». На это батюшка твёрдо ответил:
— В моё сознание никогда не входила мысль, чтобы сан священника использовать для проведения антисоветской агитации... Я прошу следствие это моё заявление проверить путём допроса моих сослуживцев по церкви, настоятеля, священника и диакона, которые всегда присутствовали при отправлении мною богослужения и в отношении меня ничего предосудительного сказать не могут.
Здесь необходимо сделать пояснение. Дошедшие до нас протоколы — только отголосок живого голоса о. Иоанна. По многим из них становится очевидно, что протоколы эти заполнялись человеком, ничего не смыслящим в церковной жизни и вообще малограмотным. Поэтому воспринимать эти стенограммы как слова, буквально произнесённые арестованным на допросе, не стоит. На живую, простую основу «наматывались» косноязычные бюрократические формулировки, не говоря уже о том, что многое просто придумывалось следователем.
Второй допрос, 5 мая, начался с того, что следователь упрекнул арестованного в неискренности, а затем добавил:
— Вот вы сами просили допросить ваших сослуживцев и были уверены, что они подтвердят вашу невиновность. Мы допросили их, и они дали показания против вас.