В связи с этим в 1914 г. профессором Юлием Михайловичем Шокальским, в то время начальником Гидрометеорологической службы Главного гидрографического управления, был разработан обширный план исследования Черного моря специальной комплексной экспедицией. Этот план удалось осуществить только при советской власти.
В 1923 г. было намечено произвести четыре ежесезонных океанологических разреза по линии мыс Сарыч (Южный берег Крыма) – город Инеболу (анатолийское побережье), пересекающей самое узкое место Черного моря. Экспедиции был предоставлен старый пароход «Ингул». Производство работ поручалось Севастопольской морской обсерватории (начальник Е. Ф. Скворцов) и Севастопольской биологической станции (заведующий В. Н. Никитин).
В феврале экспедицией был выполнен первый разрез. Всего было сделано семь станций, причем только до 400 метров. Одновременно с определением температур и взятием проб воды для определения солености производились ловы планктонных организмов в поверхностном слое моря.
В ноябрьском рейсе исследования были доведены до глубины 2000 м и были начаты первые на Черном море химические определения содержания растворенного в морской воде кислорода.
В 1924 г. непосредственное участие в работах экспедиции принял Ю. М. Шокальский, которому с самого начала было поручено общее руководство черноморскими исследованиями. К работам экспедиции были также привлечены крупные специалисты по отдельным отраслям океанографии, а именно: Е. Ф. Скворцов, В. Н. Никитин, П. Т. Данильченко, Л. Ф. Рудовиц, М. В. Никитин, М. П. Мальчевский, Н. В. Кондырев, В. В. Каврайский, В. А. Снежинский.
Деятельность экспедиции еще более усилилась с 1925 г., когда вместо пришедшего в негодность «Ингула» в ее распоряжение был предоставлен пароход «Дунай» водоизмещением 1300 т, а затем пароход «Гидрограф» под командованием К. М. Аболина. В 1926 и 1927 гг. работы экспедиции продолжались. В 1928 г. все основные исследования режима Черного моря, намеченные планом Ю. М. Шокальского, были завершены. Однако исследования на том же судне и теми же приборами продолжались уже под руководством В. А. Снежинского вплоть до конца 1935 года. Зимой 1935 г. была проведена большая экспедиция, охватившая своими работами все Черное море и заполнившая пробелы предшествовавших лет.
Таким образом, можно считать, что работы, проводимые Ю. М. Шокальским, продолжались 12 лет, причем наблюдения и обработка их производились одними и теми же учеными, одними и теми же приборами и теми же методами.
За это время было сделано 53 рейса, во время которых выполнено более 1600 океанологических станций и более 2000 биологических и геологических (грунтовых) сборов. Продолжительность отдельных рейсов колебалась от 15 до 60 суток. Станции в открытом море располагались обычно на расстоянии 30 миль одна от другой, в особо интересных местах и у берегов это расстояние уменьшалось иногда до 5 миль.
Обычная работа на станциях заключалась в измерении глубин и взятии проб грунта со дна моря. Затем, на заранее установленных горизонтах от поверхности моря, измерялась температура и брались пробы морской воды для последующего частичного или полного химического анализа ее состава. Число таких горизонтов на глубинах свыше 2000 м доходило до 20.
Одновременно с этими работами производились обловы планктонных организмов на разных глубинах и устанавливалась нижняя граница их распространения. Кроме того, в прибрежных районах производились количественные и качественные сборы донных организмов.
В результате работ экспедиции В. А. Снежинский составил новую батиметрическую карту Черного моря, значительно изменившую наши представления о рельефе дна. Оказалось, что рельеф берегового склона очень сложен и является как бы продолжением рельефа прилегающей суши.
Однако, несмотря на множество намерений, экспедиции Шокальского не удалось обнаружить глубин, хотя бы на метр превышающих глубину, измеренную экспедицией Шпиндлера (2444 м).
Образцы грунтов моря доставались обычными трубками, вырезывающими колонки большей или меньшей длины, в зависимости от характера грунта. Сначала такие трубки были двухметровой длины. В 1928 г. Е. Ф. Скворцов применил для той же цели большую грунтовую трубку, и В. А. Снежинским была получена колонка грунта длиной 495 сантиметров. Это была рекордная для того времени длина колонки грунта, добытой в Мировом океане.
В связи с крымскими землетрясениями 1927 г. крымский район Черного моря в отношении глубин и грунтов был обследован с особой тщательностью.
Все данные, добытые Черноморской экспедицией, послужили материалом для замечательной работы А. Д. Архангельского и Н. М. Страхова о геологическом строении и истории развития ложа Черного моря.