Снова началось массовое закрытие храмов. С марта 1961-го их разрешалось закрывать решением не Совета министров союзной республики, а областного или краевого исполкома, что сильно упрощало процедуру закрытия. Многие храмы, чудом пережившие лихолетье 20–30-х годов и Великую Отечественную войну, в том числе и бесценные памятники архитектуры, варварски разрушались. Эта кампания приняла поистине чудовищные размеры. Например, в Белоруссии в 1959–1963 годах было закрыто или уничтожено 599 храмов из 968 функционировавших. В некоторых больших городах число действующих церквей снова оказалось на предвоенном уровне (в Минске и Саратове по два храма, в Смоленске и Новгороде по одному). Всего с 1958 по 1964 год в СССР был закрыт или уничтожен 5541 храм и молитвенное здание.
В тех храмах, что уцелели, была проведена кардинальная управленческая реформа. С 18 июля 1961 года управление приходами осуществляли так называемые «двадцатки» — выборные органы от прихожан, состав которых, естественно, был согласован с властью. Отныне настоятели храмов лишались административных полномочий, полностью попадая под контроль приходского совета, в том числе и в финансовых вопросах. Фактически священник становился неким наемным работником, которым управляла община во главе с «идеологически проверенным» старостой. О том, что при желании могли натворить такие старосты, вспоминает о. протоиерей Владимир Правдолюбов: «В Касимове у ящика (имеется в виду церковная касса. —
C лета 1961 года штрафовались или лишались регистрации священники, работавшие с детьми, служившие требы (Евхаристии тяжелобольных, молебны, отпевания, панихиды, освящения домов), строившие при храмах подсобки или покупавшие для ремонта стройматериалы. Специальные комиссии изучали степень влияния Церкви на юношество, выявляли и преследовали молодых людей, желающих поступить в семинарии, изучали содержание проповедей, пресекали попытки крестить детей без согласия обоих родителей.
Тяжелый урон понесли учебные заведения Церкви: из действовавших в 1947 году восьми духовных семинарий уцелели лишь Московская, Ленинградская и Одесская. Если в 1958 году в стране насчитывалось 11 010 священников, то в 1963-м — 7236. Не менее сотни священников были осуждены, чаще всего — по надуманным обвинениям в экономических злоупотреблениях; им давали по три-четыре года лагерей. Арестовали и двух архиереев — архиепископа Казанского и Марийского Иова (Кресовича) в июне 1960-го и архиепископа Черниговского и Нежинского Андрея (Сухенко) в октябре 1961-го; последний после тюремного заключения повредился рассудком.
Начались, хотя и не повсеместно, дикие антирелигиозные выходки, больше всего напоминавшие 1920-е годы (это и неудивительно: ведь идеалом Хрущёва был возврат к «ленинским нормам»). Так, на Пасху 1960 года атеисты врывались в православные храмы Киева, Риги, Таллина, били стекла, стреляли в окна из охотничьих ружей. Митрополит Крутицкий и Коломенский Николай описал случай, когда на Украине во время службы группа комсомольцев внесла в храм голую девушку, попыталась пронести ее через царские врата и уложить на престол. Прихожане тогда вышвырнули кощунников из храма и вызвали милицию. На Пасху 1965 года, как следует из рапорта уполномоченного по делам Русской Православной Церкви по Москве и Московской области А. А. Трушина, «праздношатающаяся молодежь вела себя очень шумно, а около некоторых храмов (Елоховского, в Новодевичьем монастыре, Всех- святской церкви), кричали, визжали, а во время „крестного хода“ оглушительно свистели». В Вербное воскресенье 1 апреля 1961 года прямо в Богоявленском соборе было совершено покушение на Патриарха Алексия — во время всенощной на него напал вооруженный ножом мужчина; как писал сам Патриарх председателю Совета по делам Русской Православной Церкви В. А. Куроедову, «лишь благодаря тому, что в моей левой руке был высокий посох, удар был нанесен не в голову, а в плечо».