В тот же день, 20 августа 1945 года, Постановлением ГКО за подписью Сталина было создано Первое главное управление (ПГУ) при Совнаркоме СССР для ведения работ по атомной проблеме. Председателем ПГУ был назначен также Б.Л. Ванников. Этим постановлением Сталин установил для атомного проекта СССР высший государственный приоритет.
9 апреля 1946 года Постановлением Совета Министров (СМ) СССР за № 805–327сс, подписанным Сталиным, при Лаборатории № 2 было создано Конструкторское бюро № 11 (КБ-11) по разработке конструкций и изготовлению опытных образцов ядерных зарядов, которое в последствии стало Всероссийским научно-исследовательским институтом экспериментальной физики (Федеральный ядерный центр-ВНИИЭФ, г. Арзаммас-16). Для строительства КБ-11 в зоне Мордовского государственного заповедника и Горьковской области была отчуждена территория площадью порядка 100 км2, на которой находился поселок Сарова.
За работой КБ-11 был установлен жесткий контроль. Начальник Лаборатории № 2 Академии Наук СССР И.В. Курчатов, начальник КБ-11 П.М. Зернов и Главный конструктор КБ-11 Ю.Б. Харитон должны были ежемесячно докладывать Специальному комитету о ходе работ КБ-11.
Как руководитель Специального комитета Л. П. Берия полностью оправдал доверие Сталина. Он вдумчиво подбирал руководителей строящихся предприятий, с огромной энергией управлял непомерно сложным новым направлением оборонной промышленности, вникал во все трудности, оказывал поддержку, он был всюду.
Научный руководитель Игорь Васильевич Курчатов работал в тесном контакте с Берией. Вдвоем они осуществляли полноценное, активное руководство созданием атомного оружия. Оба пользовались непререкаемым авторитетом, один – среди руководителей, другой – среди ученых. Это было очень важно, ибо многие сложные вопросы требовалось решать немедленно, время было дороже всего.
Для решения атомной проблемы и атомной промышленности впервые были созданы особые условия. Финансирование отрасли шло через Госбанк СССР (а не через Промбанк, как обычно) по фактической стоимости работ (а не по сметам). Госплан беспрепятственно обеспечивал объекты всеми видами материалов, оборудования, приборов, причем, все они должны были быть советского производства, чтобы исключить даже малейшую зависимость от иностранных поставок. Для нужд строительства и промышленности беспрекословно выделялась рабочая сила, армейские строительные подразделения, войска НКВД, специалисты и рабочие различных Наркоматов, заключенные, причем последним за превышение норм выработки сокращали срок заключения. Заключенных в основном использовали на земляных работах, строительстве дорог, строительстве временного и капитального жилищного фонда.
Для работников новой атомной отрасли строили города и поселки городского типа со всеми видами удобств, со школами, медицинскими центрами, стадионами, кинотеатрами и т. д. В городах при крупных объектах селились десятки тысяч человек. Заработная плата всем категориям работников была существенно увеличена, налажено хорошее снабжение продуктами питания, выдаваемых до 1947 года по карточкам повышенной категории.
Объекты и населенные пункты при них окружали пограничной полосой с очень строгим пропускным режимом, все работы на объектах велись в строжайшем секрете. Советы депутатов трудящихся на крупных объектах избирались не во всех случаях. Их функцию брал на себя Парторг ЦК ВКП(б). Он подбирался из числа наиболее крупных специалистов и организаторов народного хозяйства. Парторг ЦК был наделен очень широкими полномочиями, в том числе правом обращаться в ЦК ВКП(б) по кадровым, организационным и иным вопросам, минуя все промежуточные партийные органы, в том числе обкомы ВКП(б). Будучи первым лицом на строительстве, он осуществлял свою деятельность совместно с директором строящегося предприятия, начальником строительства и другими руководителями. Парторг ЦК нес личную ответственность за темпы строительства, своевременный ввод объекта и качество его продукции, за благоприятное состояние социальной сферы, соблюдение законности и многое другое.
Весь объем и содержание работ по атомной проблеме был под контролем Л.П. Берии, но Сталин также не упускал из-под контроля ход выполнения важнейшего задания. 8 марта 1946 года он подписал Постановление СНК СССР № 523–215сс «Об уполномоченных Совнаркома Союза ССР при важнейших научно-исследовательских институтах и лабораториях». На уполномоченных из состава генералов и полковников НКВД возлагались обязанности «оказания институтам и лабораториям помощи в укреплении и развитии их научно-технической базы», а также «контроль над своевременным выполнением институтами, лабораториями задания Правительства по проведению научно-исследовательских работ».
Информация уполномоченных, направляемая непосредственно Сталину, позволяла ему отслеживать деятельность всех институтов и предприятий по атомному проекту и держать в постоянном напряжении исполнителей работ. Это напряжение чувствовалось на протяжении всего периода создания первой советской атомной бомбы.