В последующие дни Вюрглер спокойно жил в Варшаве (и это в то время, когда уже начались аресты некоторых членов союза в Европе и на оккупированной территории СССР). В это время Вюрглер встретился в ресторане с сотрудником гестапо Гавриком. Последний вспоминал:
Можно предположить, что Вюрглера не арестовали, так как СД, скорее всего, захотело проверить, насколько достоверна информация, собранная агентами Бондаровского. У «великого подпольщика» (как именуют его члены союза) появилось время, чтобы снять с себя подозрения, однако сделать это оказалось непросто. Не видя выхода из создавшегося положения, он, по-видимому, пошел ва-банк: передал имевшийся у него компромат на Смысловского в гестапо и сказал, что его шеф поручил ему наладить связь с польским подпольем. Затем Вюрглер мог добавить, что фон Регенау не подписал «Смоленское воззвание», в котором русских, между прочим, призывали бороться вместе с немцами не только против коммунистов, но и западных плутократов. Путем нехитрого сопоставления этих фактов можно было ознакомить эсэсовцев со «своим видением проблемы»: начальник Зондерштаба «Р» давно не верит в победу Рейха и через польское подполье ищет контактов с англичанами…
1 декабря 1943 г. гестапо арестовало Смысловского. Сам Борис Алексеевич утверждал, что причиной ареста якобы послужили его контакты с Боровцом: фон Регенау «перешел дорогу» СД и перехватил на время у эсэсовской разведки инициативу в использовании украинских повстанцев. Такой дерзости Служба безопасности простить не могла, тем более в тот момент, когда стараниями Гиммлера и Шелленберга готовилась унификация разведывательных органов Рейха, а руководство абвера стремительно теряло авторитет в глазах фюрера [418].
Во-вторых, Смысловский не доглядел за «солидаристами», которые развернули у него под носом свою деятельность. Это ставило вопрос о способности начальника Зондерштаба контролировать подчиненных и навести в своей организации порядок.
В-третьих, недоброжелатели Смысловского из эшелонов эсэсовской разведки могли формально обвинить его в плохой организации разведывательной работы (что косвенно затрагивало не только Смысловского, но и его начальников из штаба «Валли» и руководства абвером — соперников гиммлеровского «Черного ордена»), тщательно подобрав все факты провалов агентуры, утечки оперативной информации, и неудачных операций против «лесных бандитов».
Кроме того, Смысловский придерживался точки зрения, что русские должны воевать исключительно с большевиками, на Восточном фронте, а борьба Третьего рейха против Великобритании и США — немецкое дело, в котором русские участвовать не могут. Такая позиция могла вызывать подозрение, что Смысловский тайно устанавливает контакты со спецслужбами союзников СССР по антигитлеровской коалиции.
Но все же главной причиной ареста главы Зондерштаба, по мнению авторов, были интриги НТС (в первую очередь, Вюрглера), ведь он разозлил «новопоколенцев»: не позволил им захватить власть в организации и убрал Вюрглера из Зондерштаба, из-за чего союз потерял возможность переправлять своих людей в СССР.
По одной из распространенных версий, фон Регенау якобы содержался шесть месяцев в Торнской крепости. Но Смысловский этого категорически не утверждал. Напротив, он писал, что полгода провел под домашним арестом. Следствие велось четыре месяца, а он какое-то время
Также возможно, что Смысловский, просидев недолгое время в крепости, мог вернуться в Варшаву и пустить слух о своем дальнейшем в ней пребывании, чтобы сбить с толку членов НТС. Нельзя исключать, что до и во время заключения к Смысловскому поступали сведения о готовящемся на него покушении.