Свои соболезнования в монастырь прислали митрополит Санкт-Петербургский и Ладожский Владимир (Котляров), Патриарший Экзарх всея Беларуси митрополит Минский и Слуцкий Филарет (Вахромеев), митрополит Смоленский и Калининградский Кирилл (Гундяев; ныне Патриарх Московский и всея Руси), митрополит Екатеринодарский и Кубанский Исидор (Кубанский), митрополит Черновицкий и Буковинский Онуфрий (Березовский), митрополит Таллиннский и всея Эстонии Корнилий (Якобс), митрополит Ловчанский Гавриил (Динев). Среди светских лиц, приславших соболезнования, были генеральный прокурор Российской Федерации В. В. Устинов, Полномочный представитель Президента России в Центральном федеральном округе Г. С. Полтавченко, 1-й заместитель председателя Государственной Думы Федерального Собрания Российской Федерации Л. К. Слиска, многие другие.
Первую заупокойную литию в келии старца совершил наместник обители архимандрит Тихон с братией. 6 февраля в 14.30. в обитель приехал архиепископ Псковский и Великолукский Евсевий. Снова была совершена заупокойная лития, после которой гроб с покойным под звон всех колоколов монастыря с крестным ходом под пение «Святый Боже…» перенесли в Сретенский храм. После третьей заупокойной литии владыка Евсевий произнес прощальное слово. Началось чтение Евангелия. В 17 часов архимандрит Тихон совершил парастас, после чего чтение Евангелия продолжилось.
На следующий день, 6 февраля, в Сретенском храме наместник монастыря совершил соборную панихиду. На протяжении дня над гробом покойного читали Евангелие, служились панихиды и заупокойные литии, в 17 часов парастас совершил епископ Зарайский Меркурий. А в Святые врата монастыря продолжали и продолжали входить приехавшие проститься с о. Иоанном люди. Казалось, население Печор в эти дни увеличилось в несколько раз. Из автобусов и машин с российскими, белорусскими, эстонскими, латвийскими номерами выходили люди, объединенные общей скорбью — знавшие и не знавшие друг друга, но единые в любви и благодарности к о. Иоанну…
6 февраля новость о кончине батюшки облетела весь православный мир. О ней говорили с амвонов священники после проповедей, ее с плачем передавали из уст в уста в храмах, телефонными звонками, эсэмэсками, по электронной почте, письменно. Проводники поездов, уходивших из Москвы и Петербурга в Псков, изумленно рассматривали пассажиров — почти все они были священнослужителями разных рангов. С привокзальной площади Пскова многочисленные заказные автобусы и такси также уходили по одному маршруту — в Псково-Печерский монастырь.
Ольга Борисовна Сокурова успела на поезд Петербург — Псков в последний момент: «Успеть нереально. Но отступиться, вернуться домой и согласиться с тем, что не попрощаюсь с духовным отцом, тоже совершенно немыслимо. Остается одно: двигаться вперед как можно быстрее, положившись на милость Божию и батюшкину помощь, сделать со своей стороны всё возможное и невозможное, а там уж как Бог даст. <…> Вот я уже на вокзале, подбегаю к кассе. Вторым в очереди стоит мой знакомый. Это замечательный врач, очень отзывчивый человек, прежде часто бывавший у батюшки. Он говорит мне: „Ольга Борисовна, становитесь в очередь вместо меня. Я забыл дома паспорт. Звонил сыну в надежде, что он подвезет, но телефон всё время занят, должно быть, сын увяз в Интернете. Значит, мне не суждено. Поезжайте, помолитесь о нас у гроба отца Иоанна“. Горячо поблагодарив, беру билет».
Утро 7 февраля выдалось ярко-солнечным и очень морозным — ниже минус тридцати. По Кровавой дороге струился нескончаемый поток людей. Казалось, что весь православный мир пришел проститься с батюшкой. В Сретенский храм уже невозможно было протиснуться — всю Успенскую площадь запрудили паломники. Позднюю Божественную литургию возглавил архиепископ Псковский и Великолукский Евсевий (Саввин), сослужили ему архиепископ Рязанский и Касимовский Павел (Пономарев, в 1988–1992 годах настоятель обители), архиепископ Ярославский и Ростовский Кирилл (Наконечный), архиепископ Новгородский и Старорусский Лев (Церпицкий), епископ Зарайский Меркурий (Иванов), наместник Свято-Успенского Псково-Печерского монастыря архимандрит Тихон (Секретарев), наместник Московского Сретенского монастыря архимандрит Тихон (Шевкунов), представитель Американской Православной Церкви при Патриархе архимандрит Закхей (Вуд), о. митрофорный протоиерей Димитрий Смирнов, ректор Свято-Тихоновского гуманитарного университета о. протоиерей Владимир Воробьев, представители Грузинской и Эстонской Православных Церквей, более ста двадцати священнослужителей Псковской и многих других епархий.
После Литургии слово взял владыка Евсевий: