Поражение было ужасным. Оставшиеся воины пытались бежать, но были преследуемы свежими силами турок и уничтожены. Королю Си-гизмунду удалось спастись, добравшись до своих судов на Дунае вместе с Великим Магистром госпитальеров. Как писали очевидцы, на следующий день Баязид, осматривая поле битвы, и оценивая свои потери, приказал истребить пленных. Он избавил от смерти только графа Неверского, нескольких его соратников и богато одетых рыцарей, рассчитывая получить за них хороший выкуп. Пленников заставили встать за спиной султана, чтобы те видели, как обезглавливали стоящих на коленях, связанных друг с другом их товарищей по оружию [616].
В составе крестоносной армии в битве участвовали, как помним, и рыцари Родоса во главе с Филибером де Найяком, которому едва удалось спастись бегством с горстью рыцарей. Вскоре после своего чудесного спасения от турецких сабель Филибер де Найяк был избран Великим Магистром госпитальеров.
В мае 1402 г. над Османской Турцией разразилась гроза. «Железный Хромец» — среднеазиатский завоеватель монгольского происхождения
Тамерлан (Тимур-Ленг, именовавшийся русскими летописцами Темир-Аксак-ханом) разгромил турецкую армию в сражении при Анкаре (в этом бою им был пленен сам султан Баязид I). После нескольких кровавых сражений и двухнедельной осады Тимур взял штурмом Смирну, превращенную рыцарями Родоса в мощную крепость. После ухода Тамерлана рыцари Родоса построили поблизости от развалин античного города Гали-карнасса крепость, названную ими — в честь Святого Апостола Петра — «Петронио» или «Петруми» (Бодрум). Посредством иоаннитской крепости на о. Кос и расположенной напротив нее не малоазиатском побережье крепости Бодрум рыцари Родоса могли контролировать пролив между о. Кос и материком.
Через год после потери Смирны, в 1403 г., рыцари Родоса подписали с мамелюкским Египтом союзный договор, направленный против Тамерлана. Одним из пунктов договора было дозволение, данное египтянами на восстановление госпитальерами госпиталя в Иерусалиме, что и произошло при магистерстве Филибера де Найяка. Мир с Египтом продолжался почти 20 лет. В 1424 и 1425 гг. флот египетского султана атаковал Кипр, а в 1426 г. остров был захвачен.
Защита удаленных пунктов имела для Ордена пропагандистскую ценность, создавая впечатляющую картину деятельности на нехристианских территориях, что служило одной из возможностей получить папские индульгенции и освобождения от королевских налогов. Именно так, например, сложились обстоятельства в результате военных действий при Бодруме на турецкой материковой части напротив острова Кос, где, около 1407 г., было начато сооружение нового замка взамен потерянной в 1402 г. Смирны [617].
Но в 1424 и 1425 гг. флот египетского султана дважды напал на Кипр (остров был захвачен в 1426 г.). А в 1440 г. мамелюкский флот султана Египта Якмака аз-Захира появился у самого Родоса.
Незадолго до взятия Смирны Тимуром и постройки Бодрума родосскими рыцарями им представилась возможность овладеть землями Морейского деспота — вассала греческого автократора Константинополя, имевшего все меньше реальной власти даже над своими греческими подданными. Госпитальеры, равно как и стоявшие за из спиной западные державы, надеялись, путем захвата Пелопоннеса и основания там мощного в военном отношении Орденского государства, остановить разрастание турецкой державы. В 1399 г. рыцари Родоса начали в морейской столице Мистре переговоры с Феодором Палеологом, деспотом Морей, о принятии им вассальных обязательств по отношению к Ордену Святого Иоанна. Деспот Морейский, с учетом все нараставшей турецкой угрозы и предложенной ему Орденом немалой суммы денег, проявил готовность стать вассалом Ордена, но переговоры оказались сорваны из-за сопротивления греческого населения Морей (дело дошло до вооруженных столкновений). Предводители восставших греков резко отрицательно отнеслись к любой форме присоединения православной Морей к Орденскому государству католических рыцарей Родоса. Переговоры были прерваны в 1404 г. Более никаких шагов в вышеописанном направлении не предпринималось.
В 1440 г. 18 галер египетского султана Якмака аз-Захира атаковали Родос. Рыцари отбросили египтян.