От первого прокурора России до последнего прокурора Союза

В августе 1963 года энергичного и квалифицированного следователя пригласили на работу в аппарат прокуратуры города Москвы, где он стал прокурором отдела по надзору за следствием в органах охраны общественного порядка (так в те годы назывались органы внутренних дел). Ему приходилось проверять уголовные дела, находившиеся в производстве следственных отделов Управления охраны общественного порядка (УООП) Мосгорисполкома по Свердловскому, Первомайскому и Фрунзенскому районам. В ноябре 1963 он изучил организацию работы следственного отдела Первомайского района по борьбе с хищениями, а в декабре того же года по поручению райкома партии проверил деятельность прокуратуры и органов охраны общественного порядка этого же района по борьбе с правонарушениями. В марте 1964 года С. А. Емельянову был присвоен очередной классный чин младшего советника юстиции.

В сентябре 1964 года С. А. Емельянова выдвинули на должность прокурора отдела кадров. Прокурор города Москвы М. Г. Мальков характеризовал его как «добросовестного, дисциплинированного и исполнительного работника, умеющего правильно и принципиально решать вопросы подбора, расстановки и воспитания кадров». Обладая хорошими ораторскими данными, он часто поддерживал государственное обвинение в Московском городском суде по наиболее сложным уголовным делам, охотно выступал с лекциями и беседами в трудовых коллективах. Его избрали в партийное бюро парторганизации прокуратуры города Москвы. Будучи исключительно честным, скромным и чутким человеком, он пользовался неподдельным авторитетом среди сотрудников прокуратуры.

14 июля 1965 года приказом Прокурора РСФСР С. А. Емельянов был назначен прокурором города Зеленограда, основанного в 1963 году и вошедшего в состав Москвы. Через пять дней Генеральный прокурор СССР утвердил его в этой должности. Прокурором города он пробыл три года. За это время стал советником юстиции (классный чин ему присвоен 27 марта 1967 года). С. А. Емельянов уделял большое внимание правильной организации работы небольшого коллектива прокуратуры, занимаясь всеми участками работы. Следователи прокуратуры и органов внутренних дел расследовали до сотни преступлений в год, и за каждым делом был установлен настолько жесткий контроль, что грубые ошибки, процессуальные нарушения не допускались. Поэтому суд при новом прокуроре никогда не возвращал дела на дополнительное расследование. По трети всех уголовных дел, рассматривавшихся Зеленоградским судом, Сергей Андреевич лично поддерживал государственное обвинений, еще больше — проверял в кассационном и надзорном порядках. Кроме того, он часто выступал на заседаниях исполкома и сессиях Зеленоградского Совета народных депутатов не только как прокурор, но и как депутат, а также на бюро райкома партии, членом которого он состоял.

В июне 1968 года С. А. Емельянов был назначен на должность начальника отдела общего надзора прокуратуры города Москвы. В январе 1969 года Генеральный прокурор СССР присвоил ему классный чин старшего советника юстиции. Сергей Андреевич еще со студенчества всегда был склонен к творческой и научной работе, а потому и поступил в заочную аспирантуру Всесоюзного научно-исследовательского института по изучению причин и разработке мер предупреждения преступности Прокуратуры СССР.

Отдел общего надзора под руководством Емельянова проводил большую работу по обеспечению законности в столице. Постоянно организовывались хорошо подготовленные, целенаправленные проверки в городских организациях, на крупнейших предприятиях столицы, а также в исполнительных органах власти. Незаконные правовые акты, в том числе изданные исполкомом Мосгорсовета, незамедлительно опротестовывались. По материалам общего надзора возбуждалось не мало уголовных дел, которые после соответствующего расследования, как правило, направлялись в суд. С помощниками районных прокуроров проводились методические семинары, им оказывалась квалифицированная помощь в работе, что сразу же сказалось и на результативности их работы. За успешное руководство отделом Сергей Андреевич неоднократно поощрялся Генеральным прокурором СССР.

27 июля 1971 года С. А. Емельянов был назначен заместителем прокурора города Москвы. Указом Президиума Верховного Совета РСФСР от 22 мая 1972 года в связи с 50-летием советской прокуратуры он был награжден Почетной грамотой Президиума Верховного Совета РСФСР.