Судя по этому заявлению, И. А. Акулов более десяти дней держался стойко и не давал каких-либо признательных показаний. Однако затем все же был сломлен. Видимо, следователи искусно использовали то обстоятельство, что у Акулова оставалась жена с двумя малолетними детьми и престарелая мать. Без сомнения было и физическое воздействие. Даже на тюремной фотографии Акулова видно, что один глаз у него почему-то закрыт. Может, заплыл?
Не исключено, что и после признательного заявления, Акулов продолжал упорствовать, так как первое развернутое его показание датировано только 17 августа 1937 года. Оно отпечатано на машинке на 27 листах. В нем он признавался, что является «скрытым троцкистом», участвовал в заговорщической деятельности Якира, Пятакова, Бухарина и других лиц. В частности он сказал: «Я, Иван Алексеевич Акулов, по день моего ареста в 1937 году, т. е. в течение 10 лет, являлся участником подпольной троцкистской организации, в ее рядах вел активную работу против руководителей ВКП(б) и Советского правительства — против Советской власти. Мне было тяжело в этом сознаться сразу же после ареста. Кроме того, я не думал, что мои соучастники меня выдали. Ведь с момента ареста Голубенко, Логинова и других прошло уже больше года, а я все это время продолжал оставаться на ответственной партийной и государственной работе. Мои надежды на стойкость участников организации не оправдались. Значит изворачиваться бесполезно. Я готов искренне ответить на все интересующие следствие вопросы, касающиеся деятельности троцкистской организации и лично моей, как ее участника».
После этого И. А. Акулов допрашивался 21 сентября 1937 года — более чем через месяц. Характерно, что протокол допроса состоит только из анкетных данных. Показания его не записаны. Это дает основание полагать, что он вновь стал все отрицать. В анкете зафиксирована интересная деталь. В графе «Какие имеет награды при Советской власти», отмечено «Не имеет». Таким образом, заслуженный революционер, занимавший на протяжении 20 лет высокие посты в партии и государстве, ни разу не был отмечен ни одной правительственной наградой.
Закончив расследование, Краев 25 октября 1937 года составил стандартное по тем временам обвинительное заключение (на 3 листах), которое было утверждено заместителем Прокурора СССР Рогинским. Он же участвовал 28 октября и в распорядительном заседании военной коллегии Верховного суда СССР, которое вел Ульрих. Было принято решение заслушать дело в закрытом заседании без участия обвинения и защиты и без вызова свидетелей, то есть по упрощенной схеме.
Судебное заседание открылось 29 октября 1937 года в 11 часов 15 минут. Председательствовал на нем Ульрих. Иван Алексеевич сразу же заявил, что виновным себя не признает и показания, данные им на предварительном следствии, отрицает. Он сказал, что был лишь дружен с Якиром, но не считал его троцкистом. Тогда было оглашено его заявление на имя следователя Альтмана. Акулов на это сказал, что заявление не соответствует действительности. Отрицая все свои признательные показания, он заявил, что «дал их в состоянии потери воли». В своем последнем слове он сказал, что троцкистом никогда не был, всегда боролся с ними, а тем более не мог быть вредителем, террористом и изменником родины. О своей судьбе он выразился так: «Воля партии и суда».
После этого суд удалился на совещание, которое было кратковременным. Приговор — расстрел с конфискацией имущества — был вынесен за несколько минут. Все заседание продолжалось полчаса.
Приговор был приведен в исполнение 30 октября 1937 года. При этом присутствовали заместитель Прокурора СССР Рогинский и заместитель наркома внутренних дел М. И. Фриновский. В деле бывшего помощника Прокурора СССР М. В. Острогорского имеются интересные детали, связанные с исполнением приговора. Так, со слов Шейнина ему было известно, что Акулов, обращаясь к Фриновскому, сказал: «Ведь вы же знаете, что я не виноват». Тогда Рогинский, который был «неспокоен за себя и делал все возможное, чтобы заручиться поддержкой и доверием со стороны работников НКВД», демонстрируя свою непримиримость к «врагу народа», стал осыпать Акулова бранью. Впоследствии же в беседе с Шейниным Рогинский признавался, что далеко не убежден в действительной виновности Акулова, которого всегда считал хорошим большевиком.