Утром 29 декабря 2000 года он рассказал келейнице, что ночью служил Пасхальную службу и был свидетелем неземной благодати, когда ликовало всё: небо, земля, все, кто присутствовал на этой службе.
— Радость-то какая, радость-то! Христос Воскресе! — восклицал батюшка, и лицо его светилось от счастья.
И с этого дня первыми словами, которые он произносил после пробуждения, были «Христос Воскресе!».
В половине четвертого утра 11 июня 2004-го келейница услышала, как о. Иоанн во сне беседует с каким-то священником, называя его отцом Михаилом. Разговаривал он бодрым голосом, звучавшим так, как десять лет назад. Когда разговор закончился, Татьяна Сергеевна подошла к постели старца. Проснувшись, он взволнованно произнес: «А матушка-то, матушка где? Позови ее». Пришлось сказать, что матушка уже ушла с отцом Михаилом. «А я ей даже полслова не сказал», — огорчился старец.
В час ночи 25 ноября 2004-го о. Иоанн во весь голос запел в келии Пасхальную стихиру «Воскресение Твое, Христе Спасе, ангели поют на небесех…». Татьяна Сергеевна, осторожно подойдя к его постели, увидела, что поет он во сне: «Он начинал пение высоким мальчишеским фальцетом, но не выдерживал до конца и „творяй чудеса“ пел уже со старческой хрипотцой, кончая слово „Един“ шепотом. Замолкал на время, во что-то вслушиваясь, и снова начинал свое соло высоко и вдохновенно, пока силы не покидали его. Заканчивал же пение полностью шепотком».
3 апреля 2005-го рано утром Татьяна Сергеевна увидела, что лицо спящего батюшки бледнее обычного. Она, забеспокоившись, взяла шприц с лекарством и тихонько спросила:
— Благословите, могу ли я уколоть вас?
— Нет, подожди, подожди, потом, — быстро ответил он с закрытыми глазами, словно не спал.
— Где вы?
— В церкви.
— У вас пассия?
— Нет, нет, литургия. И я возглавляю.
Иногда после таких небесных служб он некоторое время не мог прийти в себя, вернуться на Землю. Недоуменно смотрел на келейницу и спрашивал:
— Где мы?
— Я в келии отца Иоанна, а вы где? — с улыбкой отвечала вопросом на вопрос Татьяна Сергеевна.
— А я в Царстве Небесном.
«Вид батюшки в такие моменты не допускал сомнений в истинности его слов», — вспоминает Т. С. Смирнова.
Иногда во время ночных видений о. Иоанну явно открывались истины, касаемые всего мира. 26 августа 2003 года ночью он трижды громко воскликнул: «Мир гибнет! Мир гибнет! Мир гибнет!», а затем добавил: «В Мирах Ликийских гибель, и Греция погибла». А 6 сентября того же года в три часа ночи окликнул келейницу и, когда та подошла, сильным голосом произнес:
— Благословение Господа над Россией, над Святой Православной нашей Церковью, над народом Божиим и над нами. — И благословил на все четыре стороны. А когда утром келейница спросила, какую службу он служил ночью, батюшка бегло ответил «Служил, служил…» и завел речь о другом.
18 июня 2004-го, когда Татьяна Сергеевна начала будить старца, чтобы начать утреннее молитвенное правило, он устало проговорил:
— Ну что ты, дай мне отдохнуть, я ведь только со службы пришел. Ночью служил Божественную литургию.
Иногда сознание влекло батюшку в давно минувшее. Так, 18 декабря 2004-го он внезапно обратился к келейнице:
— А мне никуда не надо являться?
— А куда?
— Да в органы, — спокойно пояснил старец. — Как-то Иван Михайлович там поживает?
— Кто такой Иван Михайлович?
— Да Жулидов же, первый следователь, который вел мое дело.
И батюшка начал рассказывать о своем ровеснике — капитане МГБ, ломавшем ему на допросах пальцы и бившем молотком по голове. А потом неожиданно спросил сам себя:
— Да жив ли он? — И сам же ответил: — Жив, жив, только очень уж старенький.
В эти годы, общаясь с людьми, о. Иоанн иногда неожиданно преображался внешне. Он буквально на глазах становился строгим, торжественным и, передавая ответ вопрошавшему, подчеркнуто твердо говорил келейнице: «Иди, скажи: Учитель сказал!» Конечно же, посетители понимали, что под Учителем скромный, никогда не считавший себя старцем батюшка имел в виду никак не себя. В эти моменты ему открывалась Истина, проводником которой в мир выступал он.
Другим ближайшим к батюшке человеком был его помощник игумен (ныне архимандрит) Филарет (Кольцов). Их отношения были похожи на отношения обожавших друг друга отца и сына. О. Филарет мог шутя ущипнуть батюшку, пощекотать его, а о. Иоанн ласково звал помощника «деточкой». Были и другие шутливые прозвища — «Граф» (или «Графчик», «Граф Пупкин»), «Кот в сапогах». Как и в 80-х, и в 90-х, о. Филарет обеспечивал хозяйственную сторону жизни батюшки, помогал во всем, своей энергичностью и чувством юмора придавал старцу сил.