Ильинский храм был первым в жизни Вани Крестьянкина. Крестил младенца священник о. Николай Азбукин (он же раньше крестил Павла и Сергия Крестьянкиных); сослужил ему о. диакон Иоанн Адамов, а помогал псаломщик Евстигней. В метрической книге псаломщик сделал запись: «Родители: орловский мещанин Михаил Димитриев Крестьянкин и законная жена его Елисавета Иларионова. Восприемники: орловский мещанин Александр Михайлов Крестьянкин и орловская мещанка вдова Параскева Иларионова Овчинникова», то есть старший брат и родная тетка, сестра матери.
С младенчества Ваня страдал сильной близорукостью, был слабеньким, часто и подолгу болел. Доходило до того, что близкие вздыхали над его колыбелью: «Ванечку-то хоть бы Бог прибрал!» Так и произошло, но в другом смысле. Однажды, когда младенец почти умирал, до предела измученная и утомленная Елизавета Илларионовна задремала над его кроваткой и вдруг увидела перед собой сияющую деву, в которой узнала святую великомученицу Варвару. «А ты мне его отдашь?» — спросила дева, указывая на младенца. Мать протянула к ней руки и… проснулась. На следующий день Ваня начал выздоравливать. И не было потом ни дня, чтобы он не поминал в молитве святую великомученицу, которая «прибрала» его к себе. К последней странице молитвослова о. Иоанна был приклеен бумажный кармашек, в котором лежала иконка святой великомученицы Варвары с надписью рукой батюшки: «Которая много значит в моей жизни».
3 июня 1912 года в семью Крестьянкиных пришло горе — в возрасте сорока девяти лет от воспаления легких скончался Михаил Дмитриевич. Елизавета Илларионовна, которой было тогда тридцать восемь, осталась одна с пятью детьми на руках (старшему четырнадцать лет, младшему — два года). Но в тяжкое время проявилась сила духа и стойкость характера этой удивительной женщины. О. Иоанн вспоминал, что по праздникам в маленький деревянный дом Крестьянкиных на Воскресенской набивалось полным-полно гостей, и для всех у матери находились и угощение, и доброе слово, а провожая людей, она еще и снабжала их гостинцами для тех, кто не смог заглянуть на огонек. И первые, самые простые и внятные уроки добра, милосердия, сострадания к ближнему мальчик получил именно от матери.
Что-то запоминалось на всю жизнь. Например, самовар, в котором варятся завернутые в марлю яйца к завтраку. И как только они готовы, у мамы начинает «болеть голова» (Елизавета Илларионовна и в самом деле страдала мигренями), «пропадает аппетит», и свое яйцо она отдает младшему, Ване. Это история из голодных лет, может быть, 1921-го или 1922-го. Тогда в доме Крестьянкиных нечего было менять даже на хлеб, оставалась только икона Божией Матери «Знамение». Но на все попытки перекупщиков получить икону и расплатиться с хозяйкой хлебом Ваня слышал твердое «Нет» из уст матери. Еще больше она укрепилась в своем решении, когда увидела сон, в котором икона уходила из ее дома на небо в огненном столпе. Образ так и остался в доме… А вот Ваня подкармливает слепых мышат, и мать ограждает его от досады соседа и друга семьи, купца Ивана Александровича Москвитина: «И что ты ему разрешаешь с мышами возиться, Лиза!..» И так же надолго врезается в память материнское неодобрение, когда на Рождество 1915-го пятилетний Ваня впервые в жизни сам проехался на извозчике — на гривенник, подаренный Москвитиным. Ничего не сказал, смолчал, утаил монетку, хотя обычно ее отдавал маме… Стыд за проступок — хотя, кажется, что в нем такого? — остался навсегда. Как и стыд за то, что на Пасху 1917 года, оставшись дома один, отщипнул на пробу кусочек кулича, стоявшего на столе. «Я помню до сих пор этот грех», — признавался о. Иоанн в 1970-х.
Трогательная связь между сыном и матерью сохранялась до самой смерти Елизаветы Илларионовны. Даже свой необычный почерк, напоминающий старательные детские письмена, о. Иоанн унаследовал от матери.