На протяжении первой половины 1990-х продолжало расти количество православных приходов в России. Если в декабре 1994 года в стране насчитывалось 15 985 храмов, то через три года — 18 тысяч. И хотя внешне мощный рывок вперёд, который Русская Православная Церковь совершила на рубеже 1980/90-х годов, выглядел ошеломительным, даже по количеству православных приходов и монастырей современной России было далеко до России ушедшей. Если в 1914 году в Российской империи насчитывалось 1025 монастырей (из них в границах современной России — 950), то в конце 2000 года в Российской Федерации насчитывалось 347 монашеских обителей (на Украине — 116, в Беларуси — 14, Молдове — 33, других странах СНГ и Балтии — 24). Храмов также было меньше, чем столетие назад: если в 1914-м насчитывалось 54 174 храма, то век спустя, в 2013-м, — 33 489. Та же картина с духовными учебными заведениями: если в 1914 году в России было 185 духовных училищ, 57 семинарий и 4 академии, то век спустя — 37 училищ, 47 семинарий, 5 академий, 2 православных университета. И если в 1915-м в России было 3246 протоиереев и 47 859 священников, то в 2017-м — 34 774 священника. Конечно, на фоне почти полного разгрома Церкви накануне Великой Отечественной войны это выглядит более чем впечатляюще — но только если не знать дореволюционной картины. Последствия чудовищного удара 1917 года не преодолёны и век спустя...
Этот страшный разлом, прошедший через новую Россию, контраст между изобилием и скудостью, внешним количеством новых храмов и качеством стремившихся в них паствы о. Иоанн предвидел уже давно. Ещё в конце 1970-х, будучи в гостях у о. Геннадия Нефёдова, мужа одной из дочерей о. Анатолия Правдолюбова Ксении, он сидел за хорошо, по меркам «застойного времени», накрытым столом. Шёл общий разговор, как вдруг о. Иоанн, изменившись в лице, всмотрелся куда-то вдаль и произнёс:
— Будьте внимательны и осмотрительны к себе... — Он показал на стол, ломившийся от блюд: — Этого будет много, даже слишком много. Скудость останется в редких домах, у доживающих свой век и оставшихся произволением в старом времени. А новое захлебнётся изобилием материальных благ. Так будет происходить, потому что древний змий почувствует приближение конца и начнёт бить хвостом. Брызги от его агонии и дадут этот очередной соблазн, «чтобы прельстить, если возможно, и избранных». Но расплата за эти вражьи дары очень дорогая. Люди будут кружиться в нескончаемом водовороте, суете и погоне за приманками и растеряют душевное тепло и любовь. Искреннее сердечное общение будет большой редкостью. Духовное оскудение изгонит Дух Божий из жизни.
Собеседники тогда не поняли ничего. А речь шла о тех временах, когда действительно материальными благами, иномарками, «фирменными» дисками и одеждой никого удивить уже было нельзя, а вот пищи духовной алкали очень немногие.
В своих проповедях о. Иоанн твёрдо и безоговорочно осуждал пороки современного мира: «Полк сатанинских сект, оккультных ересей, каббалистика, теософия, астрология, гипноз, кодирование, медитация, экстрасенсорные воздействия на человека, парапсихологические методы «лечения» — калечения людей, которые церковным вероучением определяются как чародейство и колдовство, — нашли сейчас на Родине нашей высоких покровителей. И все средства массовой информации отданы враждебным Православию разрушительным силам». Увлечение телевидением особенно осуждалось о. Иоанном: «Разбойник-телевизор впился в душу и держит её своей мёртвой хваткой до полного её опустошения». А вот о компьютерах он отзывался спокойно: «Это такое же изобретение, как и все прочие. А в Писании сказано: “Всё мне позволительно, но ничто не должно обладать мною” (1 Кор. 6: 12). Если на компьютере человек делает дело Божие и во славу Божию, например, набирает богослужебные книги или святоотеческую литературу, то человек этим спасается. А если использует технику для разного безобразия и бесчинных игр, то он явно погибает. Вот и решайте».
Увы, не обошли печальные события середины 1990-х и Псково-Печерскую обитель. 3 июля 1995 года в Богом зданных пещерах с невероятной помпой был погребён убитый во время «разборки» петербургский криминальный авторитет Николай Гавриленков. В последний путь его провожал чуть ли не весь бандитский Петербург. О. Иоанн при этом, к счастью, не присутствовал — с 15 июня по 15 августа 1995-го он находился в отпуске в эстонской Вярске.
После этого события архимандрит Роман был отрешён Патриархом Алексием 11 от должности наместника. 17 августа 1995 года новым наместником был назначен архимандрит Тихон (Секретарёв, род. 1955), бывший насельником обители с 1976 года.