...В 1970 году тяжёлая болезнь постигла 89-летнего архимандрита Афиногена — братского духовника обители, исполнявшего свои обязанности с 1960-го, с момента кончины старца Серафима. Наместник о. Алипий повелел исполнять обязанности духовника о. Иоанну. И тут произошло то, чего никто не ожидал, — иеромонах категорически отказался принять послушание. На о. Иоанна это не было похоже, тем более что он считал подчинение монастырскому начальству первейшей обязанностью монаха. Когда недоумевающий наместник потребовал у него объяснений, о. Иоанн смиренно проговорил:
— Не могу, отец наместник. Духовник наш, слава Богу, жив и настолько опытен, что мне при нём живом заступать на его место никуда не годится.
Спорить о. Алипий не стал, а по-военному коротко приказал, повернувшись к своему келейнику:
— Отца Иоанна ничем не нагружать. Освободить его вообще от всех послушаний. Пусть только в трапезную ходит...
Наказание, что и говорить, суровое. Поневоле почувствуешь себя изгоем, непричастным к жизни монастыря. Но паломники-то не знали о распоряжении о. Алипия, и людской поток, желавший повидать о. Иоанна Крестьянкина, не иссякал. Он принимал гостей в келии, а потом начал выходить и на Успенскую площадь, ибо всех желающих келия вместить не могла. От зоркого глаза наместника такой непорядок, конечно, не укрылся. И как-то на всю площадь прозвучал грозный голос о. Алипия, увидевшего из окна общение батюшки с народом:
— А куда это отец Иоанн пошёл?!
Пришлось тут же вернуться в келию. Но в следующий раз тот же вопрос прозвучал уже менее грозно, а в третий раз — почти ласково. О. Иоанн понял, что прощён. Тем более что и духовник старец Афиноген постепенно оправился от болезни и вновь приступил к своим обязанностям, которые исполнял до самой смерти в 1979-м. Батюшка безмерно уважал этого старца, и даже тех священников, кого благословили принести генеральную исповедь ему самому, отправлял к о. Афиногену — как к более старшему, опытному.
Отношения отцов Алипия и Иоанна знавшие их обоих описывают как дружбу, и в начале 1970-х это действительно было так. Именно о. Иоанну вручил наместник список своих однополчан, погибших на фронте, и попросил поминать их, что батюшка и делал до самой смерти. О. Иоанн ценил в наместнике непреклонную волю, характер, любовь к своей обители, обилие талантов, называл его редким самородком, чудом Божиим. А о. Алипий, безусловно, понимал, что о. Иоанн — не простой иеромонах, а «земной ангел и небесный человек», говорил о нём: «Да у меня таких, как он, и трёх-то монахов не наберётся». Что не мешало ему подтрунивать над ним, добродушно называть «Ванька — бабий духовник» (намёк на то, что большинство духовных чад о. Иоанна были женщинами: так было всегда — ещё в Пскове в 1955-м его звали «дамским батюшкой»). А время от времени отец архимандрит распекал его, как и прочую братию. Так, 28 мая 1972-го, на Святую Троицу, о. Иоанн произнёс в переполненном храме проповедь, где были такие слова:
— Други наши, не скорбите, велика сила Духа Божия! Придёт время, и многих из тех, кто сейчас гонит нашу Церковь, нашу веру, Он, всемогущий, наставит на путь Истины. И они придут, и будут защищать Её, и будут молиться.
В 1970-х во всеуслышание сказать о гонениях на Церковь — такая смелость могла обойтись очень дорого. И о. Алипий после службы сурово вопросил проповедника:
— Отец Иоанн, ты про каких гонителей сегодня упоминал?
— Это я сказал по наитию, — прозвучал краткий ответ.
Что такое наитие Святого Духа, знали и наместник, и иеромонах, и ситуация, казавшаяся взрывоопасной, была исчерпана. А пророчество о. Иоанна сбылось в точности — многие из тех, кто в 1970-х были гонителями Церкви, через двадцать лет пришли в неё...
13 апреля 1970 года, на Святую Пасху, состоялась хиротесия о. Иоанна в сан игумена (практика присвоения этого сана в качестве награды сохранялась в Русской Православной Церкви до 2011 года). Указ, подписанный архиепископом Псковским и Порховским Иоанном, подчёркивал, что саном он награждён «в связи с его славным 60-ти летним юбилеем, за усердно-ревностное 25-ти летнее безукоризненно честное и трезвое пастырское служение Христовой Церкви». Но сам о. Иоанн со свойственным ему самокритичным юмором наверняка припомнил в тот день свою любимую приговорку: «Игумен, да неумён; не игумён, а умён». Отвечая на поздравления братии, новоиспечённый игумен смущённо говорил:
— Нет, нет, не истолкла меня ещё жизнь, чтобы мне достойно золотой крест на персях носить.
А в благодарственном слове сказал серьёзно:
— Испросите мне у Христа Господа милость, да даст мне разум благоугождать Ему мыслью, и желанием, и намерением, и делом, да верен Ему обрящуся даже до последнего моего издыхания. Чтобы последние годы моей жизни и смерть моя явились если и не прославлением имени Божия, то и не бесчестием святой Божией Церкви, монашества и святой обители сей.