Для Вани Крестьянкина особым потрясением стал арест и показательный суд над владыкой Серафимом. Знакомство Вани с ним, как мы помним, состоялось летом 1917 года, а окрепло, как можно предположить, благодаря друзьям-соседям — братьям Василию и Александру Москвитиным, детям купца Ивана Александровича Москвитина, бывшего поручителем по жениху на свадьбе Крестьянкиных. Это с ними Ваня ходил в 1920-м в паломничество к о. Георгию Коссову. И Василий, старше Вани на пятнадцать лет, и Саша, старше его на четыре года, служили иподиаконами при епископе Серафиме. Скорее всего, именно они устроили так, что Ваня тоже начал нести послушание при владыке — сначала келейником, затем жезлоносцем и, наконец, иподиаконом.
Хиротесия в иподиаконы во многом стала определяющей для дальнейшей судьбы мальчика. Ведь в этот день он крестообразно опоясался орарем в знак того, что «он с настоящего времени смирением, целомудрием чресл своих и чистотою должен стяжать себе одежду чистоты духовной: почему и не может после этого вступать в брак». Обязанностей у иподиакона немало. Он должен облачать архиерея, прислуживать ему во время богослужения, приготовлять облачение и священные сосуды к священнодействию (он может касаться только порожних священных сосудов, когда в них не содержатся Святые Тайны), содержать в чистоте покровы и светильники на престоле и жертвеннике, зажигать светильники на престоле… Надо заметить, что, согласно решению Трулльского собора, иподиаконы не могут быть моложе двадцати лет, однако на практике от этого правила часто отступали.
Владыка Серафим стал одним из главных учителей Вани Крестьянкина. «Умнейший, добрейший, любвеобильнейший — не счесть хвалебных эпитетов», — так в старости вспоминал владыку о. Иоанн. И описывал случай, произошедший в марте 1922 года: «В Прощеное Воскресенье этот Божий Архиерей изгоняет из монастыря двух насельников, игумена Каллиста и иеродиакона Тихона, — за какой-то проступок. Изгоняет их принародно и властно, ограждая от соблазна остальных, и тут же произносит слово о Прощеном Воскресенье и испрашивает прощение у всех и вся. Мое детское сознание было просто ошеломлено случившимся именно потому, что всё произошло тут рядом: и изгнание — то есть отсутствие прощения, и смиренное прошение о прощении самому и прощение всех. Понял тогда одно только, что наказание может служить началом к прощению, и без него прощения быть не может. Теперь-то я преклоняюсь пред мужеством и мудростью Владыки, ибо урок, преподанный им, остался живым примером для всех присутствующих тогда, как видите, на всю жизнь».
Показательный суд над владыкой, через который он прошел 18–20 июня 1922 года в клубе железнодорожников «Броневик», поверг Ваню Крестьянкина в ужас и недоумение. К этому времени епископ Серафим был для Вани не просто главным духовным начальством губернии, но по-настоящему близким и родным человеком. И в переполненном зале суда, при виде владыки, бесстрастно слушавшего приговор, подступили вопросы, на которые не было ответа. Почему на владыку возведены такие горы клеветы, такие тяжкие обвинения?.. Почему он никак не отвечает на них, не оправдывается — ведь он не виноват?.. Почему он на целых семь лет будет оторван от своей паствы?.. Где же справедливость на свете?..
Еще одним способом подрыва влияния Церкви на народ стало так называемое обновленчество, или «Живая церковь». Обновленцами называли себя священники, полностью поддерживавшие советскую власть, не подчинявшиеся Патриарху Тихону, ратовавшие за упрощение и модернизацию Церкви. Этот проект был затеян весной 1922 года и пользовался покровительством ГПУ (тот же Бухарин так и писал: «При ГПУ мы воздвигли свою церковь»). В краткий срок, к концу 1922-го, обновленцы смогли захватить две трети из 30 тысяч российских храмов. Мемуарист А. Э. Краснов-Левитин, сам бывший обновленческим диаконом, так описывал живоцерковников: «В общем священнослужителей-обновленцев можно разделить на 4 группы: первая — самая многочисленная группа <…> серые батюшки требоисправители <…> Вторая — прохвосты, присоединившиеся к обновленчеству в погоне за быстрой карьерой, спешившие воспользоваться „свободой нравов“, дозволенной обновленцами. <…> Почти все они были агентами ГПУ. Третьи — идейные модернисты, искренно стремившиеся к обновлению церкви. Эти жили впроголодь, ютились в захудалых приходах, теснимые властями и своим духовным начальством и не признанные народом. Они почти все кончили в лагерях. Четвертая — идеологи обновленчества. Блестящие, талантливые, честолюбивые люди, выплывшие на гребне революционной волны». 29 апреля 1923 года на «Втором Поместном соборе» в храме Христа Спасителя обновленцы «лишили сана» арестованного еще год назад Патриарха Тихона, объявили о переходе на григорианский календарь и закрытии монастырей.