Особенно обострились в годы войны национальные проблемы, отношение к которым лидеров младотурок выявило подлинную сущность их политики в национальном вопросе. Наглядно проявилась она в страшном избиении армян, организованном в 1915 г. Младотурецкое правительство, приступая к сознательному уничтожению армян, состряпало версию, согласно которой армянское население депортируется из районов постоянного проживания в глубинные области страны из «военных соображений». На деле же Энвер, Талаат и Джемаль, ставшие палачами армянского народа, задумали и осуществили акцию массового геноцида армян. Резня была осуществлена с неслыханной даже для абдулхамидовской поры жестокостью. Талаат-бей, занимавший пост министра внутренних дел, даже в официальных телеграммах не стеснялся говорить о том, что речь идет о полном уничтожении армян в Османской империи.
Избиение началось весной 1915 г. и продолжалось в 1916 г. Людей кололи штыками, топили в озерах и реках, сжигали и душили дымом в запертых домах, сбрасывали в пропасти, убивали после жесточайших пыток и надругательств. Сотни тысяч людей были под надзором военных властей и жандармов направлены из родных мест в Западной Армении в Сирию и Месопотамию. Имущество изгнанных армян турецкие официальные лица и немецкие офицеры скупали за бесценок. Колонны депортируемых, не имевших ни продовольствия, ни медикаментов, таяли с каждым днем по мере движения по пустынным и горным дорогам. Ежедневно тысячи людей гибли от голода и холода, жажды и болезней. Те же, кто добрался до назначенных мест, вновь столкнулись с голодом и эпидемиями. Полтора миллиона армян погибло в эти страшные месяцы. Лишь около 300 тыс. армян-беженцев нашли себе приют на Кавказе, на Арабском Востоке и в ряде других мест. Часть этой вынужденной эмиграции осела в Западной Европе и Америке. Трагедия народа, потерявшего едва ли не половину своих сынов и дочерей, была отмечена мужественным сопротивлением безоружного населения турецким войскам и жандармерии. Героически сражались с насильниками жители Вана, Шатаха, Урфы, Сасуна и многих других городов и сел. Самооборона Вана длилась около месяца и завершилась спасением ванских армян, которые получили помощь от частей русской Кавказской армии. Оценивая происходившие события, французский публицист Ренэ Пинон прямо писал, что «депортация армян – женщин, детей и стариков – была лишь коварно замаскированным смертным приговором».
Когда к державам Антанты присоединилась Греция, младотурецкие правители Османской империи распространяли действие закона о «депортациях» и на греческое население. Правда, греков не постигла страшная участь армян, но высылка греческого населения тоже сопровождалась вакханалией грабежа и насилия. Число греков-беженцев достигло 600 тыс. Большинство их со временем составили греческие общины в странах Ближнего и Среднего Востока и в США.
В арабских провинциях империи младотурки в годы войны жестоко подавляли любое проявление национальных чувств. В 1914–1916 гг. в ряде городов прошли судебные процессы над арабскими патриотами. Сотни людей были казнены, множество видных деятелей арабского национально-освободительного движения было заключено в тюрьмы или сослано. Джемаль-паша, который с началом войны стал командующим 4-й армией, расположенной в Сирии и Палестине, повсеместно заменил органы гражданского управления военными властями. Созданные Джемалем военные трибуналы сотнями приговаривали людей к тюремному заключению и ссылке. Часто людей казнили по приказам военных властей, а трибуналы выносили им смертные приговоры после их приведения в исполнение. Около 10 тыс. «подозрительных» было выслано из Сирии, Ливана и Палестины. Положение арабского населения стало еще невыносимее, когда отступавшая турецкая армия занялась массовым грабежом и разбоями.
Политика младотурок в национальном вопросе в годы войны обнаружила крайнюю степень великодержавного шовинизма. Реакционная сущность этой политики стала особенно очевидной в условиях тягот военного времени, когда все виды социальной несправедливости были для населения империи особенно невыносимыми.
Война предельно обострила внутренние противоречия в стане правителей Османской державы. Внутри партии «Единение и прогресс», которая хотя и представляла в основном формировавшуюся турецкую буржуазию, но не была социально однородной, в этот период обнаружились серьезные противоречия. Между Центральным комитетом и парламентской фракцией возникали острые противоречия по вопросам, касающимся характера функций и организации партии и вмешательства военных в политическую жизнь. На одном из партийных съездов младотурок в годы войны прошла даже резолюция о недопустимости вмешательства армии в политику, но Энвер-паша и его сторонники отнеслись к ней как к пустой бумажке. В парламенте была тоже группа оппозиционно настроенных депутатов-младотурок, которую возглавлял Ахмед Риза-бей. Но и этой группировке не удавалось обуздать произвол младотурецкого триумвирата.