25 июля 1917 года Александр Сергеевич вошел в состав нового коалиционного правительства, возглавляемого А. Ф. Керенским, в качестве министра юстиции и генерал-прокурора.
Отдавая должное А. С. Зарудному, как блестящему адвокату, некоторые современники, в частности, его заместитель по Министерству юстиции А. А. Демьянов, были все же невысокого мнения о нем как о политическом деятеле. Он имел, по выражению Демьянова, «массу крупнейших недостатков». Кресло министра юстиции и генерал-прокурора было явно не для него, что хорошо понимал и сам Зарудный, оставивший этот пост спустя немногим более месяца после назначения. В чем же заключались эти недостатки? Во-первых, он не имел твердой политической основы. В период своей активной адвокатской деятельности он всегда с большим подъемом защищал лиц, выступавших против существующего строя. Во многих судебных процессах звучали его страстные речи. Однако сам он не примыкал ни к какой партии и, во всяком случае, не участвовал как активный ее деятель. «Он верит только себе», — как верно подметил А. А. Демьянов. В то же время Зарудный понимал, что оставаясь вне партии, он остается и вне активной политической жизни страны. Поэтому перед революцией А. С. Зарудный примыкает к Трудовой народно-социалистической партии, которую основал историк и публицист В. А. Мякотин.
Во-вторых, как отмечали современники, А. С. Зарудный был уверен в себе «сверх меры». Отсюда он часто бывал не прав, иногда несправедлив, быстро увлекался до того, что даже глаза выдавали его волнение. В своих воспоминаниях А. А. Демьянов приводит слова двоюродного брата министра — С. М. Зарудного, который сравнивал его с Савонаролой. Он говорил: «Посмотрите на его глаза; если кто нас приговорит к смертной казни, то это брат Саша».
А. А. Демьянов писал: «А. С. Зарудный был тяжел в сношениях с другими. Вместе с тем это был до крайности добрый человек. Нужно было видеть его кроткую улыбку, когда он шутил, или был весел, чтобы полюбить его. Зная его самостоятельность мнений и нетерпимость, я был уверен, что министром он долго не пробудет. Так оно и вышло».
А. С. Зарудный, вследствие горячности своей натуры, неоднократно имел серьезные столкновения с сослуживцами. А. А. Демьянов писал, что «Зарудный в служебных отношениях всегда держался официального тона, то есть как начальство. Он считал это принципиально необходимым. А прежних товарищей его по сословию это раздражало: они не признавали за Зарудным права распоряжаться ими по своему усмотрению».
В связи с событиями 3–5 июля 1917 года Временное правительство 9 июля приняло постановление, в котором предписывалось «арестовать и привлечь к судебной ответственности, как виновных в измене Родине и предательстве революции всех лиц, участвовавших в организации и руководстве вооруженным выступлением против государственной власти». Для расследования была организована Особая следственная комиссия.
За министра юстиции это постановление подписал Г. Д. Скарятин. На следующий день министр-председатель А. Ф. Керенский лично прибыл в министерство юстиции для того, чтобы дать правильное направление расследованию июльских событий. Он прошел в кабинет Г. Д. Скарятина и имел с ним продолжительную беседу во время которой указал на необходимость твердости в ведении следствия.
После посещения Керенским министерства, Г. Д. Скарятин срочно собрал прокуроров и следователей, на которых можно было возложить следствие, и провел с ними совещание. Он рассказал о предстоящем расследовании и о тех задачах, которые правительство поставило перед судебными деятелями. Основной упор делался при этом на обвинение большевиков во главе с В. И. Лениным в государственной измене, организации восстания и шпионаже в пользу Германии. Некоторые участники совещания высказались за то, чтобы комиссией руководил министр юстиции как генерал-прокурор, но затем все сошлись на том, что возглавить комиссию должен прокурор Петроградской судебной палаты Н. С. Каринский.
Вначале предполагалось, что комиссия будет заниматься расследованием июльских событий в полном объеме. Однако опытные прокуроры и следователи, включенные в комиссию, запротестовали. В конце концов было решено выделить материалы об участии в восстании военных чинов и передать их в другую комиссию.
Особую следственную комиссию возглавил прокурор Н. С. Каринский. За следствием наблюдали товарищи прокурора судебной палаты Репнинский, Пенский, Поволоцкий, Моложавый и Попов. Представительной была и следственная часть. В нее вошли судебные следователи по особо важным делам Петроградского окружного суда П. А. Александров и Бокитько, по важнейшим делам — Сергеевский и Сцепура и участковые судебные следователи Можанский и Фридриберг.
Общее руководство и направление следствию давал генерал-прокурор. Следствие началось еще при И. Н. Ефремове (он практически не вникал в это дело, и все указания поступали от его заместителя Г. Д. Скарятина), продолжалось при А. С. Зарудном, а затем при П. Н. Малянтовиче.